임대주택 분양에 따른 감면받을 특별부가세를 산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액만을 감면한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 주택건설업을 영위하는 청구법인은 경상남도 OO시 용지 아파트지구 2블럭 5, 7롯트 중 일부 대지 21,473㎡에 임대아파트 430세대(이하 “OO임대아파트”라 한다)를 87.3.2부터 임대에 공하다가 87.7.31 준공한 후 93년도에 분양완료하고, 93사업년도(93.1.1～12.31) 법인세과세표준수정신고시 OO임대아파트 추가공사분에 대한 공사원가 930,000,000원(이하 “쟁점공사비”라 한다) 등을 손금산입하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 위 쟁점공사비 등을 손금산입하여 수정신고한 사실에 대하여 구체적인 증빙을 제시하지 못한다하여 손금불산입하고, 93사업년도(93.1.1～12.31) 법인세과세표준신고시 위 임대주택 양도에 따른 특별부가세산출세액전액을 감면신고한 사실에 대하여 특별부가세산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액을 감면하여 95.4.1 청구법인에게 93사업년도분 법인세 796,784,490원, 동 특별부가세 329,865,060원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.5.29 심사청구를 거쳐 95.9.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장

(1) 쟁점공사비는 OO임대아파트 추가공사에 소요된 비용으로서 이의 손금산입을 부인한 것은 국세기본법 제14조(실질과세)와 같은 법 제16조(근거과세)를 외면한 처분이고,

(2) 특별부가세의 감면에 있어 임대사업개시 이후에 신설된 조세감면규제법 제88조의 3(특별부가세 감면의 종합한도)의 규정을 적용한 것은 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준, 소급과세의 금지)와 행정법 불소급의 원칙에 위배되는 위법부당한 처분으로서 취소되어야 한다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 쟁점공사비는 장부와 객관적인 증빙에 의해 그 사실이 입증되지 않아 공사원가로 인정하기 어렵다고 할 것이므로 처분청이 손금불산입한 당초처분은 달리 잘못이 없고,

(2) OO임대아파트를 87.7.31 준공하여 임대에 공하다가 93년도에 양도함으로써 임대주택에 대한 특별부가세 감면요건이 93년도에 발생하였으며, 적용법은 93년도에 시행되는 유효한 법률이므로 91.12.27 신설된 조세감면규제법 제88조의 3 규정에 의거 임대주택에 대한 특별부가세 감면을 산출세액의 70%로하여 공제한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 인정된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 쟁점공사비를 손금불산입한 처분의 당부

(2) 임대주택 분양에 따른 감면받을 특별부가세를 산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액만을 감면한 처분의 당부

• 나. 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점공사비가 OO임대아파트 추가공사비라고 주장하면서 추가공사계약서, 대금수령증만을 제시하고 있을 뿐 장부와 객관적인 증빙을 제시하고 있지 못하는 반면, 처분청이 쟁점공사비에 대하여 조사한 관련자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(1) 현장확인 결과 옹벽보수공사 및 잔토처리, 노인정공사 및 어린이놀이터 보수공사, 계단벽 페인트 도장 방수공사, 뒷베란다 샷시 설치공사 등 청구법인이 제시한 계약서상의 시공여부는 확인이 가능하나 현장확인만으로는 동 공사가 당초 시공된 공사인지 추가로 실시된 공사인지 여부를 판단하기 어렵고,

(2) 87년도 이전의 공사와 관련한 장부 및 증빙이 없어 추가공사에 투입된 쟁점공사비가 당초 공사원가에 누락되었는지, 이미 포함된 중복원가인지, 가공원가인지가 불분명하며,

(3) 청구법인이 제시한 쟁점공사비에 대한 추가공사 계약서, 영수증 등도 도급받은 청구외 OOO가 다시 하도급하였다고 진술만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. 그렇다면, 쟁점공사비는 장부와 객관적인 증빙에 의해 그 사실이 입증되지 않아 공사원가로 인정하기 어렵다고 할 것이므로 처분청이 손금불산입한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여 본다. 이 건 과세대상 사업년도(93사업년도)에 시행된 조세감면규제법(91.12.27 법률 제4451호) 제67조의 4 제1항 제1호 및 같은 법 시행령(86.12.31 대통령령 제12035호)제55조의 4 제1항 제2호에서 임대주택을 5호 이상 임대하는 내국법인이 86.1.1 이후 신축된 주택에 해당하는 국민주택을 5년이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(임대주택건설촉진법에 의한 임대주택과 10년 이상의 임대주택의 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 면제한다고 규정하고 있고, 같은법(91.12.27 법률 제4451호 제88조의 3에서 법인이 제67조의 4등의 규정에 의하여 각 사업년도에 감면받을 특별부가세의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 규정하고 있다. 한편, 같은법 부칙 제12조(91.12.27 법률 제4451호) 제2항에 제88조의 3 개정규정은 이법 시행후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다고 규정하고 있다. 이 건 사실관계를 살펴보면,

(1) 청구법인은 OO임대아파트를 임대주택건설촉진법에 의한 임대주택으로 87년에 신축하여 5년이상 임대에 공하다가 93년도 중에 430세대를 분양하였으며, 93사업년도(93.1.1～12.31)법인세과세표준신고시 위 임대주택 분양에 따른 특별부가세산출세액의 100분의 100에 상당하는 금액 959,467,893원을 특별부가세 감면세액으로 신고한 사실이 확인되고,

(2) 처분청은 위 특별부가세산출세액 959,467,893원의 100분의 70에 상당하는 금액 671,627,525원을 감면하고 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 287,840,368원은 이를 감면하지 아니한 사실이 과세자료에 의하여 확인된다. 그렇다면 청구법인이 OO임대아파트를 87.3.2부터 임대에 공하다가 93년도에 양도함으로써 임대주택 분양에 따른 특별부가세 감면요건이 93년도에 발생하였으며 과세대상 사업년도(93사업년도)에 시행되고 있는 조세감면규제법(91.12.27 법률 제4451호) 제88조의 3 규정에 근거하여 임대주택 분양에 따른 특별부가세의 감면을 산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액을 감면하고 그 초과하는 부분에 상당하는 금액을 감면하지 아니하여 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.