토지가 비업무용부동산에 해당한다 하여 관련지급이자를 손금불산입하고, 토지 양도에 대한 특별부가세감면을 배제한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 제주도 남제주군 안덕면 OO리 OOOO 임야 23,431㎡, 같은리 OOOOO 임야 17,514㎡, 같은리 OOOOO 임야 6,102㎡, 같은리 OOOOO 임야 11,914㎡, 같은리 OOOOOOO 임야 8,877㎡,같은리 OOOOOOO 임야 18,247㎡, 같은리 O OOOO 임야 44,430㎡, 같은리 O OOOO 임야 145,388㎡, 같은리 O OOOO 임야 72,578㎡, 같은리 O OOOOOO 임야 41㎡, 같은리 O OOOO 임야 17,950㎡, 같은리 O OOOO 임야 13,785㎡, 같은리 O OOOO 임야 106,215㎡, 같은리 O OOOO 임야 99,372㎡, 같은리 O OOOO 임야 60,580㎡, 같은리 O OOOO 임야 58,413㎡(위 16필지의 토지를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 1988.9.30 취득하여 보유하다가 1991.7.29 청구외 국방부에 양도하였다. 처분청에서는 청구법인의 1991사업년도 법인세 경정조사시 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당된다 하여 관련 지급이자 158,897,238원을 손금불산입하고, 쟁점토지양도에 따른 특별부가세의 감면을 배제하여 1991사업년도 법인세 1,665,855,480원을 1994.9.5 청구법인에게 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1994.11.2 심사청구를 거쳐 1995.2.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 쟁점토지에 청구법인의 목적사업인 콘도미니엄을 비롯한 체육시설 및 종합휴양시설등을 건설코자 1988.9.30 쟁점토지를 취득하여 전문설계용역업체인 주식회사 OO엔지니어링과 1988년 10월에 설계용역계약을 체결하고 구체적인 실시설계등을 완료한 후 사업허가관청인 남제주군수에게 사업승인을 요청하였으나 국토이용계획변경이 선행되어야 한다는 담당공무원의 안내에 따라 1989.3.2 쟁점토지 소재지인 OO지구국토이용계획 일부변경을 요청하였는 바, 남제주군수가 “제주도 개발종합계획이 곧 확정될 예정이니 조금만 기다려 달라”고 하면서 청구법인이 신청한 국토이용계획변경건의 처리를 미루어 이를 기다리던 중 1991년초에 국방부로부터 쟁점토지를 군사목적으로 사용코자 수용할 계획이라는 통보를 받고 처음에는 이를 완강히 거절하다가 쟁점토지를 정부가 직접 대단위사업에 사용할 것이므로 국방부가 직접 세무당국과 협조하여 쟁점토지의 양도와 관련 특별부가세를 면제해주겠다는 제의를 받고 어쩔 수없이 협의매수형식으로 쟁점토지를 국방부에 양도하였으므로 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당하지 아니한다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 국세청장은 청구법인이 제주서남부권 개발계획이 확정된 바도 없고 관광단지 조성 승인을 받지도 아니한 임야 상태인 쟁점토지를 청구법인의 사업목적에 부합된 콘도미니엄 관광휴양시설물 등의 건축이 가능하다는 행정당국의 보장도 없는 상태에서 취득하여 2년 10개월간 보유만 하다가 양도하였으므로 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호에서 규정하고 있는 “사용제한부동산”에도 해당하지 아니하고, 동시행규칙 같은항의 다른 비업무용 부동산 제외규정에 해당하지 아니하는 한 동 시행규칙 제3항 제1호의 유예기간내에 업무에 직접 사용하지 아니하면 비업무용부동산에 해당하므로 이 건의 경우와 같이 취득하여 양도할 때까지 1년이상 계속하여 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당된다 할 것이고, 따라서 쟁점토지 양도에 대하여 특별부가세 면제를 배제한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당한다 하여 관련지급이자를 손금불산입하고, 쟁점토지 양도에 대한 특별부가세감면을 배제한 처분의 당부에 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령을 보면 1990.12.31 개정시행된 법인세법(법률 제4282호) 제18조의3 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것

2. ～ 3. (생략)』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제43조의2 제1항에서『법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용 부동산 등”이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. ～ 5. (생략)』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제18조 제3항에서는 『영 제43조의2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용 부동산 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 부동산(제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월(지방세법 시행령 제84조의4 제1항에 규정된 공장용 부지의 경우에는 2년, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. ～ 23. (생략)』라고 규정하고 있고, 같은조 제4항 제1의 2호에서는 『당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 국가 또는 지방자치단체가 직접 사용하기로 계획된 부동산(도시계획확인원 등 공부에 의하여 확인되는 것에 한한다)과 문화재보호법에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산』을 비업무용부동산에서 제외한다고 규정하고 있다. 한편 쟁점토지 양도당시 시행된 조세감면규제법(법률 제4285호, 1990.12.31) 제57조 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (단서생략)

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. (생략)』라고 규정하면서, 같은법 부칙 제14조에서는 『제57조 제1항 제2호에 해당하는 토지를 1991년 12월 31일 이전에 양도하는 경우 제57조 제1항의 개정규정에 불구하고 특별부가세를 면제』토록 규정하고 있고, 같은법 제66조에서『법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률 중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다.』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제54조에서는 『법 제66조에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당하는 것을 말한다. 다만, 법 제67조의 15 제2항의 규정에 의하여 양도하는 토지 등을 제외한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제20조의2 제1항에서는 『영 제54조에서 “재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련 없는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 양도일까지 1년이상 계속하여 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용 부동산을 포함한다)

2. (생략)』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계를 보면 청구법인이 1988.9.30 쟁점토지를 취득하여 보유하다가 1991.7.29 공공용지협의 취득을 원인으로 국방부에 양도한 사실과 쟁점토지의 지목이 임야인 사실이 쟁점토지의 등기부등본에 의해 확인되고, 처분청에서는 쟁점토지가 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 토지라 하여 관련 지급이자를 손금불산입하고, 특별부가세의 감면신청을 배제하여 과세한 사실이 이 건 과세기록에 의해 확인되며, 청구법인의 등기부등본의 목적란에는 휴양콘도미니엄·종합휴양업등이 기재되어 있음을 알 수 있다. 살피건대, 청구법인은 청구법인의 목적사업인 콘도미니엄 및 골프연습장 등을 건립코자 쟁점토지를 취득하여 기본 설계를 완료하고 토지이용계획의 변경을 신청하는등 당초 취득목적대로 사용하기 위한 노력을 계속 경주하였으나 행정당국에서 이에 대한 검토를 지연시켰기 때문에 사업시행이 안된 상태에서 쟁점토지를 양도하였으므로 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당하지 아니하고 따라서 이 건 법인세 과세처분은 위법부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인은 지목을 변경하지 아니하고는 청구법인의 목적사업인 콘도미니엄등의 건축이 불가능한 지목이 임야인 쟁점토지를 취득하여 약 2년 10개월간 보유하다가 국방부에 양도하였는 바, 청구법인이 쟁점토지 위에 청구법인의 목적사업 수행을 위한 시설을 설치코자 기본설계를 완료하고, 개발촉진지역인 쟁점토지 소재지를 관광휴양지역으로 그 토지이용계획변경을 관계행정당국에 신청한 사실등은 청구법인이 제출한 제증빙자료에 의해 확인할 수 있으나, 이와같이 당초 건축(시설물 설치포함, 이하 같다)이 불가능한 임야 상태인 쟁점토지를 취득하여 토지이용계획 변경신청등 건축을 하기 위하여 노력한 사실만 가지고는 쟁점토지를 전시한 법인세법 시행규칙 제18조 제4항에서 규정하고 있는 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로 볼 수 없다 할 것이므로 취득하여 양도할 때까지(약 2년 10개월) 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 쟁점토지는 비업무용 부동산에 해당한다고 보아야 할 것이다. 따라서 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 전시한 법령에서 정하고 있는 바에 따라 관련 지급이자를 손금불산입하고 쟁점토지 양도에 대하여 특별부가세의 감면을 배제한 처분청의 당초처분은 타당하다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.