조세감면규제법상 면제대상에 해당하는 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세의 면제신청서를 국세기본법 제45조의 수정신고시 제출한 경우 면제할 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 중부세무서장이 94.12.19 청구법인에게 한 ’93 사업년도분 법인세(특별부가세) 43,875,110원에 대한 환급거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 서울 도봉구 OO동 OOOOOO 소재 OOO O동 교회 부지 139.48㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 93.12.29 양도하고, ’93 사업년도(93.3.1 - 94.2.28)분 법인세 과세표준신고시 특별부가세 43,875,110원을 납부하였다가, 94.10.12 구 조세감면규제법 제67조의 14(사회복지법인 및 종교법인의 업무용토지등에 대한 특별부가세 면제규정)에 근거하여 세액면제신청서를 첨부하여 위 특별부가세의 환급을 신청하는 내용으로 수정신고를 하였다. 처분청은 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고시 면제신청서를 제출하지 아니 하였다는 이유로 94.12.29 청구법인에게 위 특별부가세에 대한 환급거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.3.3 심사청구를 거쳐 95.6.19 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 세법에 대한 무지로 인하여 당초 법인세과세표준신고시 세액면제신청서를 제출하지 못하였으나 국세기본법상 수정신고기한내에 수정신고를 하면서 세액면제신청서를 제출하였는 바, 이는 과세표준신고상의 누락·오류를 정정한 신고로서 국세기본법상의 적법한 수정신고에 해당하므로, 기납부한 특별부가세 43,875,110원을 환급해 주는 것이 93.12.31 개정된 조세감면규제법시행령 제71조 제4항의 취지에 부합된다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준확정신고시 세액면제신청서를 제출하지 아니 하였으므로, 쟁점토지 양도당시의 조세감면규제법 제67조의14 제4항 및 같은법시행령 제55조의12 제4항의 규정에 의하여 이 건 특별부가세 면제를 배제한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 조세감면규제법상 면제대상에 해당하는 종교법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세의 면제신청서를 국세기본법 제45조의 수정신고시 제출한 경우 면제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 쟁점토지 양도당시의 조세감면규제법 제67조14 제1항 제2호에서는 『종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제55조의12 제4항에서 『법 제67조14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다』고 규정하고 있고, 한편 같은법 제2조 제1항 제3호 및 같은법시행령 제1조에서 『“과세표준신고”라 함은 소득세법 제100조·제102조 및 법인세법 제26조의 규정에 의한 과세표준확정신고 또는 과세표준의 신고를 말한다』고 규정하고 있으며, 법인세법 제26조 제1항에서 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일)이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다』고 규정하고 있으며, 국세기본법 제45조 제1항 제1호에서 『법인세 및 부가가치세의 경우 과세표준신고를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 법정신고기한 경과후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한 경과후 3월)내에 과세표준 수정신고를 제출할 수 있다』고 규정하고 있다.
• 다. 특별부가세 면제신청서를 수정신고시 제출한 경우 면제 가능 여부

(1) 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 고유목적인 OOO O동 교회 부지로 사용하다가 신축교회로 이전하기 위하여 양도한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 93.12.29 쟁점토지를 양도하고 ’93 사업년도 법인세 과세표준신고시 특별부가세 43,875,110원을 신고납부하였다가 94.10.12 그 세액면제신청서를 첨부하여 수정신고(환급신청)를 하자, 처분청은 과세표준신고기한내에 세액면제신청서를 제출하지 아니하고 수정신고시 제출하였다는 이유로 94.12.29 환급거부 통지를 하였는 바, 위 조세감면규제법령의 규정을 종합해 볼 때, 제67조의14의 규정에 의한 감면을 받기 위해서는 법인세법 제26조에 의한 법인세과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출함이 원칙이라 할 것이나, 국세기본법 제45조의 과세표준수정신고 제도는 납세의무자의 신고에 의하여 납부할 세액을 확정시키는 신고납세방식의 조세에 있어서도 실질내용에 따른 정당한 조세채권 채무관계를 확정시키기 위한 것이라 할 것인데, 조세감면규제법 제67조의14에 의한 특별부가세를 면제받기 위하여는 법인세법 제26조에 의한 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하여야만 하고 국세기본법 제45조에 의한 수정신고와 함께 세액면제 신청서를 제출한 경우에는 면제를 받을 수 없다고 한다면 위와 같은 과세표준 수정신고제도에 의해 달성하고자 하는 본래의 목적을 없애버리거나 무시해 버리는 결과에 이르게 될 뿐만 아니라, 모든 세법에 우선하여 적용하도록 되어 있는 국세기본법 적용을 배제하여 세법이 정한 납세자의 조세감면의 혜택을 부당하게 축소하게 되어 조세형평의 원칙에도 어긋나게 된다고 할 것이므로, 조세감면규제법 제2조 제1항 제3호 같은법시행령 제1조에서 말하는 법인세법 제26조의 규정에 의한 과세표준의 신고에는 법인세법 제26조의 규정에 의한 신고(당초 신고)뿐만 아니라 위와 같은 수정신고도 포함하는 것으로 해석함이 상당하다고 할 것이다(대법 93누 1589, 93.7.13 같은뜻). 이와 같은 취지에서 93.12.31 조세감면규제법시행령 제55조의12 제4항이 『...양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다. 다만, 그 기한내에 세액면제신청서등를 제출하지 못한 경우에는 과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년이내에 제출할 수 있다』고 개정된 것으로 여겨진다. 또한 국세기본법 제45조 제1항에서 규정하는 “누락·오류가 있는 때”라 함은 과세표준이나 세액의 산정근거가 되는 사항에 관하여 실질내용에 부합하지 아니하는 신고를 한 경우와 실질내용대로 신고하였다 하더라도 이를 근거로 과세표준이나 세액의 계산에 있어 법령의 규정에 의하지 아니 하였거나 오산이 있는 경우 등을 말하는 바, 이 건의 경우 청구법인이 당초 신고를 함에 있어 면제세액을 누락하여 이를 공제하지 아니한 채 신고한 것은 세액산정의 근거가 되는 사항에 관하여 실질내용에 부합하지 아니한 신고를 한 경우에 해당하여 수정신고의 대상이 된다고 보아야 할 것이다.(대법 93누 1589, 93.7.13 같은뜻)

(3) 이상의 법령의 규정 및 사실관계를 종합하여 판단컨대, 쟁점토지의 양도에 따른 이 건 특별부가세 43,875,110원에 대한 청구법인의 면제신청은 적법하게 이루어진 것이고, 당초 법인세 과세표준신고납부시 면제대상 세액인 위 금액을 공제하지 아니한 채 신고납부한 것은 실질 내용에 부합하지 않는 신고납부로서 수정신고의 대상에 해당되므로, 기납부한 위 특별부가세 43,875,110원의 환급을 신청하는 내용의 94.10.12자 청구법인의 수정신고를 적법한 수정신고로 받아들여 위 금액을 환급함이 타당하다고 판단된다.