세금계산서상 부가가치세액중 처분청의 공제대상 매입세액의 결정이 타당한지 여부(경정)

[주 문] OO세무서장이 94.9.16 청구인에게 과세한 94년도 제1기분 부가가치세 2,192,720원은 매입세액 918,181원을 매출세액에서 추가로 공제하여 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 서울특별시 구로구 OO동 OOOOO, OOO에 소재한 임대용 건물 1,665.68㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 94.5.25 신축(준공)하여 청구외 OOO와 1/2지분씩 소유하면서 부동산 임대업을 영위하고 있는 자로서, 쟁점부동산 신축비로 93.9.21에 100,000,000원 93.12.29에 1,000,000원 94.2.8에 19,000,000원 94.2.28에 12,000,000원을 지급하고, 94.2.28에 공급가액 120,000,000원 및 세액 12,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 94년도 제1기분 부가가치세 신고시 매입세액 12,000,000원을 공제하였다. 처분청은 쟁점부동산의 공급을 중간지급조건부 공급으로 보아 93년도 지급분 101,000,000원에 대하여는 공급시기 이후에 세금계산서를 교부받았다는 이유로, 94.2.28 지급한 12,000,000원에 대하여는 청구인이 부가가치세로 별도로 지급하였다는 이유로 관련매입세액의 공제를 부인하고, 94.2.8 지급한 19,000,000원의 대하여만 100분의 10에 해당하는 1,900,000원을 공제대상 매입세액으로 인정하여, 94.9.16 청구인에게 94년도 제1기분 부가가치세 2,192,720원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.11.9 심사청구를 거쳐 95.2.15 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 중간지급조건부 건설용역으로서 공급대가가 수회에 걸쳐 분할하여 지급되는 경우 각각의 금액에 부가가치세가 포함되어 있다고 보아야 하므로, 94.2.8 지급된 19,000,000원과 94.2.28 지급된 12,000,000원 합계 31,000,000원을 공급대가로 보고 동 금액에 100/110을 곱하여 공급가액을 산출한 다음 그 금액의 10%를 부가가치세로 인정하여 매입세액으로 공제함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 부가가치세액이 별도 표시되지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 과세표준으로 보는 것이나, 당사자의 약정에 의하여 실제로 공급가액과 부가가치세를 별도로 구분하여 받는 때에는 그 공급가액을 과세표준으로 하는 것(부가 22601-626, 90.5.23)이므로 처분청의 조사내용 및 청구인이 작성한 확인서에 의하면 쟁점세금계산서상의 대금지급 93.9.21자 100,000,000원, 93.12.29자 1,000,000원, 94.2.8자 19,000,000원은 공급가액이고, 94.2.28자 12,000,000원은 세액으로 지급한 것으로 되어 있어 공급가액 및 세액을 별도로 지급한 사실이 확인되므로 93.9.21, 93.12.29 및 94.2.8에 지급한 금액은 순수한 공급가액으로 부가가치세가 포함되어 있다고 볼 수 없는바 청구인이 수취한 94.2.28자 세금계산서의 매입세액 12,000,000원중 공급시기가 일치하는 94.2.8 지급분 19,000,000원에 대한 매입세액 해당액 1,900,000원만 공제대상으로 보아 이건 부가가치세를 과세한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상 부가가치세액중 처분청의 공제대상 매입세액의 결정이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 제1항의 규정에 의하면 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 부가가치세를 포함하지 아니한 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 같은법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제22조 제2호에 의하면 중간지급조건부로 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있다.
• 다. 처분청의 공제대상 매입세액 결정의 당부

(1) 청구인과 청구외 OOO는 93.4.1 도급금액을 814,000,000원(부가가치세 74,000,000원 포함)으로 하여 OO종합건설주식회사와 쟁점부동산의 신축계약을 체결하고 공사대금을 공동으로 수시로 지급하면서 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하여 왔으나, 처분청은 쟁점부동산 신축공사 용역이 실질적으로 중간지급조건부 용역에 해당된다고 인정하고 세금계산서 발행시기가 속하는 과세기간중에 지급한 공사대금에 대한 매입세액을 제외하고는 관련 매입세액의 공제를 부인한 사실을 처분청의 과세자료 및 청구인 제시 자료에 의하여 알 수 있으며, 청구인도 중간지급조건부 공급으로 수긍하고 세금계산서 발행시기가 속하는 과세기간 전에 지급된 공사대금에 대한 매입세액의 불공제 처분에 대하여는 다투지 아니 하고 있다.

(2) 쟁점세금계산서(공급가액 120,000,000원 부가가치세 12,000,000원 합계 132,000,000원)는 최종 교부받은 세금계산서로서, 처분청은 94.8 경정 조사시 청구인이 쟁점세금계산서상 공급가액 및 부가가치세를 다음과 같이 별도로 지급하였다는 내용의 확인서를 받고, 다 음 날 짜 금 액 지급수단등

93. 9.21 93.12.29

97. 2. 8

94. 2.28 합 계 100,000,000원 1,000,000원 19,000,000원 12,000,000원 132,000,000원 무통장 입금 현금 지급 현금 지급 현금 지급, 세액 해당 쟁점세금계산서상 매입세액 12,000,000원중 93년도에 지급한 101,000,000원에 대한 매입세액은 쟁점세금계산서 교부시기(94.2.28)가 속하는 과세기간(94.1.1부터 94.6.30)이전의 공급분에 대한 매입세액으로서 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서상의 매입세액에 해당된다는 이유로 불공제하였고, 94.2.28 지급한 12,000,000원은 별도로 지급한 부가가치세액이라는 이유로 관련 매입세액의 공제를 인정하지 아니하였으며, 94.2.8 지급한 19,000,000원에 대한 매입세액만 1,900,000원으로 계산하여 공제하였는바, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 그 대가에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 과세표준으로 하는 것이 부가가치세법 제13조 제1항의 취지에 부합되는 과세표준의 계산방법으로서 확립된 과세관행(부가가치세법 기본통칙 5-1-1... 13)이고, 통상 공사대금을 지급할 때 공급가액 따로 부가가치세 따로 지급하는 것이 아니고 공급가액과 부가가치세가 포함된 공급대가로 일괄지급하는 것이 일반적인 상거래 관행이므로, 쟁점부동산 신축공사를 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제22조 제2호에서 규정한 중간지급조건부 용역의 공급으로 보아 신축대금의 각 지급시기를 공급시기로 보았다면 각 공급시기에 지급한 대가에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 그 지급액의 110분의 100에 해당하는 금액을 공급가액으로 하고 그 공급가액의 100분의 10을 부가가치세액으로 보아 매입세액으로 공제함이 위 법령의 취지 및 일반 상거래관행에 부합될 뿐만 아니라, 징세행정의 측면에서도 납세자가 부가가치세를 별도로 지급하였는지 여부에 따라 공제대상 매입세액의 크기를 달리하는 것보다 납세자 또는 세무공무원의 자의적인 주장 또는 결정을 배제할 수 있어서 바람직한 것으로 판단된다.

(3) 따라서 이 건 과세처분은 94.2.8 지급한 19,000,000원 및 94.2.28 지급한 12,000,000원 합계 31,000,000원의 110분의 100에 해당하는 28,181,818원을 공급가액으로 보아 동 금액의 100분의 10에 해당하는 2,818,181원을 공제대상 매입세액으로 하여 경정함이 타당하다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.