임대아파트 단지내의 부속상가인 상가의 분양으로 인하여 발생한 소득에 대하여 특별부가세를 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인이 경기도 부천시 OOOO개발사업지구 OOOOO 소재 토지 10,664.07㎡의 지상에 임대아파트 530세대(건물면적 28,345.37㎡)와 상가 및 유치원용 건물 482.98㎡(이하 “쟁점상가1”이라 한다)를 93.2.27 신축하고 경기도 고양시 OOOO개발사업지구 OOOOOO 소재 토지 28,323.90㎡의 지상에 임대아파트 426세대(건물면적 17,893.53㎡)와 상가용 건물 2,092.02㎡(이하 “쟁점상가2”라 한다)를 92.9.29 신축하여 93.1.1-93.12.31 사업년도중에 쟁점상가(1) 및 쟁점상가(2)와 그 부속토지(이하 “쟁점상가”라 한다)를 양도하고 93사업년도분 법인세신고시 쟁점상가의 양도를 특별부가세의 과세대상으로 신고하였다가 다시 쟁점상가의 양도를 특별부가세의 과세대상이 아닌 것으로 수정하여 쟁점상가의 양도차익에 대한 특별부가세 329,763,880원을 감액하는 것으로 수정신고하였으나 처분청은 위 수정신고일로부터 60일이되는 94.11.29까지 감액경정 등의 통보를 하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.1.27 심사청구를 거쳐 95.5.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 임대아파트의 임대행위도 주택건설촉진법에 따른 아파트의 판매행위와 그 입법취지는 동일한 것이며, 주택을 신축하여 판매하는 경우에 있어서 그에 부수하여 신축한 상가 등 복리시설의 양도에 대하여 특별부가세를 과세하지 아니하도록 한 것은 주택공급을 촉진하게 하여 국민의 주거생활안정을 도모하기 위한 것이라고 할 것인 바, 주택을 신축하여 판매하는 경우 뿐만 아니라 주택을 신축하여 임대하는 경우도 법인세법시행령 제124조의3 제5항의 경우에 해당된다고 할 것이므로 쟁점상가의 양도차익에 대하여는 특별부가세의 과세대상에서 제외함이 타당할 것이며 이러한 취지에서 대통령령 제14080호로 개정된 법인세법시행령 제124조의3 제5항에서 주택을 신축하여 임대하는 경우에도 그에 부수되는 상가의 양도를 특별부가세의 과세대상에서 제외하는 것으로 개정한 것이라고 할 것이므로 쟁점상가의 양도차익에 대한 특별부가세는 감액경정후 환급되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 청구법인이 신축판매한 임대주택의 부대시설인 쟁점상가가 특별부가세의 과세대상이 아니므로 청구법인이 당초 신고납부한 특별부가세를 감액결정 환급하여야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점상가의 양도당시에 시행되던 법인세법시행령 제124조의3 제5항의 규정에 의하면 주택을 신축하여 판매하는 경우에 구 임대주택건설촉진법에 의하여 건설한 주택을 포함한다는 규정이 없고, 다만 법인세법시행령 제124조의3 제5항의 규정이 93.12.31 대통령령 제14080호로 개정된 이후에는 임대주택건설촉진법에 의하여 건설한 임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우도 특별부가세의 과세대상에서 제외되는 경우에 포함한다고 규정하고 있으며, 동부칙 제6조에서는 이 개정규정은 이 령시행(94.1.1) 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 93.12.31 이전에 구 임대주택건설촉진법에 의거 임대주택과 상가를 신축하여 주택은 임대하고 상가는 분양한 경우로서 청구법인이 분양한 쟁점상가에 대하여는 특별부가세의 과세대상에서 제외할 수 없는 것이므로 처분청이 청부법인의 특별부가세에 대한 감액수정신고에 대하여 환급거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 임대아파트 단지내의 부속상가인 쟁점상가의 분양으로 인하여 발생한 소득에 대하여 특별부가세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 심리 및 판단

(1) 쟁점상가의 양도당시에 시행되던 법인세법 제59조의2 제1항 및 같은법시행령 제124조의3 제5항, 제6항의 규정에 의하면 법인이 주택을 신축하여 판매하는 경우에 그 주택 및 주택에 부수되는 토지(일정면적 이내)는 특별부가세가 과세되는 토지 및 건물에서 제외하는 것으로 규정하면서 주택건물의 일부에 다른 목적의 건물의 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 그 주택의 면적이 다른 목적의 건물면적보다 같거나 크면 그 전체를 주택으로 본다고 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 임대아파트의 임대행위에도 주택건설촉진법에 따른 아파트의 판매행위와 그 입법취지 등이 동일한 것이므로 주택을 신축하여 판매하는 경우 뿐만 아니라 주택을 신축하여 임대하는 경우도 위 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항 등의 규정이 적용되어야 한다는 주장이나, 위 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항의 규정은 주택을 신축하여 판매하는 경우로서 그에 부수하여 다른 목적의 건물이 설치된 경우에 주택으로 간주하는 범위를 정한 것일 뿐, 위 규정의 취지가 주택 자체가 판매되지 아니한 경우에도 주택으로 간주되는 다른 목적의 건물만의 판매에 대하여 독립적으로 특별부가세의 과세대상에서 제외하는 것으로 규정한 취지로는 볼 수 없는 것이므로 임대아파트단지내의 상가를 분양하는 경우에까지 그 적용범위를 확대할 수 없다고 할 것이다(대법 94누9054, 95.2.3 같은뜻임). 또한 쟁점상가는 93.1.1-93.12.31 사업년도중에 양도된 경우로서 93.12.31 개정된 법인세법시행령(대통령령 제14080호) 제124조의3 제5항의 규정이 적용(94.1.1 이후 양도분부터 적용)되기 이전에 양도된 경우이므로 처분청이 쟁점상가의 양도를 특별부가세의 과세대상에서 제외할 수 없는 것으로 보아 청구법인의 이 건 특별부가세에 대한 감액수정신고에 대하여 감액경정 및 환급을 하지 아니한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.