법인의 수익사업에 따른 소득금액을 계산함에 있어서 수익사업에 공한 고정자산의 감가상각비를 손금용인할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 강서세무서장이 94.12.16 청구법인에게 한 89.1.1～89.12.31 사업년도 법인세 553,072,070원 동 방위세 66,575,030원의 처 분은 청구법인이 계상한 수익사업에 공한 고정자산의 감가상 각비를 시·부인하여 동 사업년도 과세표준 및 세액을 경정 한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 기생충질환예방법 제8조에 의하여 보건복지부장관의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서 89.1.1～89.12.31 사업년도(이하 “89사업년도”라 한다)에 대한 청구법인의 수익사업에서 생긴 소득에 대한 법인세를 신고·납부하지 아니하였다. 처분청은 청구법인의 89사업년도 세입·세출결산서에 의하여 청구법인의 수익사업에서 생긴 소득을 산출하여 89사업년도 법인세 553,072,070원, 동 방위세 66,575,030원을 94.12.26 청구법인에게 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.2.7 이의신청, 95.4.6 심사청구를 거쳐 95.7.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 질환의 조기발견 및 예방을 위한 효율적인 임상병리적 검사와 치료·기타 전염성 만성질환을 퇴치함으로써 국민보건증진에 기여함을 목적으로 설립한 비영리 공익법인으로서, 청구법인은 수익사업인 의료업에서 생긴 수익금액과 소득금액을 기장하여 이를 감독관청인 보건복지부장관에게 제출하였고 이에 의하면 청구법인이 감가상각비를 계상하였고 이사회에서 이를 승인한 바도 있으므로 청구법인이 계상한 감가상각비는 손금산입되어야 한다. 그러함에도 처분청은 청구법인이 예산회계 규정에 의하여 작성한 세입·세출결산서만을 근거로 하여 청구법인의 법인소득 금액을 경정함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 89사업년도의 법인세를 신고하지 아니하여 처분청은 청구법인이 비치·기장하고 있는 장부에 의하여 법인세를 실지 조사하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정고지한 사항중 청구법인은 제장부에 의해 매년 감가상각비를 산출하여 소득금액을 계상하고 있음에도 감가상각비를 부인함은 부당하다고 주장하는 바, 감가상각비는 결산조정 사항으로 청구법인이 장부에 반영한 바도 없으며 단순히 세입·세출결산서에 자산취득비로 계상되어 있다고 주장할 뿐 어떠한 거증자료를 제시한 바 없어 청구주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 청구법인의 수익사업에 따른 소득금액을 계산함에 있어서 수익사업에 공한 고정자산의 감가상각비를 손금용인할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 법인세법시행령 제2조 제4항은 비영리법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업인 비영리사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 하였고 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 하도록 하였다.

(2) 법인세법 제16조 제12호, 동법시행령 제12조 제2항 제5호 및 동법시행령 제48조 제1항의 규정에 의하면, 법인이 각 사업년도에 고정자산의 감가상각비를 손비로 계상하였을 경우에는 상각범위액을 한도로 하여 이를 손비 인정하도록 규정하고 있다.

(3) 위와 같은 법인세법·령의 규정에 의하면 청구법인과 같은 비영리법인이 수익사업을 영위한 경우에는 수익사업에서의 수입금액에 속하는 금액과 손금에 속하는 금액을 비영리사업에 속하는 것과 구분하여 경리하여야 하며 이러한 수익사업에 따른 수익금액 등을 구분하여 경리하는 경우에 수익사업에 공하는 고정자산에 대한 감가상각비를 손금으로 계상한 경우에 한하여 상각 범위액의 한도내에서 손비 용인하도록 하는 이른바 “확정결산주의”(법인세법 기본통칙 2-15-21-21도 같은 뜻임)를 채택하고 있으므로 비영리법인이 확정한 결산서류에 의하여 감가상각비가 손비로 계상된 경우에는 상각범위내에서 손비용인하여야 할 것이다.

• 다. (1) 처분청은 청구법인의 1989년도 세입·세출결산서를 근거로 이 건 과세처분을 하였는바, 동 세입·세출결산서는 청구법인의 1989년 1년간에 걸친 수입과 지출에 대한 총괄표로서 동 세입·세출결산서에는 수익사업과 비영리사업에 관한 수입과 지출이 모두 포함되어 있어 동 결산서로는 청구법인의 수익사업에 따른 소득금액이 산출되지 아니한다. 더욱이 전시 세입·세출결산서는 현금주의 회계원칙에 의하여 작성되어 권리의무가 확정되면 현금의 수입이나 지출이 없을지라도 권리의무가 확정된 년도의 익금과 손금으로 하여 소득금액을 산출하는 권리의무 확정주의를 취하고 있는 법인세법상의 소득금액이 산출되지 아니한다 하겠다. 또한 전시 세입·세출결산서는 현금의 수입과 지출에 의하여 작성되고 있어 현금의 지출이 없으나 법인세법상 손금산입되는 감가상각비의 계상은 논리적으로도 생각할 수 없다 하겠다. 그러하다면 청구법인이 전시 세입·세출결산서가 아닌 수익사업과 비영리사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기장하였고 이에 따라 결산을 확정하였다면 청구법인이 수익사업에 따른 법인세를 신고하지 아니하였을 지라도 이에 의하여 법인소득 금액이 계산되어야 할 것이다.

(2) 청구법인은 1989년도 세입·세출결산서 이외에 수익사업에서의 자산·부채 및 손익을 복식부기의 원리에 의하여 기장하였고 이에 의하여 결산을 확정하여 청구법인을 감독하는 보건복지부장관에게 이를 제출하였으며 여기에는 수익사업에 공한 고정자산에 대한 감가상각비를 손비로 계상하였으므로 손비용인 하여야 한다고 주장하고 있다. 청구법인의 이와 같은 주장에 따라서 당심판소가 국심46830-189(96.1.19)호로 청구법인이 보건복지부에 제출한 관련서류를 송부하도록 요구하였는바, 보건복지부장관은 청구법인이 90.2.28자로 제출한 관련서류를 당심판소에 보건65310-45(96.1.26)호로 송부하였다. 보건복지부장관이 송부한 일건서류에 의하면 청구법인은 90.2.26 개최된 이사회에서 처분청의 이 건 과세근거가 된 1989년도 세입·세출결산서 외에 1989년도 법인손익보고서도 확정하여 이들 서류를 보건복지부장관에게 제출한 것으로 되어 있다. 그런데 청구법인의 이사회에서 확정한 전시 1989년도 법인손익보고서에 의하면 청구법인은 고정자산별로 감가상각비를 계상하였으며 동 사업년도의 감가상각비는 1,459,390,526원으로 나타나고 있다. 그러하다면 청구법인은 감가상각비를 계상하여 결산을 확정하였지만 법인세를 신고하지 아니한 것으로써 수익사업에 따른 법인소득 금액을 계산함에 있어서는 청구법인이 계상한 전시 감가상각비 1,459,390,526원이 상각범위 내의 금액이라면 전액 손금용인하여야 할 것이지만 상각범위를 초과하는 금액은 손금부인 되어야 할 것이므로 처분청은 청구법인이 계상한 전시 감가상각비를 시부인 하여 동 사업년도 법인세 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.