청구법인이 통신개발연구원에 지급한 출연금이 법인세법 제18조 제3항 또는 조세감면규제법 제49조 제1항의 규정에 의하여 전액 손금에 산입되는 기부금에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] [이 유]

1. 원처분의 개요 청구법인은 ’93.1.1 - 12.31 사업년도에 청구외 통신개발연구원에 104억원을 출연하고 이를 법인세법 제18조 제3항 제1호의 기부금으로 보아 전액 손금에 산입하여 ’94.3.31 법인세과세표준 및 세액을 신고·납부한 후 ’94.4.30 동 출연금을 지정기부금으로 하여 지정기부금 한도초과액 2,967,603,804원을 손금 불산입하는 것으로 법인세과세표준 및 세액을 수정신고·납부하였다가 ’94.9.14 동 출연금을 다시 전액 손금에 산입하여 법인세 1,034,209,900원을 환급세액으로 하여 법인세과세표준 및 세액을 수정신고하였다. 처분청은 ’94.10.12 청구법인의 ’94.9.14 수정신고에 대하여 동 출연금은 지정기부금에 해당하므로 청구법인이 ’94.4.30 수정신고한 내용이 적법하다고 청구법인이 법인세 환급세액으로 신고한 1,034,209,900원에 대한 환급 거부의 뜻을 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’94.11.14 심사청구를 거쳐 ’95.2.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 체신부장관이 청구법인에게 배정한 통신개발연구원에 대한 출연금 104억원을 통신개발연구원에 지급하였다. 전기통신기본법 제10조에서 “체신부장관은 전기통신의 진흥을 위하여 전기통신을 연구하는 기관 및 단체를 지도·육성하여야 하며, 이를 위하여 정부가 재정지원을 하거나 체신부장관은 기간통신사업자로 하여금 재정적 지원을 하게 할 수 있다”고 규정하고 있다. 따라서, 청구법인이 기간통신사업자로서 체신부장관으로부터 출연권고 금액을 통보받아 통신개발연구원에 출연한 금액은 사실상 국가(체신부장관)에 기부한 것과 같다고 보아야한다. 또한, 기간통신사업자가 통신개발연구원에 출연한 출연금은 정부가 직접 출연한 출연금과는 달리 정부예산에 편성되지는 아니하나, 통신개발연구원이 출연금을 사용하기 위해서는 기금의 운용·관리에 관한 규정을 정하여 체신부장관의 승인을 얻도록 되어 있으므로, 정부가 직접 출연한 기금과 기간 통신사업자가 출연한 기금은 일단 출연된 후에는 하나의 기금으로서 그 성격이 동일하게 취급되는 바 이는 법인세법 기본통칙 2-12-1···18에서 규정하고 있는 “국가 또는 지방자치단체의 기관의 장이 세입·세출 예산에 준하여 직접 관리하는 경우”에 해당한다. 아울러 특정연구기관육성법의 적용을 받는 특정연구기관(OO전자통신연구소, OO표준연구소, OO기계연구소, OO과학재단 등), OO과학기술원, OO원자력연구소 등에 지급한 출연금은 조세감면규제법 제49조에 의하여 전액 손금에 산입되는 바, 통신개발연구원은 여기에 열거되지는 아니하였으나 그 설립주체 및 설립취지는 동일하므로 통신개발연구원에 지급한 출연금도 전액 손금산입되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 통신개발연구원에 출연한 104억원은 기부처가 통신개발연구원이고, 체신부는 출연금액을 배정하여 권고하였을 뿐이므로 국가(체신부)에 지급한 기부금으로 볼 수 없다. 즉 청구법인이 지급한 출연금을 국가등에 대한 기부금으로 보기 위해서는 지급처가 체신부이어야 하고 또한 체신부의 예산에 편입·사용된 경우이어야 하는 것이다. 또한 통신개발연구원은 조세감면규제법 제49조에 규정된 법인이 아니다.

3. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 통신개발연구원에 지급한 출연금이 법인세법 제18조 제3항 또는 조세감면규제법 제49조 제1항의 규정에 의하여 전액 손금에 산입되는 기부금에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.

4. 심리 및 판단 법인세법 제18조의 규정을 보면, 그 제1항에서 일정한 한도금액 이내의 지정기부금은 손금에 산입하나, 그 한도를 초과하는 지정기부금과 지정기부금외의 기부금은 손금불산입 하도록 규정되어 있고, 그 제3항에서 동항 각호에 열거하는 기부금에는 그 제1항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하면서 그 제3항 제1호에서 “국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액”을 규정하고 있다. 이와 관련하여 법인세법 기본통칙 2-12-1···18에서 “법 제18조 제3항 제1호에 규정하는 국가 또는 지방자치 단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액은 당해 금품의 가액이 국가 또는 지방자치단체의 예산에 편입(국가 또는 지방자치단체의 기관의 장이 이를 세입, 세출예산에 준하여 직접 관리하는 경우를 포함한다)되거나 국유재산법 또는 지방재정법에 규정하는 기부채납에 의하여 당해 물품등이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 것으로 한다”고 규정하고 있다. 통신개발연구원은 통신개발연구원법에 의하여 설립된 법인으로서 국가기관이 아님이 명백하고, 따라서 통신개발연구원에의 출연금은 법인세법 제18조 제3항에 규정하는 기부금에 해당되지 아니한다. 또한 통신개발연구원이 출연금을 사용하기 위하여 기금의 운용·관리에 관한 규정을 정하여 체신부장관의 승진을 받아야 하는등 체신부장관의 감독을 받는다 하여 통신개발연구원이 받은 출연금을 체신부장관이 세입, 세출예산에 준하여 직접 관리하는 것이라고 인정되지 아니한다. 그리고 조세감면규제법 제49조에서는 통신개발연구원에 지급한 출연금을 손금에 산입하도록 규정된 바 없고, 조세감면규제법의 관련 규정은 이를 엄격히 해석·적용하여야 한다 할 것이므로 통신개발연구원의 설립주체나 설립취지가 같은법 제49조 제1항에서 열거한 법인들과 유사한 면이 있다 하여 통신개발연구원에 지급한 출연금에 대하여도 동 규정을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

[이 유]

1. 원처분의 개요 청구법인은 ’93.1.1 - 12.31 사업년도에 청구외 통신개발연구원에 104억원을 출연하고 이를 법인세법 제18조 제3항 제1호의 기부금으로 보아 전액 손금에 산입하여 ’94.3.31 법인세과세표준 및 세액을 신고·납부한 후 ’94.4.30 동 출연금을 지정기부금으로 하여 지정기부금 한도초과액 2,967,603,804원을 손금 불산입하는 것으로 법인세과세표준 및 세액을 수정신고·납부하였다가 ’94.9.14 동 출연금을 다시 전액 손금에 산입하여 법인세 1,034,209,900원을 환급세액으로 하여 법인세과세표준 및 세액을 수정신고하였다. 처분청은 ’94.10.12 청구법인의 ’94.9.14 수정신고에 대하여 동 출연금은 지정기부금에 해당하므로 청구법인이 ’94.4.30 수정신고한 내용이 적법하다고 청구법인이 법인세 환급세액으로 신고한 1,034,209,900원에 대한 환급 거부의 뜻을 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’94.11.14 심사청구를 거쳐 ’95.2.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 체신부장관이 청구법인에게 배정한 통신개발연구원에 대한 출연금 104억원을 통신개발연구원에 지급하였다. 전기통신기본법 제10조에서 “체신부장관은 전기통신의 진흥을 위하여 전기통신을 연구하는 기관 및 단체를 지도·육성하여야 하며, 이를 위하여 정부가 재정지원을 하거나 체신부장관은 기간통신사업자로 하여금 재정적 지원을 하게 할 수 있다”고 규정하고 있다. 따라서, 청구법인이 기간통신사업자로서 체신부장관으로부터 출연권고 금액을 통보받아 통신개발연구원에 출연한 금액은 사실상 국가(체신부장관)에 기부한 것과 같다고 보아야한다. 또한, 기간통신사업자가 통신개발연구원에 출연한 출연금은 정부가 직접 출연한 출연금과는 달리 정부예산에 편성되지는 아니하나, 통신개발연구원이 출연금을 사용하기 위해서는 기금의 운용·관리에 관한 규정을 정하여 체신부장관의 승인을 얻도록 되어 있으므로, 정부가 직접 출연한 기금과 기간 통신사업자가 출연한 기금은 일단 출연된 후에는 하나의 기금으로서 그 성격이 동일하게 취급되는 바 이는 법인세법 기본통칙 2-12-1···18에서 규정하고 있는 “국가 또는 지방자치단체의 기관의 장이 세입·세출 예산에 준하여 직접 관리하는 경우”에 해당한다. 아울러 특정연구기관육성법의 적용을 받는 특정연구기관(OO전자통신연구소, OO표준연구소, OO기계연구소, OO과학재단 등), OO과학기술원, OO원자력연구소 등에 지급한 출연금은 조세감면규제법 제49조에 의하여 전액 손금에 산입되는 바, 통신개발연구원은 여기에 열거되지는 아니하였으나 그 설립주체 및 설립취지는 동일하므로 통신개발연구원에 지급한 출연금도 전액 손금산입되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 통신개발연구원에 출연한 104억원은 기부처가 통신개발연구원이고, 체신부는 출연금액을 배정하여 권고하였을 뿐이므로 국가(체신부)에 지급한 기부금으로 볼 수 없다. 즉 청구법인이 지급한 출연금을 국가등에 대한 기부금으로 보기 위해서는 지급처가 체신부이어야 하고 또한 체신부의 예산에 편입·사용된 경우이어야 하는 것이다. 또한 통신개발연구원은 조세감면규제법 제49조에 규정된 법인이 아니다.

3. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 통신개발연구원에 지급한 출연금이 법인세법 제18조 제3항 또는 조세감면규제법 제49조 제1항의 규정에 의하여 전액 손금에 산입되는 기부금에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.

4. 심리 및 판단 법인세법 제18조의 규정을 보면, 그 제1항에서 일정한 한도금액 이내의 지정기부금은 손금에 산입하나, 그 한도를 초과하는 지정기부금과 지정기부금외의 기부금은 손금불산입 하도록 규정되어 있고, 그 제3항에서 동항 각호에 열거하는 기부금에는 그 제1항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하면서 그 제3항 제1호에서 “국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액”을 규정하고 있다. 이와 관련하여 법인세법 기본통칙 2-12-1···18에서 “법 제18조 제3항 제1호에 규정하는 국가 또는 지방자치 단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액은 당해 금품의 가액이 국가 또는 지방자치단체의 예산에 편입(국가 또는 지방자치단체의 기관의 장이 이를 세입, 세출예산에 준하여 직접 관리하는 경우를 포함한다)되거나 국유재산법 또는 지방재정법에 규정하는 기부채납에 의하여 당해 물품등이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 것으로 한다”고 규정하고 있다. 통신개발연구원은 통신개발연구원법에 의하여 설립된 법인으로서 국가기관이 아님이 명백하고, 따라서 통신개발연구원에의 출연금은 법인세법 제18조 제3항에 규정하는 기부금에 해당되지 아니한다. 또한 통신개발연구원이 출연금을 사용하기 위하여 기금의 운용·관리에 관한 규정을 정하여 체신부장관의 승진을 받아야 하는등 체신부장관의 감독을 받는다 하여 통신개발연구원이 받은 출연금을 체신부장관이 세입, 세출예산에 준하여 직접 관리하는 것이라고 인정되지 아니한다. 그리고 조세감면규제법 제49조에서는 통신개발연구원에 지급한 출연금을 손금에 산입하도록 규정된 바 없고, 조세감면규제법의 관련 규정은 이를 엄격히 해석·적용하여야 한다 할 것이므로 통신개발연구원의 설립주체나 설립취지가 같은법 제49조 제1항에서 열거한 법인들과 유사한 면이 있다 하여 통신개발연구원에 지급한 출연금에 대하여도 동 규정을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.