토지의 양도에 대한 양도소득세 감면의 종합한도를 1억원으로 하여 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인이 경기도 의정부시 OO동 OOOO 소재 답3,306㎡(이하“쟁점토지”라 한다)를 90.1.4 청구외 OOOO개발공사에 양도하고, 쟁점토지의 양도소득세 산출세액의 100%인 210,032,580원을 감면세액으로 하여 94.1.13 자산 양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도소득세에 대한 감면세액의 종합한도를 1억원으로 보아 이를 초과하는 세액을 감면배제하고 94.12.18 청구인에게 94년도 귀속분 양도소득세 110,032,580원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.2.16 심사청구를 거쳐 95.5.23 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 택지개발촉진법 제8조의 규정에 의거 개발계획이 승인(건설부장관 고시 제1992-766호, 92.12.30)된 토지로서 94.1.4 청구외 OOOO개발공사에 수용된 것이나 그 양도시기는 쟁점토지등에 대한 개발계획이 승인되어 건설부장관이 토지보상금을 지급할 의무가 확정된 날인 92.12.30로 보아야 할 것이며, 조세감면규제법 개정전인 93.12.30 위 OOOO개발공사에 토지대금의 보상신청을 하였던 것임에도 쟁점토지의 양도시기를 94.1.4로 보아 93.12.31 개정된 조세감면규제법 제119조에 의거 그 감면세액의 종합한도를 1억원으로 하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지의 양도시기는 소득세법시행령 제53조 제1항의 규정에 의거 그 대금을 청산한 날인 94.1.4이며, 93.12.31개정된 조세감면규제법 제119조의 규정등은 94.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정되어 있는 바, 처분청이 청구인에 대한 감면세액의 종합한도를 1억원으로 하여 그 초과하는 금액에 대한 감면을 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 감면의 종합한도를 1억원으로 하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 93.12.31 개정된 조세감면규제법 제63조 제1항 및 같은항 제3호의 규정을 종합해 보면 토지수용법 기타법률에 의하여 토지 또는 건물이 수용됨으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 30/100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 50/100에 상당하는 세액이 감면된다. 그러나, 같은법 부칙(93.12.31개정, 법률제4666호) 제16조 제3항에서는 92.12.31 이전에 토지수용법 기타법률에 의하여 사업인정 고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있다. 그리고 93.12.31 개정된 같은법 제119조에서는 “개인이 제43조·제63조 내지 제66조·제70조·제71조 및 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”고 규정하고 있으며 같은법 부칙 제7조 제1항에서는 이 법 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 94.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실 관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점토지의 양도시기가 언제인지를 살펴보면, 청구외 OOOO개발공사 OO지사장이 발급한 수용확인서 등에 의하면 청구인과 위 OOOO개발공사 간에 쟁점토지를 94.1.4 수용하기로 협의하고 94.1.12 매매대금이 정산된 것으로 확인되고 있으며, 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 94.1.5 청구인으로부터 OOOO개발공사에 소유권이전등기된 사실이 확인되고 있으므로 쟁점토지의 양도시기는 소득세법시행령 제53조 제1항 제2호의 규정에 의거 등기접수일인 94.1.5로 보아야 한다.

(2) 따라서 쟁점토지는 택지개발촉진법 제8조의 규정에 의거 개발계획이 승인(건설부장관고시 제1992-766호 92.12.30)된 의정부 OO택지개발사업지구에 편입된 토지로서 94.1.5 위 OOOO개발공사에 양도된 토지이므로 그 양도에서 발생한 소득은 93.12.31 개정된 조세감면규제법 제63조 제1항 및 제119조, 같은법 부칙(93.12.31개정, 법률 제4666호)제16조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면대상에 해당된다. 청구인은 쟁점토지의 양도에서 발생한 소득에 대하여는 93.12.31 개정된 조세감면규제법 제119조의 규정에 불구하고 같은법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세 전액이 면제되어야 한다고 주장하나, 이 부칙의 규정은 93.12.31 개정된 같은법 제63조 제1항의 양도소득세 감면비율(30/100, 50/100)에 불구하고 양도소득세를 면제한다는 것일 뿐 93.12.31 조세감면규제법이 개정되기전의 양도소득세 감면의 종합한도에 관한 규정을 적용한다는 것이 아니며, 94.1.1이후에 양도하는 토지 등에 대한 양도소득세 감면의 종합한도의 규정은 93.12.31 개정된 조세감면규제법 제119조의 규정이 적용되는 것으로서 양도소득세의 감면세액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면되지 아니한다고 할 것이므로 처분청이 93.12.31 개정된 조세감면규제법 제119조의 규정에 의거 청구인의 양도소득세 감면세액중 1억원을 초과하는 부분에 대하여 그 감면을 배제한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

(3) 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.