[요지] 아파트의 양도에 따른 세액을 90.3.31～91.2.28사업년도에 신고납부하였어야 할 것으로, 청구법인이 신고납부하지 아니한 것에 대하여 처분청이 과소신고 가산세 및 미납부가산세를 부과한 처분은 정당함.
[요지] 아파트의 양도에 따른 세액을 90.3.31～91.2.28사업년도에 신고납부하였어야 할 것으로, 청구법인이 신고납부하지 아니한 것에 대하여 처분청이 과소신고 가산세 및 미납부가산세를 부과한 처분은 정당함.
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분의 개요 학교법인인 청구법인은 수익용 기본재산인 경상남도 OO시 남구 OOO동 OOOOOOOO 소재 OOOOO OO OOOO(대지 61.625㎡, 건물 82.34㎡로서 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 양도하고 91.2.25 법인세 특별부가세 면제신청을 하였다. 처분청은 쟁점아파트의 처분목적이 다른 수익용 재산인 은행 정기예금(이하 “쟁점예금”이라 한다)의 취득에 있을 뿐 아니라, 쟁점아파트는 87.4.14 취득하였으므로 조세감면규제법 제67조의 3(학교법인의 토지등에 대한 특별부가세 면제)에서 규정하고 있는 특별부가세 면제대상이 아니라고 하여 특별부가세 면제를 배제하고 94.9.22 청구법인에게 90.3.1～91.2.28 사업년도분 법인세 4,116,498원과 특별부가세 4,543,679원 및 가산세 5,492,282원등 계 14,152,459원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.11.19 이의신청, 95.1.19 심사청구를 거쳐 95.4.25 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 청구법인은 87.3.27 설립되었으며, 쟁점아파트를 87.4.14 수익용 기본재산으로 취득하여 91.2.24 매각하고 91.2.28 다른 수익용 기본재산인 쟁점예금을 취득하였는 바, 처분청이 쟁점아파트의 양도에 대하여 특별부가세 면제를 배제한 처분은 부당하며, 청구법인이 91.2.25 특별부가세 감면신청을 하였음에도 94.9.22에 와서야 특별부가세 등을 결정고지하면서 가산세까지 부과한 처분도 부당하다.
3. 국세청장 의견 학교법인이 85.12.31 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도할 때에 특별부가세를 면제하는 것이나, 청구법인은 쟁점아파트를 87.4.14 취득하였으므로 특별부가세 감면대상이 아닌 바, 처분청의 당초 처분은 정당하다. 또한 가산세는 세법이 규정하는 의무를 태만히 함으로서 각 세법이 규정하는 바에 따라 본세에 가산하여 부과하는 것으로서, 청구법인은 쟁점아파트의 양도에 따른 특별부가세를 신고 납부하였어야 할 뿐 아니라, 이에 따른 법인세 신고를 하였어야 함에도 이를 이행하지 않았으므로 처분청이 특별부가세 및 법인세를 신고하지 아니한 것에 대하여 가산세를 부과한 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
(1) 청구법인의 쟁점아파트처분에 따른 소득이 법인세특별부가세 면제대상인지 여부와
(2) 처분청이 청구법인에 대한 법인세 및 특별부가세의 결정고지시 가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득
2. 학교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득”이라고 규정하고 있다.
1. 이 건 사실관계를 살펴본다. 청구법인은 쟁점아파트를 87.4.14 청구법인의 수익용 기본재산으로 취득하여 91.2.24 청구외 OOO에게 40,000,000원에 양도한 후 90.8.25자 경상남도 교육위원회 교육감의 “쟁점아파트에 대한 수익용 기본재산 처분허가” 조건에 따라 그 매각대금을 다른 수익용 기본재산인 쟁점예금(OO은행 OO지점 계좌번호 OOOOOOOOOOOOO, 예치기간 91.2.28～93.2.28, 예치금액 40,000,000원)으로 예치하였고, 쟁점아파트의 양도와 관련하여 처분청에는 90.3.1～91.2.28 사업년도의 법인세 신고는 하지 아니하였으며 91.2.25 특별부가세 감면신청만을 하였음이 청구법인과 처분청이 제출한 관련서류 등에 의하여 확인된다. 아울러 쟁점아파트와 이의 매각대금으로 조성된 쟁점예금은 사립학교법시행령 제5조(재산의 구분) 제1항에 따른 기본재산으로서, 청구법인의 수익용 기본재산임이 청구법인이 제출한 서류에 의하여 확인되고 있는 바, 이들 사실관계에 있어서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.
2. 다만, 이 건 처분청의 특별부가세 결정고지와 관련하여 청구법인은 쟁점아파트를 수익용 기본재산으로 취득하여 3년 3개월이 지나 매각하였고, 매각후에는 다른 수익용 기본재산인 쟁점예금을 취득하였는 바, 조세감면규제법상 학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세 면제 규정은 학교법인이 수익용 재산을 취득하여 3년이 지난 후 처분한 경우에 적용되는 것으로 해석하여야 하므로, 쟁점아파트의 양도에 대하여는 특별부가세를 면제하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나 조세감면규제법 제67조의 3에서 규정하고 있는 학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세 면제 대상은 그 제1항에서 규정하고 있는 바, “교육사업 사용목적을 위한 기본재산 양도”와 그 제2항에서 규정하고 있는 “다른 수익용 재산의 취득을 목적으로 한 토지등 양도”로 구분되며, 그 감면요건에 대하여는 는 위 조세감면규제법 제67조의 3과 같은법시행령 제55조의 3(학교법인의 토지등에 대한 특별부가세 면제) 및 같은법시행규칙 제20조의 3(학교법인의 수익용 재산의 범위)에서 규정하고 있으므로, 이하 쟁점아파트의 양도가 특별부가세 면제대상인지를 살펴본다. 첫째, 먼저 쟁점아파트의 양도가 “교육사업 사용목적을 위한 기본재산 양도”에 해당되는지 살펴본다. 관련규정들을 종합하여 보면 “교육사업 사용목적을 위한 기본재산 양도”로서 특별부가세를 감면받기 위하여 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산의 양도로서, 교육사업에 사용할 목적으로 양도하여야 하며, 절차상으로는 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고와 함께 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 하고, 그 면제신청서류에 의하여 교육사업에 사용하는 것이 확인되는 것에 한하며, 교육사업에 사용한 경우에는 그 사용일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고와 함께 교육사업사용명세서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점아파트를 양도한 후 쟁점예금을 취득하였으며, 청구법인이 처분청에 91.2.25 제출한 특별부가세 세액면제신청서상의 양도목적에도 “학교법인 OO학원 수익용 기본재산(정기예금) 40,000,000원”이라고 기재되어 있는 바, 청구법인이 쟁점아파트를 양도한 것은 학교법인의 다른 수익용 기본재산인 쟁점예금을 취득하는데 그 목적이 있었다고 할 것으로, 청구법인이 제출한 청구법인의 세입부·세출부 및 현금출납부와 청구법인이 설립한 OOOO고등학교의 학교비 세입부 등을 보아도, 청구법인은 쟁점아파트를 양도한 후 대체조성된 쟁점예금을 청구법인의 수익용 기본재산으로 하였고 발생하는 이자 역시 청구법인의 기본재산 수입으로 기장하고 있으며, 위 이자는 발생시 마다 OOOO고등학교의 학교비 회계로 전출되는 것이 아니라, 청구법인의 전체 수입금액에 포함되어 운영되고 있는 것이 확인되고 있으므로, 청구법인이 수익용 기본재산인 쟁점아파트를 양도한 것은 학교법인인 청구법인이 다른 수익용 기본재산인 쟁점예금을 취득한 것이며, 이는 조세감면규제법 제67조의 3 제1항에서 규정하고 있는 특별부가세 면제대상으로서의 교육사업에 사용할 목적으로 양도된 기본재산으로 볼 수 없다고 할 것이다(법인22601-3413, 87.12.21 같은 뜻임). 아울러 청구법인은 위 관련법령에서 규정하고 있는 특별부가세 감면요건 중 절차상 및 사후관리 요건에 있어서도 쟁점아파트를 양도한 후인 91.2.25 처분청에 특별부가세 면제신청서만을 제출하였을 뿐 그 외에 교육사업사용명세서의 제출 등 필요한 행위를 한 사실도 없음이 청구법인과 처분청이 제출한 서류 등에 의하여 확인되고 있다. 따라서 쟁점아파트의 양도는 조세감면규제법 제67조의 3 제1항에서 규정하고 있는 특별부가세 면제 대상이라 할 수 없다 할 것이며, 청구법인의 주장은 관련법령의 법리를 잘못 해석한 것으로 이유없다 할 것이다. 둘째, 쟁점아파트의 양도가 “다른 수익용 재산의 취득을 목적으로 한 토지등 양도”에 해당되는지 여부를 살펴본다. 조세감면규제법 제67조의 3 제1항 제2호는 본호에 의하여 특별부가세를 면제받기 위하여는 “85.12.31 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용 재산을 취득할 목적으로 양도하여야 한다”고 규정하고 있는 바, 이 경우 반드시 85.12.31 이전에 취득한 토지 등에 대하여만 특별부가세가 면제되는 것이므로 청구법인의 설립일자가 87.3.27이라고는 하나 쟁점아파트의 취득일자가 87.4.14이므로 청구법인의 쟁점아파트의 양도는 본호에 의한 특별부가세 면제요건을 충족하지 못한다고 할 것이다.