토지에 대한 양도소득세의 부과제척기간이 만료된 것인지 여부(취소)

[주 문] OO세무서장이 95.2.16 청구인에게 한 89년 귀속 양도소득세 134,322,820원 및 동 방위세 22,387,130원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구인은 89.5.11 청구외 OOO에게 78.3.15 매매를 원인으로 서울특별시 강남구 OO동 OOOO 대지 768.2㎡와 같은동 OOOOOO 대지 168.2㎡ 중 각 1/4 지분(이하 청구인 지분에 대하여 “쟁점토지”라 한다)에 대한 소유권을 이전하였는데, 처분청은 쟁점토지의 양도일자를 89.5.11로 보아 95.2.16 청구인에게 89년 귀속 양도소득세 134,322,820원 및 동 방위세 22,387,130원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.4.6 심사청구를 거쳐 95.6.23 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 위 토지는 당초 청구인과 청구외 OOO, OOO, OOO이 공동으로 매입하였으나, OOO가 나머지 사람의 지분을 매입하여 그 지상에 OOO와 그의 처 명의로 상가와 주택을 건축하였는 바, 청구인은 OOO에게 쟁점토지를 양도하고 78.3.15 잔금을 수령한 후 소유권이전등기에 필요한 서류를 인도하였으나 그가 소유권이전등기를 지체하였으며, 이러한 과정에서 양도소득세 부담문제로 분쟁이 발생하여 소유권이전등기가 이루어지지 않고 있다가, 결국 87.4.17 OOO의 소송이 제기되었고 88.2.12 재판상화해가 성립되었으며, 이에 기하여 89.5.11 쟁점토지의 소유권이전등기가 이루어졌다. 따라서 쟁점토지의 양도일자는 잔금청산일인 78.3.15이며 쟁점토지에 대한 양도소득세의 부과제척기간이 만료되었으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인이 제시한 소송관계 서류는 당사자간의 합의로 사실과 다르게 작성될 수 있으며, 청구인이 쟁점토지를 양도하고 78.3.15에 잔금을 수령하였다는 객관적인 자료를 제시하지 못하므로 등기접수일을 양도시기로 하여 양도소득세를 과세한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지에 대한 양도소득세의 부과제척기간이 만료된 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 소득세법 제27조 및 같은법 시행령 제53조 제1항 제1호에서 자산의 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있고, 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에서 양도소득세는 과세표준신고기한의 다음날부터 5년의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 청구인과 OOO간의 서울지방법원 동부지원 제3민사부 화해조서(사건번호: 87 가합 2799호, 제소일자: 87.4.17, 화해일자: 88.2.12)에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 OOO에게 양도하고 77.4.1 계약금 2,800,000원, 77.5.15 중도금 12,000,000원, 78.3.15 잔금 13,400,000원을 수령한 것으로 되어 있고, 동 화해의 내용은 첫째, 청구인은 OOO에게 쟁점토지에 관하여 78.3.15자 매매를 원인으로 소유권이전등기절차를 이행하고, 둘째, 위 절차 이행에 따라 부과될 양도소득세는 OOO가 부담하되, 그 이행의 담보로 OOO는 청구인에게 80,000,000원을 한도로 한 담보가등기를 소유권이전등기절차 이행과 동시에 설정하며, 셋째, OOO가 양도소득세를 납부하는 즉시 청구인은 위 담보가등기를 말소하는 것으로 되어 있다. 등기부등본에 의하면, 청구인은 위 화해 내용에 따라 89.5.11자로 OOO에게 쟁점토지에 관하여 78.3.15자 매매를 원인으로 소유권이전등기절차를 이행함과 동시에 같은 날 청구인을 권리자로 하여 쟁점토지에 관하여 89.5.10자 대물반환 예약을 원인으로 담보가등기를 설정한 사실을 확인할 수 있다(동 담보가등기는 현재의 소유자인 주식회사 OO영화의 가등기말소청구소송에 의하여 쟁점토지에 대한 양도소득세의 납세의무가 소멸되었다는 이유로 청구인이 패소함으로써 94.7.13 말소되었다). 관련 과세자료에 의하면, 쟁점토지의 지상에는 양수자인 OOO 명의의 상가가 79.3.20부터, 그의 처 OOO 명의의 주택이 82.9.6부터 각각 건축되어 있는 사실이 확인된다(사회통념상 지상의 건물에 대한 소유권이 없이 토지만을 장기간 보유하는 경우는 극히 이례적이라 할 것이다) 양수자인 OOO가 쟁점토지 등과 그 지상의 주택 및 상가를 90.8.28과 90.11.15 양도한 사실이 있는데, OOO의 주소지를 관할하는 삼성세무서장은 94.3.16 OOO에게 동 양도소득세를 부과하면서 OOO의 쟁점토지 취득일자(청구인의 쟁점토지 양도일자가 된다)를 78.3.15로 하여 양도차익을 계산한 사실이 확인되고, OOO도 동 양도소득세의 부과처분에 대하여 이의가 없으며, 이 건 심판청구시에도 본인의 인감증명서를 첨부하여 78.3.15 쟁점토지에 대한 잔금을 청산한 사실을 확인하고 있다. 청구인의 쟁점토지 양도일자를 89.5.11로 하여 과세하는 경우 쟁점토지에 대한 78.3.15부터 89.5.11까지의 양도차익에 대하여 결과적으로 청구인과 OOO에게 이중으로 양도소득세를 부과하는 결과가 되고, 또한 위의 여러가지 사실의 전개과정 등을 고려하여 볼 때 청구인이 쟁점토지를 OOO에게 양도하고 78.3.15 잔금을 수령한 것으로 인정되는 바, 결론적으로 처분청이 이 건 양도소득세를 부과한 95.2.16 현재 청구인의 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세의 부과제척기간이 경과하였으므로 이 건 양도소득세는 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.