[주 문] 대방세무서장이 ’94.10.20 청구인에게 부과한 ’94년도분 양도소득세 6,419,930원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요 청구인은 ’83.12월 서울특별시 영등포구 OO동 OOOOOO 대지 103.9㎡에 건축허가를 받아 ’84년도에 주택 243㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 거주하다가 ’94.9월 위 대지와 쟁점주택을 양도하고 ’94.9.23 자산양도차익 예정신고하면서 대지는 1세대 1주택 부수토지로 비과세로 하고 주택은 미등기 양도자산으로 양도소득세 6,419,930원을 신고·납부하였다. 처분청은 같은 날 신고 시인하였고 청구인은 당초 신고내용이 부당하다 하여 ’94.10.7 양도소득세 수정신고하면서 기 납부한 양도소득세액의 환급을 요구하였으나 처분청은 ’94.10.20 청구인에게 당초 결정이 정당하다고 통지하여 환급을 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’94.11.16 심사청구를 거쳐 ’95.3.6 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구인은 ’94.6.13 국외이주를 위하여 ’83.6.13 취득한 서울특별시 영등포구 OO동 OOOOOO 대지 103.9㎡ 위 지상에 주택(이하 “쟁점주택”이라 함)을 ’84년도에 신축하여 10년이상 거주하다가 양도한 후 매도용 인감증명서를 발급받기 위하여 처분청에 경유한 바, 쟁점주택은 미등기 자산으로 양도소득세가 과세된다고 하여 납부하였다. 그러나 쟁점주택은 준공검사를 받지 못하여 가옥대장 등본을 발급받을 수 없으므로 소유권 보존등기가 불가능하여 미등기 상태로 양도한 자산으로 이 건 양도소득세를 비과세하고 기납부한 양도소득세를 환급하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 1세대 1주택임에는 다툼이 없는 이 건의 경우 다툼은 쟁점주택이 미등기자산인데 양도소득세 과세대상에 해당되는지의 여부를 가리는 데 있다고 할 것이므로 관련 법규정을 보면 소득세법시행령 제121조의2 제4호의 규정에 의하면 “법 제5조 제6호 (자)에 규정하는 1세대 1주택으로서 건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산”은 미등기 양도제외자산으로 보도록 규정하고 있어서 1세대 1주택으로 3년이상 거주한 경우에도 미등기상태로 양도한 경우에는 양도소득에 대한 양도소득세가 과세되는 것이고 이 경우 전시한 영 제121조의 2의 규정에 미등기 양도제외자산에 해당하는 무허가 건물등은 1세대 1주택으로 비과세함을 알 수 있다.(소득세법 기본통칙 1-2...6의 2 동지) 처분청 조사에 의하면 청구인은 건축허가를 득하여 쟁점주택을 신축한 후 거주하다가 미등기상태에서 양도한 사실이 확인된다. 그렇다면 쟁점주택은 건축법에 의한 건축허가를 받지 않아서 등기가 불가능한 자산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 양도소득세의 과세대상으로 보아 과세한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 건축허가를 받아 신축하여 3년이상 거주하다가 미등기상태로 양도한 주택은 소득세법시행령 제121조의2 제4호에 규정한 미등기양도 제외자산에 해당되는지를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 소득세법 제5조 제6호 (자)목에 『대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제15조 제1항에 『비과세되는 1세대 1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다.(이하 단서규정 생략)』이라고 규정하고 있으며, 같은법 제70조 제3항 제4호에 『미등기 양도자산의 세율은 양도소득과세표준의 100분의 60으로 한다』고 규정하고 있고, 같은조 제7항에 『제3항 제4호에서 “미등기 양도자산”이라 함은 제23조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제121조의2 제4호(미등기양도제외자산)에서는 『법 제5조 제6호 (자)목에 규정하는 1세대 1주택으로서 건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산』이라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 첫째, 처분청은 쟁점주택의 부수토지의 양도에 대하여 1세대 1주택의 부수토지로 인정하여 양도소득세를 비과세하였다. 둘째, 청구인은 위 토지를 ’83.6.14 취득하여 ’83.12 건축허가를 받아 쟁점주택을 신축하였고, 허가당시 허가면적은 129.49㎡이나 실제 건축면적이 243㎡로서 실제 건축면적이 허가면적보다 큰 사실이 영등포구청이 발행한 건축허가서(허가번호 101호) 및 재산세 과세대장에 의하여 확인되고 있고, 쟁점주택이 건축허가를 받았으나 준공검사를 받지 못하여 건축물 관리대장에 등재하지 못한 사유가 건축법 위반(허가면적보다 실제 건축면적이 초과한)인 것이 확인되는 바, 등기가 가능한 것을 양도소득세를 포탈할 목적으로 미등기 상태로 양도한 것으로 보여지지 아니한다. 셋째, 청구인이 쟁점주택에 ’84～’94.6.13까지 3년 이상 거주한 사실이 주민등록등본에 의해 입증되고 있다. 넷째, 처분청 조사내용에 의하면 청구인은 양도일 현재 쟁점주택 이외에 다른 주택을 소유하고 있지 않은 사실이 확인되고 있다. 위 사실과 법령을 종합하여 보면, 무허가건축물로서 미등기 양도된 경우에는 1세대 1주택 비과세대상에서 제외하지 아니하면서 건축허가를 받았으나 건축법 위반으로 건축물 관리대장에 등재를 하지 못하여 보존등기가 불가능하여 미등기상태에서 양도한 주택의 경우에는 일률적으로 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외함은 법률적용상 형평을 잃은 것으로 인정되는 바, 미등기라는 사실이외에 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 쟁점주택의 양도에 대하여는 양도소득세를 비과세하는 것이 법리상 합리적이므로 처분청이 쟁점주택을 미등기양도자산으로 보아 과세한 당초처분은 법령을 오해한 잘못이 있다고 인정된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.