청구인이 받기로 한 대가가 특별부가세 과세대상이 되는지 여부(취소)

[주 문] 서부세무서장이 94.12.16 청구법인에게 경정고지한 92.1.1～ 92.12.31 사업연도분 법인세 1,359,450,910원(특별부가세 725,000,000원 포함) 및 93.1.1～93.12.31 사업연도분 법인세 45,384,190원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 OOOOOOOO회법에 의하여 설립된 법인으로서 법인세법 제1조 제1항에 규정하고 있는 비영리법인이며, 골프장사업을 영위하는 청구외 OO개발(주)의 주식을 각각50%씩 소유하고 있던 청구법인과 청구외 OOO은 청구외 OOO에게 위 OO개발(주)의 OO골프장 사업권중 각자 1/3지분을 양도하고 위 OOO으로 부터 각각 20억원씩을 받기로 92.9.20 계약을 체결하였고, 사업권의 1/3을 양도하는 방법으로 위 OO개발(주)의 자본금증자시 위 OOO을 증자에 참여시켜 청구법인, 청구외 OOO, 청구외 OOO의 주식소유 지분이 각각 1/3이 되도록 하기로 하였다. 처분청은 청구법인이 위 OO개발(주)의 주식을 양도하고 20억원을 받기로 한 것으로 보아 94.12.16 청구법인에게 92.1.1～92.12.31 사업연도분 법인세 1,359,450,910원(특별부가세 725,000,000원 포함) 및 93.1.1～93.12.31 사업연도분 법인세 45,384,190원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.1.28 심사청구를 거쳐 95.4.6 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 소유하고 있던 청구외 OO개발(주) 주식의 1/3지분을 양도한 것이 아니라 동 법인의 경영에 참여할 수 있는 지분권의 1/3을 양도한 것이므로 주식양도가 아니고 이러한 거래를 신주인수권양도로 본다고 하더라도 법인세법에서 신주인수권의 양도로 인한 수입금액을 비영리법인의 수익사업으로 보도록 한 규정은 93.12.31 개정된 것이므로 그 이전에 거래가 이루어진 이 건의 경우 청구외 OOO으로부터 받기로 한 20억원은 법인세과세대상이 아니며,

(2) 청구주장(1)과 같이 청구법인이 위 OO개발(주)의 주식을 양도한 것이 아니므로 청구법인이 받기로한 위 20억원은 법인세법 제59조의2 및 같은법시행령 제124조의3 규정에 의한 특별부가세 과세대상이 아니다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 청구외 OO개발(주)의 주식을 양도한 것이 아니라 골프사업운영권을 양도한 것이라고 주장하나, 사업운영권의 양도는 결국 주식양도로 이루어지므로 그 실질은 법인세법 제1조 제1항 제5호에 규정된 “주식의 양도”로 비영리법인의 수익사업에 해당되고,

(2) 골프장을 운영하는 법인의 주식을 양도한 것이므로 청구법인이 청구외 OOO으로부터 받기로 한 20억원은 법인세법시행령 제124조의3 제9항 규정에 의해 특별부가세가 과세되어야 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 청구법인이 주식을 소유하고 있던 골프장운영 법인의 증자시 청구법인은 실권하고, 제3자가 증자에 참여하도록 하여 주고 받기로 한 대가가 비영리법인의 수익사업에 해당되는지 여부와

(2) 쟁점(1)과 같이 청구인이 받기로 한 대가가 특별부가세 과세대상이 되는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령 법인세법 제1조 제1항에서 비영리법인에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴소득에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고, 93.12.31 개정전 제5호에서 “주식 또는 출자지분의 양도로 인한 수입”을 열거하고 있다.

(2) 사실관계

① 청구법인은 OOOOOOOO회법에 의하여 설립된 법인으로 법인세법 제1조 제1항에 규정하고 있는 비영리법인에 해당된다.

② 청구법인과 청구외 OOO은 92.9.20 이전에 OO골프장을 운영하는 청구외 OO개발(주)의 주식(자본금5억원)의 1/2지분(2억5천만원)을 각각 소유하고 있었다.

③ 청구법인과 청구외 OOO은 92.9.20 청구외 OOO과 『골프장사업권 일부 양도계약』을 체결하였는 바, 그 내용은 청구외 OO개발(주)가 경영중인 OO골프장의 사업권의 청구법인 소유지분중 1/3지분과 청구외 OOO 소유지분중 1/3지분을 청구외 OOO에게 양도하고 청구외 OOO은 청구법인과 청구외 OOO에게 각 20억원을 지불하고 이 계약에 따라 새로이 공동운영계약을 체결한다는 것이다.

④ 위③의 계약에 따라 92.9.21 공동운영계약을 체결하였는 바, 동계약서의 제2조에서 청구외 OO개발(주)의 주식보유비율은 위3자 공히 각각 1/3씩 대등한 지분을 보유한다고 하고 제3조에서 청구법인과 청구외 OOO은 공히 5억원, 청구외 OOO은 7억5천만원을 2차에 한하여 증자하고 기불입된 자본금 5억원을 합한 22억5천만원을 자본금불입 한도액으로 제한하고 이후 증자는 일체하지 않는다고 하고 있다.

⑤ 청구외 OO개발(주)는 92.9.20 자본금 10억원 증자하였고 주주별 증자금액은 청구법인이 2억5천만원, 청구외 OOO이 2억5천만원, 청구외 OOO이 5억원이며 증자 후 주주별 주식지분은 3인 모두 1/3지분(5억원)으로 동일한 지분을 소유하게 되었다.

(3) 위의 사실관계와 같은 형태의 거래에 있어서 당사자들이 수수한 20억원의 성격과 세법적용 문제를 검토해 본다.

① 청구법인이 위 OO개발(주)의 발행주식을 양도한 것이 아니고 청구외 OOO이 위 OO개발(주)의 증자에 직접 참여하여 92.9.20 신주인수 청약을 하고 그 청약대금 7억5천만원을 납입하였는데도 이 건 거래를 주식의 양도로 본 처분청의 처분은 사실관계의 파악에 오해가 있다.

② 신주인수권은 회사가 발행하는 신주를 우선적으로 배정받을 권리로서, 그 양도는 회사가 발행한 신주인수권 증서의 교부에 의해서만 행할 수 있는 바, (상법 제420조의3 제1항) 이 건 거래와 증자절차를 상세하게 살펴본 바에 의하면 “신주인수권증서의 발행·교부”의 사실이 있지 아니했던 것으로 확인되므로 이와 관련된 청구인 주장은 적절하지 아니하다.

③ 주주는 보유주식수에 따라 신주인수권을 가지며 주주가 신주인수의 청약을 하지 아니한 때에는 그 권리를 잃게 되는 바(상법 제419조) 이 건과 같은 거래에서 주주가 제3자의 신주 참여를 약정하고 실권의 대가로 받은 금품은 그 성격이 소득세법 제25조 제1항의 규정에 의한 “사례금”에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다.

(4) 한편 구주주와 제3자인 신주주가 상속세법 시행규칙 제11조 제2항의 규정에 의한 “특수관계에 있는 자”에 해당된다면, 위 OO개발(주)의 증자시 구주주가 영업권과 경영권 및 시세등의 상당한 권익을 포기하고, 제3자가 현저히 저렴한 가액으로 신주를 취득하게 된 경우에 해당할 수도 있다 할 것이므로, 이러한 경우에는 상속세법 제34조의5 제1항 제1호(93.12.31 개정되기 이전의 것)의 규정에 의한 증여의제로 볼 수도 있다.

(5) 판단 이상의 심리를 종합하여 보면 청구법인이 청구외 OOO으로부터 받은 20억원은 그 성격이 사례금에 해당되므로 개인의 경우는 종합소득세가 과세되지만 법인세법 제1조 제1항에 비영리법인의 수익사업으로 열거되어 있지 않아 비영리법인인 청구법인에게는 법인세과세 대상소득이 아닌데도 동 금액을 주식양도에서 발생한 수입금으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여 본다.
• 가. 관련법령 법인세법 제59조의2 제1항에서 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리·주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고, 같은법 시행령 제124조의3 제9항에서 “법 제59조의2 제1항에서 『주식 또는 출자지분』이라 함은 소득세법시행령 제44조의2 제1항 제1호·제4호 및 제5호에 규정된 자산을 말한다”고 규정하고 있다. 그리고 소득세법시행령 제44조의2 제1항 제5호 나목에서 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 의한 골프장업을 영위하는 법인의 주식을 양도소득세가 과세되는 『기타자산』으로 규정하고 있다.
• 나. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 청구외 OOO으로부터 받기로 한 20억원을 골프장사업을 영위하는 청구외 OO개발(주)의 주식의 양도차익으로 보아 이 건 특별부가세를 부과하였으나 위 20억원은 쟁점(1)의 심리내용과 같이 주식의 양도에서 발생한 수입금액이 아니라 할 것이므로 이를 주식의 양도차익으로 보아 이 건 특별부가세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
• 다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.