법인세조사 당시에 장부와 증빙서류의 제시가 없음을 이유로 하여 법인세과세표준을 추계조사결정한 처분의 당부(경정)

[주 문] 91.12.31 사업년도분 법인세 723,362,820원과 91년 제1기분 부가가치세 26,000,000원 및 91년 제2기분 부가가치세 63,877,270원의 처분은 청구법인의 장부와 기타 증빙서류에 의거 실지조사하여 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 91.1.1～91.12.31 사업년도(이하 “91사업년도”라 한다) 분 법인세과세표준신고서와 함께 그 부속서류를 첨부하여 법정신고기한 내인 92.3.30 법인세 등을 신고한 이후 93.6.21 부도가 발생하였다. 처분청은 청구법인의 91사업년도분 법인세조사와 관련하여 93.11.25 청구법인에게 장부 등의 제시를 요구하였으나 그 제시가 없음을 이유로 하여 청구법인의 91사업년도분 법인세과세표준을 추계조사결정하는 것과 함께 91사업년도 중 서울특별시 중구 OO동 OOOOO 소재 천주교 서울대교구 종교음악원의 신축을 위한 굴토 및 골조공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 수입금액 691,363,636원을 누락한 것으로 보아 94.10.16 청구법인에게 91 사업년도분 법인세 723,362,820원, 91년 제1기분 부가가치세 26,000,000원 및 91년 제2기분 부가가치세 63,877,270원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.12.13 심사청구를 거쳐 95.3.3 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장

1. 청구주장 1 청구법인은 80.12.31 설립된 이래 약 10여년간 정상적으로 영업을 하여 성실히 납세의무를 이행하여 왔으며 91사업년도분 법인세도 기장된 장부 등에 의하여 총수입금액을 921,005,656원, 그 과세표준을 124,017,281원으로 하여 이에 대한 법인세 28,165,870원을 법정신고기한 내인 92.3.30 자진신고 및 납부하였고, 91사업년도분 대차대조표도 92.3.27 OOOO신문에 적법하게 공고한 사실이 있는 등 91사업년도분 법인세신고의무를 적법하게 이행하고 정상적인 영업활동을 수행하였으나, 석유개발공사가 발주한 OO석유 비축기지공사를 청구외 OO건설(주)로부터 청구법인이 하도급받아 공사를 진행하던 중 위 OO건설(주)의 기성금 미지급으로 OO은행 OOO지점에 만기도래한 어음을 결제하지 못하여 93.6.21 부도가 발생함에 따라 채권자들이 사무실을 점거하여, 기물을 파괴하고 직원을 폭행하는 등으로 인하여 직원들이 피신하고 있어서 장부와 증빙서류를 제시할 수 없었던 상황이었는 바, 그 후 채권자들과 합의하여 부도상황이 원만히 해결되어 장부와 증빙서류를 빠짐없이 보관하고 있으므로 청구법인의 법인세를 추계조사결정할 것이 아니라 실지조사결정함이 타당하다.

2. 청구주장 2 천주교 서울대교구 종교음악원의 신축을 위한 굴토 및 골조공사(쟁점공사)는 천주교 교단이 직접공사를 시행한 것으로서 청구법인이 그 건축허가 등을 위하여 명의만을 대여한 것이며, 교회 등의 공사는 관례적으로 교인들의 헌금 등에 의해 시행되는 관계로 공사비가 항시 부족하고, 비영리 사회사업을 행하는 교회에서 세금 및 이익금을 지급할 수 없다고 하여 청구법인이 세금계산서 등을 발행할 수 없었던 실정이었으므로 위 종교음악원 신축공사와 관련하여 청구법인이 천주교로부터 지급받은 공사금액을 수입금액의 누락으로 보아 이에 대한 부가가치세 등을 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 국세청장의견 청구주장을 살펴보면 ① 91사업년도분 법인세를 실지조사할 수 있는 장부 및 증빙서류를 비치기장하고 있음에도 추계결정함은 부당하며, ② 쟁점공사에 대하여는 도급받은 것이 아닌 자문만을 하였다고 주장하고 있으나, 처분청은 91사업년도분 법인세를 추계결정할 수밖에 없었던 부득이한 사유를 명시하여 추계결정이 합법적이었음을 제시하고 있고, 쟁점공사도 청구법인이 직접시행한 것임을 거증자료로서 입증하고 있는 데 반하여 청구법인은 청구주장을 뒷받침할 만한 일체의 증빙자료의 제시가 없는 관계로 그 주장의 진위를 가릴 수 없을 뿐만 아니라 신뢰성도 없는 것으로 보인다고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

1. 법인세조사 당시에 장부와 증빙서류의 제시가 없음을 이유로 하여 법인세과세표준을 추계조사결정한 처분의 당부

2. 쟁점공사에 대한 수입금액의 누락여부

• 나. 쟁점 1(추계조사결정의 당부)에 대하여

(1) 관련법령 법인세법 제32조 제3항의 규정에 의하면 정부는 각사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하며 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다고 규정하면서 같은법시행령 제93조 제1항에서는 추계결정할 수 있는 사유로 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때 등으로 규정하고 있으며, 같은법시행령 제92조 제3항에서는 법 제32조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 과세표준신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

① 93.11.25 처분청이 청구법인의 법인세조사 등과 관련하여 청구법인에게 91사업년도분 장부 등의 제시를 요구한 데 대하여 청구법인은 부도발생과 관련하여 청구외 OOO이 청구법인의 장부 등을 은닉한 관계 등으로 그 장부등을 제시할 수 없는 것으로 94.1.22 답변한 바 있으나 청구법인은 이 건 심판청구와 관련하여 우리심판소에 91사업년도분 장부 및 증빙서류를 제시하고 있으며, OO은행 OOO지점장이 발급한 부도사실확인원에 의하면 93.6.21 청구법인의 부도발생사실이 있었는 것으로 확인되고 있다.

② 청구법인이 신고한 91사업년도분 법인세과세표준신고서 및 그 부속서류 등에 의하면 청구법인이 91사업년도말 현재의 대차대조표를 92.3.27 OOOO신문에 공고한 바 있고 91사업년도분 법인세과세표준 등을 그 법정신고기한 내인 92.3.30 신고한 사실이 있으며, 법인세 신고관련 부속서류로 손익계산서 및 대차대조표 등 주요재무제표와 주요계정 과목에 대한 명세서 및 세무조정관련서류 등을 처분청에 제출한 사실이 확인되고 있다.

③ 이러한 사실들로 미루어 볼 때, 청구법인이 장부 및 증빙서류 등에 근거하여 91사업년도의 대차대조표 및 손익계산서 등의 결산관련서류 등을 작성하고 이에 대한 세무조정 등을 거쳐 법인세과세표준신고서 및 그 부속서류를 법정신고기한내에 적법하게 신고한 것이라고 할 것이며, 청구법인이 부도발생 등으로 인하여 처분청의 91사업년도분 법인세조사 당시에는 그에 대한 장부와 증빙서류를 제시하지 못하였으나 이 건 심판청구와 관련하여 91사업년도분 장부 및 그 증빙서류 등을 제시하고 있는 바, 이러한 법인세과세표준신고서 및 그 부속서류와 장부, 기타 증빙서류 등을 근거로 법인세과세표준 등을 결정할 수 있는 경우에는 청구법인의 91사업년도분 법인세과세표준을 실지조사에 의하여 결정함이 타당하다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 91사업년도분 법인세과세표준을 추계조사결정하여 이 건 법인세 등을 고지한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

• 다. 쟁점 2(수입금액의 누락여부)에 대하여

(1) 법인세법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제12조의 규정에 의하면 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 등을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말하는 것으로 규정하면서 수익이라 함은 제조업, 건설업 등의 사업에서 생기는 수입금액으로 규정하고 있으며, 부가가치세법 제1조의 규정에 의하면 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 부과하는 것으로 규정하고 있고 부가가치세법 제21조에서는 사업자의 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루 등이 있는 때에는 부가가치세의 과세표준 등을 조사에 의하여 경정하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 천주교 서울대교구 종교음악원 신축공사(쟁점공사)를 천주교 교단으로부터 도급받은 것이 아니라 그 건축허가 등을 위하여 명의만 대여한 것이므로 청구법인이 종교음악원으로부터 지급받은 공사대금을 청구법인의 수입금액으로 볼 수 없다는 주장이나, 쟁점공사를 발주한 천주교 OO동 교회의 주임신부인 청구외 OOO 신부에게 쟁점공사의 도급여부에 대하여 우리심판소가 조회(국심 46830-2865, 95.7.10)한 내용에 대한 회신에 의하면 종교음악원의 건립을 위한 굴토 및 골조공사 등을 청구법인에게 도급한 사실이 있는 것으로 확인되고 있으며, 청구법인이 이 건 심판청구와 관련하여 제시한 공사대금의 입금 및 지급현황에 의하면 공사대금으로 760,500,000원을 종교음악원으로부터 입금받아 노임 및 골조공사비를 대행하여 지급한 것으로 밝히고 있고 처분청이 94.2.2 청구법인의 상무이사로 재직한 바 있는 청구외 OOO으로부터 작성받은 확인서에도 청구법인이 종교음악원의 신축공사와 관련한 굴토공사와 골조공사 등을 직접 시공하고 천주교로부터 그에 대한 공사대금을 수령한 사실을 확인하고 있는 바, 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 종교음악원으로부터 수령한 760,500,000원(부가가치세 포함)은 청구법인의 공사수입금액에 해당된다고 할 것이므로 처분청이 위 수입금액을 청구법인의 신고수입금액에서 누락된 것으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세 및 부가가치세를 부과한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.