심판청구의 은 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공할 건물을 취득한데 따른 매입세액을 과세사업과 면세사업으로 구분함 있어서 (예정)사용면적 비율을 기준으로 하는 방법과 매입가액 비율, 예정공급가액 비율 등을 기준으로 하는 방법 중 어느 방법이 합당한 것인지 여부(취소)

[참조결정] 국심1994서0895

[주 문] 광화문세무서장이 94.9.16 청구법인에게 한 92년 제1기분 부가가치세 242,997,360원, 92년 제2기분 부가가치세 121,531,820원, 93년 제1기분 부가가치세 115,254,450원, 93년 제2기분 부가가치세 116,362,220원, 94년 제1기분 부가가치세 78,221,010원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 부가가치세 과세사업인 부동산임대업 등과 면세사업인 금융업을 겸영하는 업체인데, 그 본점으로 사용할 목적으로 서울특별시 종로구 OO동 OOOOOOO 대지 3,304.99㎡, 건물 27,968.08㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 청구외 주식회사OO로부터 매입하면서 과세사업의 예정사용면적 비율(26.33%)을 기준으로 92년 제1기에 220,906,690원, 92년 제2기에 110,483,480원, 93년 제1기에 110,483,480원, 93년 제2기에 110,483,480원, 94년 제1기에 73,665,650원의 부가가치세 매입세액을 각각 신고하여 공제받은 사실이 있다. 처분청은 94.8월 청구법인에 대한 부가가치세 환급조사시에 과세사업자의 실제 사용면적 비율이 12.53%인 사실을 발견하고, 92년 제1기부터 92년 제2기까지는 공통매입가격을 제외한 과세사업과 면세사업의 매입가액 비율을 기준으로 매입세액을 안분계산하고(청구법인의 경우 92년 제1기와 92년 제2기에는 공통매입가액을 제외한 과세사업에 관련된 매입가액이 없으므로 매입가액 비율을 기준으로 매입세액을 안분계산하게 되면 과세사업에 관련된 매입세액은 없다), 93년 제1기부터 94년 제1기까지는 과세사업의 예정공급가액과 면세사업의 실제공급가액을 합한 가액에 대한 과세사업의 예정공급가액의 비율을 기준으로 매입세액을 안분계산하여(청구법인의 경우 과세사업의 예정공급가액 비율은 93년 제1기에 1.36%, 93년 제2기에 1.12%, 94년 제1기에 0.91%로 공제대상 매입세액은 각각 5,706,700원, 4,699,630원, 2,545,630원이다) 94.9.16 기 매입세액 공제한 처분을 경정하여 청구법인에게 92년 제1기분 부가가치세 242,997,360원, 92년 제2기분 부가가치세 121,531,820원, 93년 제1기분 부가가치세 115,254,450원, 93년 제2기분 부가가치세 116,362,220원, 94년 제1기분 부가가치세 78,221,010원을 각각 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.11.10 이의신청, 94.12.28 심사청구를 거쳐 95.3.6 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점건물 취득에 따른 매입세액 공제는 부가가치세법 제17조 및 동법시행령 제61조 제1항에 의하여 실지귀속에 따라 사용면적의 비율로 안분계산함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법 시행령 제61조 제4항에서 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 공통매입세액을 안분하는 방법의 순위를 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율로 하도록 규정하고 있으므로 매입가액 비율, 예정공급가액 비율 등에 의하여 공통매입세액을 안분계산한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 쟁점은 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공할 쟁점건물을 취득한데 따른 매입세액을 과세사업과 면세사업으로 구분함 있어서 (예정)사용면적 비율을 기준으로 하는 방법과 매입가액 비율, 예정공급가액 비율 등을 기준으로 하는 방법 중 어느 방법이 합당한 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 그 제4호에서 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 열거하고 있다. 같은법 시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공동매입세액이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가격의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산하다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×(면세공급가격÷총공급가액)”이라고 규정하고, 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”이라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제61조의 2(공통매입세액의 정산) 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (92.12.31 신설) 가산 또는 공제되는 매입세액 〓 〔총공통매입세액×(과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액÷과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액)-기공제세액〕 또는 〔총공통매입세액×(과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적÷과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적)-기공제세액〕”이라고 규정하고 있다. 위 관련법령의 규정에 의하면 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업(면세사업)에 관련된 매입세액은 실지귀속에 따라 계산하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 공급가액의 비율에 따라 안분계산하고, 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 공통매입세액의 안분계산은 첫째, 매입가액 비율, 둘째, 예정공급가액 비율, 셋째, 예정사용면적 비율순으로 하도록 규정되어 있다. 건물취득과 관련한 매입세액의 경우 그 매입세액과 매입가액 또는 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없으며, 건물 중 일부는 과세사업에 사용하고 다른 일부는 면세사업에 사용하는 경우 하나의 재화를 동시에 과세사업과 면세사업에 혼용하는 것이 아니라 과세사업과 면세사업에 사용되는 면적이 구분되고 특정되는 것이라고 볼 수 있으므로 과세사업에 사용하는 건물면적과 면세사업에 사용되는 건물면적이 엄격하게 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있다. 따라서 쟁점건물의 취득과 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것이며, 위 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 후단 및 제4항, 제61조의 2 제1항의 규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우에 적용되는 것으로 해석하여야 할 것이다(같은 취지: 국심 94경 3263, 95.2.22 합동회의). 청구법인은 92.6.2 이사회 결의에 의하여 쟁점건물 중 과세사업에 사용할 예정사용면적 비율을 26.33%로 정하고, 그 비율을 기준으로 92년 제1기부터 94년 제1기까지 관련 부가가치세 매입세액을 신고하여 공제받은 사실이 관련서류에 의하여 확인되는 바, 일단 청구법인이 과세사업에 사용할 예정사용면적 비율을 기준으로 쟁점건물의 취득과 관련한 매입세액을 신고하여 공제받은 것은 그 실지귀속에 따른 것으로서 정당하다고 판단된다.

• 다. 한편, 청구법인의 경우 94.8월 쟁점건물 입주 당시에 확정된 과세사업에 실제 사용하는 건물면적의 비율은 처분청의 조사내용에 의하면 12.53%인 바, 당초 예정사용면적 비율 26.33%와 추후 확정된 실제사용면적 비율 12.53%의 차이에 상당하는 매입세액에 대한 과세문제가 발생한다. 부가가치세법 제17조(납부세액) 제5항에서 “제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산할 수 있다”고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제63조(납부세액 또는 환급세액의 재계산) 제1항에 “법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조 및 제61조의2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 비율보다 증가하는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다”고 규정하고, 그 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입가액×(1-10/100× 경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율”이라고 규정하고 있다. 위 관련법령의 규정에 의하면 사업자가 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 사용 또는 소비하는 과세기간에 부가가치세를 재계산 하도록 규정되어 있는 바, 쟁점건물의 경우에도 결국 청구법인이 과세사업과 관련하여 매입세액을 공제받은 이후에 면세사업을 위하여 일부 전용한 것으로 보아야 할 것이며, 이 경우에 면세사업에의 전용에 따른 부가가치세는 그 전용한 과세기간인 94년 제2기를 과세기간으로 하여 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다(같은 취지: 국심 94서895, 95.4.15). 따라서 이 건의 경우 처분청이 94년 제2기를 과세기간으로 하여, 기공제받은 매입세액에 대하여 재계산하여 관련된 부가가치세를 과세하는 것은 별론으로 하고, 92년 제1기부터 94년 제1기까지의 과세기간분 부가가치세는 취소하여야 할 것이다.

• 라. 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.