부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품 매입세액을 공제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 경상남도 진주시 OO동 OOOO 소재에서 금융·소매업을 영위하는 OOOOOO협동조합 OO지소로서 1994.7.1 소매업부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 후 1995.1.25 1994년도 제2기분 부가가치세 확정신고시 재고품매입세액 10,717,660원을 매출세액에서 공제하고 환급신청을 하였다. 처분청은 청구법인이 소매업을 과세사업으로 전환한 후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액이 6,759,159원에 불과한데도 재고품 매입세액 10,717,660원 전액을 공제하여 부가가치세를 부당하게 환급신청하였다는 이유로 부가가치세 확정신고기한(1995.1.25)이 경과한 후 30일이 되는 1995.2.24 까지 청구법인에게 부가가치세 환급통지를 하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1994.4.25 이의신청과 1995.6.29 심사청구를 거쳐 1995.9.28 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 부가가치세 시행규칙 부칙(1993.12.31 재무부령 제1957호로 개정된 것) 제6조 제2항의 “....6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다”라는 규정의 의미는 당해 과세기간의 매출세액에서 당해 과세기간의 매입세액을 공제하여 납부할 세액을 확정한 후 재고품 매입세액을 공제한다는 공제순서 또는 방법을 규정한 것이지 “과세전환일 현재의 재고품 매입세액을 납부할 세액의 범위내에서 공제한다”라는 취지로 이해되어서는 아니되므로 신고한 재고품 매입세액 전액을 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 재정경제원 소비 46015-35(1995.2.7)에 의하면 1994.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품 매입세액은 1994.7.1 이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것으로 해석하고 있으므로 처분청이 재고품 매입세액에 대한 당초 환급을 부당한 것으로 보아 환급배제한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품 매입세액을 공제할 O 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 제1항 본문에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 단서에서 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 규정하고 있으며,

(2) 1993.12.31 개정된 같은 법 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제38조 제1항 제5호 및 제2항을 모두어 보면, 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 OO협동조합법에 의한 조합과 중앙회등 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 부가가치세의 면제대상은 동 단체등이 그 고유목적 사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역으로 한다고 규정하고 있고,

(3) 같은 법 시행규칙(1993.12.31 재무부령 제1957호로 개정된 것) 제11조의 5 및 별표 5의 제5호에서 정부대행업체의 면세사업의 범위를 OO협동조합에 의한 조합과 중앙회를 단체명으로 규정하면서 면세사업 범위로 OO협동조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업으로 한정하면서, 단서에서 서울특별시·광역시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다고 규정하고 있으며, 한편 같은 법 시행규칙 부칙(1993.12.31 재무부령 제1957호로 규정된 것) 제1조 단서에서 동 규칙 제11조의 5는 1994년 7월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 동 규칙 제11조의5 제1항의 규정에 의한 별표 5의 제5호등의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하면 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 OO분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 1994년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

• 다. 심리 및 판단

(1) 위에서 본 관련 법령에 의하면 면세사업에서 과세사업으로 전환시 재고품 매입세액은 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액(매출세액-매입세액)을 한도로 공제하여야 하는 바, 청구법인의 경우 1994년 제2기분 부가가치세 신고내용을 아래와 같이 살펴보면 납부할 세액이 6,759,159원 뿐이다.

① 총매출 세액: 86,600,130원

② 총매입 세액: 79,840,971원

③ 납부할 세액: 6,759,159원

④ 재고품 매입세액: 10,717,660원 (이중 공제대상: 6,759,159원)

⑤ ’94.2기 예정신고시 납부세액: 515,154원

(2) 지금까지 O·O·O·OO 및 OOOOO관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합등으로 1994.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 재고품 매입세액 공제도 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기 부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 것이나 과세전환후 6개월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품 매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다.(재정경제원 소비46015-35, 1995.2.7 같은 뜻O) 따라서 재고품 매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 O 없으나, 위 관련법령 규정등에 따라 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것이 타당하므로, 청구법인이 1994년도 제2기 부가가치세 예정신고시 납부한 515,154원을 환급하는 것은 별론으로 하더라도 이 건의 경우 재고품 매입세액 10,717,660원중 납부할 세액 6,759,159원 만큼만 매출세액에서 공제할 대상인 것으로 보인다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.