부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품 매입세액을 공제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 OOOO조합법에 의거 설립된 법인으로써 그 동안 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세가 면제되고 있었으나 1994.7.1부터 청구법인의 소매업부분이 부가가치세 과세사업으로 전환됨에 따라 부가가치세법 시행규칙 제6조 제1항의 규정에 의거 1994.7.23 재고품신고서(재고금액 141,283,493원)를 소관세무서장에게 제출한 후 1995.1.25 1994년 제2기분 부가가치세 예정신고시에 재고품 매입세액 14,104,143원(이하 “쟁점 재고품 매입세액”이라 함)을 매출 세액에서 공제하여 환급받을 세액으로 신고하였다. 처분청은 1995.4.24 청구법인의 1994년 제2기분 부가가치세를 경정결정하면서 매출세액 140,515,017원과 매입세액 175,949,778원(재고품 매입세액 14,104,143원, 일반매입세액 132,263,846원, 시설투자 매입세액 29,581,789원) 중 일반 매입세액 132,263,846원의 차액 8,251,171원을 납부할 세액으로 보고, 위 납부할 세액에서 쟁점재고품 매입세액 14,104,143원과의 차액인 5,852,972원의 재고품 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 28,996,492원을 환급받을 세액으로 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1995.4.24 이의신청, 1995.7.1 심사청구를 거쳐 1995.9.28 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점 재고품 매입세액은 청구법인의 사업을 위하여 사용될 재화에 대한 매입세액이므로 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액을 초과하는 매입세액으로서 환급받을 세액이라 할 것이며 부가가치세법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 1993.12.31) 제6조 제2항에서 “... 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다”라는 규정의 의미는 당해 과세기간의 매출세액에서 당해 과세기간의 매입세액을 공제하여 납부할 세액을 확정한 후 재고품 매입세액을 공제한다는 공제순서 또는 방법을 규정한 것이지 “과세전환일 현재의 재고품 매입세액을 납부할 세액 범위내에서 공제한다”라는 취지로 이해되어서는 아니되므로 위 신고한 재고품 매입세액을 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호 1993.12.31) 제6조에 의하면, 1994.7.1 현재 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액은 1994.7.1 이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액 범위내에서 공제한 것으로 판단(재정경제원 소비46015-35, 1995.2.7)되므로 처분청이 이에 따라 쟁점 재고품 매입세액을 환급하지 아니한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품 매입세액을 공제할 수 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 제1항의 규정을 보면, 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 함)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 함)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 함)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 함)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생 략)』라고 규정되어 있고, 법 제12조 제1항 제17호, 같은 법 시행령 제38조, 같은법 시행규칙 제11조의 5 및 같은 법 시행령 부칙(대통령령 제14081호, 1993.12.31 개정) 제1조의 규정을 모두어 보면, OOOO조합에 의한 조합과 그 중앙회가 특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 부분에 대하여는 1994.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 1993.12.31) 제6조 제1항의 규정에 의하면, 『제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호, 제6호, 제15호, 제16호 및 제19호의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 1994.7.25까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다』라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에 의하면『제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입 세액을 계산하여 이 규칙 시행 후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 신고한 1994년 제2기분 부가가치세 신고내역과 처분청 경정결정은 다음과 같다. 청구인 신고 처분청 경정 결정 총매출세액 140,515,017원 140,515,017원 총매입세액 175,949,778원 170,096,806원·재고품 매입세액 14,104,143원 8,251,170원 ·일반매입세액 132,263,846원 132,263,846원·시설투자매입세액 29,581,789원 29,581,789원 환급세액 35,434,761원 28,996,492원 처분청은 착오로 총매출세액과 일반매입세액과의 차액 8,251,171원을 납부할 세액으로 보고, 위 납부할 세액 8,251,171원과 쟁점재고품 매입 세액 14,104,143원과의 차액 5,852,972원만을 매입세액 불공제 함.

(2) 처분청의 착오에 의한 환급세액 과다결정은 별론으로 하고(국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경 금지의 원칙이 적용됨), 청구인의 쟁점 재고품 매입세액에 대하여 본다. 위에서 본 관련법령에 의하면, 면세사업에서 과세사업으로 전환시 재고품 매입세액은 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액(매출세액-매입세액)을 한도로 공제하여야 하는 바, 청구법인의 1994년 제2기분 부가가치세는 위 신고 내용과 같이 납부할 세액이 없다.

(3) 지금까지 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합등으로 1994.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 재고품 매입세액 공제도 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기 부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 것이나 과세전환 후 6개월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품 매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다.(재정경제원 소비 46015-35, 1995.2.7 같은 뜻임) 따라서 재고품 매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수 없으나, 위 관련법령 규정에 의하여 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.