쟁점매장을 임차한 법인이 부담한 쟁점건물의 개·보수비용을 임대자인 청구법인이 부담하여야 할 자본적 지출로 보아 당해 비용 상당액을 쟁점매장에 대한 임대용역의 대가의 일부로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요

• 가. 청구법인이 94.5.10(가계약일 93.8.24) 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 OOO산업개발주식회사(이하 “청구외 OOO백화점”이라 한다)에게 청구법인 소유 서울특별시 마포구 OOO동 OOOO 소재 건물 12,885.73㎡(지하4층 지상11층으로 이하 “쟁점건물”이라고 한다)중 7,819.93㎡(이하 “쟁점매장”이라고 한다)를 임대보증금 14,500,000,000원에 임대기간을 10년으로 정하여 임대한 사실과 그 후 청구외 OOO백화점이 쟁점건물의 개·보수비용으로 3,493,230,000원을 지출한 사실과 관련하여 처분청은 청구외 OOO백화점이 쟁점건물의 개·보수비용으로 지출한 위 3,493,230,000원 중 백화점 영업을 위한 매장의 인테리어 공사비등 1,668,000,000원을 제외한 나머지 1,825,230,000원(이하 “쟁점공사비”라고 한다)은 배연시설공사비, 변전설비 증설공사비, 외벽 증축공사비 등 자본적지출에 해당하므로 건물주인 청구법인이 부담하여야 할 개·보수공사비 임에도 이를 임차법인이 부담한 것은 사실상 동액 상당액의 임대료를 낮게 정한 것이라고 보아 이를 임대기간(1994.5.10～2004.5.9)의 선수임대료로 인정하여 이중 94.5.10～94.6.30까지의 임대료수입금액 26,003,276원 [쟁점공사비 1,825,230,000원×]을 과세표준에 합산하여 94.8.16 청구법인에게 94년 제1기분 부가가치세 5,863,400원을 과세하였다.
• 나. 한편, 처분청은 청구법인이 청구외 OO개발주식회사로부터 차입한 704,657,775원에 대한 93년도분 지급이자 105,293,246원 (이하 “쟁점이자”라고 한다)을 93.10.30 미지급비용으로 회계처리한 후 이를 94.1.4 지급하면서 법인세를 원천징수불이행한 사실에 대하여 94.8.16자로 청구법인에게 94사업년도(1.1～12.31) 법인세 32,114,430원을 과세하였다.
• 다. 청구법인은 위 처분에 각 불복하여 94.9.22 심사청구를 거쳐 94.12.31 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점공사비를 청구법인이 부담하여야 할 쟁점건물의 자본적 지출에 해당된다 하여 동 금액 상당액을 임대용역의 대가의 일부로 보아 이 건 과세하였으나 쟁점 공사비는 청구외 OOO백화점이 동 법인의 영업상 필요에 의하여 쟁점건물을 자기 스스로 개·보수한 공사비이고 이러한 사실은 쟁점공사비가 청구외 OOO백화점의 장부에 계상되어 있고 임대차계약이 만료되거나 해지시 위 법인이 쟁점건물에 설치한 제반시설물중 이전하여 재사용이 곤란한 시설물은 청구법인이 임차법인의 장부가액으로 매수하기로 약정한 사실이 있는점 등으로 보아 알 수 있음에도 처분청이 아무런 근거도 없이 쟁점공사비를 쟁점매장의 선수임대료로 보아 이 건 과세함은 부당하다.

(2) 법인세법 제39조(원천징수) 제1항 및 동법시행령 제100조의 4(원천징수대상소득의 범위) 제1항 제4호에서 “신고한 과세표준금액에 이미 산입된 미지급 소득”은 원천징수대상에서 제외하도록 규정하고 있는바 청구법인이 청구외 OO개발주식회사에게 지급하여야 할 93년도 귀속분 쟁점이자를 93.10.30 미지급금으로 장부에 계상하였다가 이를 94.1.4에 지급하였으므로 그 지급당시에는 이자 소득이 아닌 미지급금에 불과하므로 원천징수대상이 될 수 없음에도 처분청이 이를 원천징수대상으로 보아 이 건 법인세를 과세함은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 부가가치세 과세처분에 대하여 부가가치세법 제7조(용역의 공급) 제1항의 규정에 의하면 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다”라고 규정하고 있는바, 임대건물의 내용년수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출에 해당하는 공사비를 임차인이 부담하였다면 건물주인 임대인은 임차인에게 임대 용역을 공급한 것으로 보아야 할 것이다. 이 건의 경우 쟁점매장의 임차법인이 부당함 쟁점공사비 1,825,230,000원의 내역을 공사 유형별로 보면, 배연시설, 변전설비증설, 옥상공조실신설, 기계설비교체, 기초보강, 외장판넬, 도장, 증축외벽, 방화구획차단, 내장, 소화설비·공기정화기공사 등으로 구분되어 있는 사실이 관련증빙에 의하여 알 수 있어 쟁점건물의 내용년수를 연장시키는 자본적 지출액에 해당됨이 확인되므로 처분청이 쟁점공사비 상당액을 사실상 쟁점매장에 대한 임대용역의 대가로 보아 이 건 과세한데 잘못이 없다.

(2) 법인세 (원천징수) 과세처분에 대하여 청구법인이 청구외 OO개발주식회사에게 94.1.4 지급한 93년도 발생분 쟁점이자는 납세의무자인 위 OO개발주식회사가 신고·납부한 법인세과세표준금액에 그 원천징수대상금액이 산입되어 있지 아니하므로 청구법인이 그 지급시 원천징수 하였어야 함에도 이를 이행하지 아니 하였으므로 처분청이 법인세법 제38조(징수) 제6항의 규정에 의하여 원천징수의무자인 청구법인에게 이 건 법인세(원천징수)를 과세한데 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 쟁점매장을 임차한 법인이 부담한 쟁점건물의 개·보수비용을 임대자인 청구법인이 부담하여야 할 자본적 지출로 보아 당해 비용 상당액을 쟁점매장에 대한 임대용역의 대가의 일부로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점이자가 원천징수 대상소득에 해당되는지 여부

• 나. 쟁점① (부가가치세 과세처분)에 대하여

(1) 부가가치세법 제13조(과세표준) 제1항에서 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액으로 한다(단서생략).

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제48조(과세표준의 계산) 제1항에서 “법 제13조 1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적가치 있는 것을 포함한다”라고 규정하고 있는바, 부동산(건물)임대차 계약에 있어서 임차자가 임대건물의 내용년수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출에 해당하는 개·보수비용을 부담하는 경우에는 임대자(건물소유자)는 임차자로부터 동 공사비 상당의 재화(시설)를 공급받는 대신 동액 상당의 임대료를 낮게 정한 것으로 봄이 상당하므로 이러한 경우에는 임대자의 부가가치세 과세표준에 임차자가 부담한 개·보수비용을 포함하여야 한다. (국세청예규 부가22601-1693, 91.12.20 같은 뜻)

(2) 청구외 OOO백화점이 청구법인으로부터 쟁점건물내에 있는 쟁점매장을 임차한 후 쟁점건물의 개·보수비용으로 쟁점공사비(1,825,230,000원)등 3,493,230,000원을 지출한 사실에 대하여는 다툼이 없다. 처분청은 쟁점공사비가 자본적 지출에 해당되므로 건물주인 청구법인이 부담하여야 할 비용임에도 이를 임차법인이 부담한 것은 동액 상당의 임대료를 낮게 정한 것과 같다하여 쟁점공사비 상당액을 선수임대료 수입으로 보아 과세한데 대하여 청구법인은 청구외 OOO백화점이 쟁점공사비를 지출한 것은 동 법인의 영업상 필요에 의하여 자기스스로 지출한 것이고 임대차계약이 만료되거나 해지시에는 임차법인이 개·보수한 시설물중 이전하여 재사용이 곤란한 것은 청구법인이 임차법인의 장부가액으로 매수하기로 약정한 사실이 있음에도 처분청이 쟁점공사비 상당액을 쟁점매장의 선수임대료로 보아 과세함은 부당하다고 주장하므로 살피건대, 청구법인은 임대기간(10년)이 만료되거나 해지시 임차법인이 개·보수한 시설물중 이전·재사용이 곤란한 것은 임차법인의 장부가액으로 매수하기로 약정한 바 있다고 주장하며 그 증빙으로 임대차계약서를 제시하나, 동 계약서상 이에 관한 약정내용이 없는 반면, 위 시설물은 별도 독립된 시설물이 아니라 쟁점건물에 부착되어 일체화된 시설물인 점에서 특별한 사정이 없는 한 건물주인 청구법인에게 귀속된다고 할 것인 바, 쟁점공사비의 지출내역을 보면, 백화점매장의 내부공사비가 아니라 쟁점건물의 외벽증축공사, 전기 및 기계설비공사, 변전설비공사 등으로 쟁점건물의 내용연수를 증가시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적지출에 해당하는 비용임을 알 수 있다. 따라서 쟁점공사비는 건물주인 청구법인이 부당하여야 할 개·보수비용임에도 이를 임차법인인 청구외 OOO백화점이 부담하였다면 결국 동액 상당액만큼 임대료를 낮게 정하였다고 보아야 하므로 처분청이 쟁점공사비 상당액을 청구법인의 선수임대료로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 다. 쟁점②(법인세 부과처분)에 대하여

(1) 법인세법 제39조(원청징수) 제1항에서 소득세법 제142조 제1항 제1호의 이자소득금액을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라고 한다)하여 정부에 납부하도록 규정하고 있고, 같은법 시행령 제100조의 4(원천징수 대상소득의 범위) 제1항 제4호에서 법 제39조 제1항에 규정하는 이자소득금액에 “신고한 과세표준금액에 이미 산입된 미지급소득”은 포함되지 아니한다고 규정하고 있으며, 한편, 법인세법 제38조(징수) 제6항 본문에 의하면 “정부는 제39조에 규정하는 원천징수의무자가 그 징수하여야 할 세액을 징수하지 아니하였거나 징수한 세액을 기간내에 납부하지 아니한 때에는 지체없이 국세징수의 예에 의하여 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 제41조 제2항에 규정하는 가산세액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다”고 규정하고 있다.

(2) 이 건의 경우 청구법인이 청구외 OO개발주식회사로부터 차입한 704,657,775원에 대한 93년도분 지급이자 105,293,246원(쟁점이자임)을 93.10.30 미지급비용으로 회계처리한 후 이를 94.1.4 지급한 사실, 청구외 OO개발주식회사가 93사업년도 법인세신고시 미수이자인 쟁점이자를 과세표준금액에 산입하지 아니한 사실, 청구법인이 쟁점이자를 94.1.4 지급함에 있어 법인세를 원천징수하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 위 다툼없는 사실에 의하면, 쟁점이자는 청구외 OO개발주식회사가 신고한 법인세 과세표준금액에 산입된 미지급소득이 아니므로 법인세 제39조 제1항에 규정하는 원천징수대상 이자소득금액에 해당된다 할 것이고 따라서 청구법인이 쟁점이자를 94.1.4 지급함에 있어 법인세를 원천징수하여야 함에도 이를 징수·납부하지 아니하였으므로 처분청이 법인세법 제38조 제1항의 규정에 의거 청구법인에게 이 건 법인세(원천징수분)를 과세함은 적법 타당하다고 판단된다. 한편, 청구법인은 쟁점이자를 93.10.30 미지급금으로 장부에 계상하였다가 이를 94.1.4 지급하였으므로 그 지급당시에는 이자소득이 아닌 미지급금의 지급에 불과하므로 원천징수대상이 아니라고 주장하는 바, 동 주장은 아무런 법적 근거없는 주장으로 관계법리를 오해한 독자적인 견해에 불과하여 이유가 없다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.