쟁점토지가 92.6.7부터는 법인세법·령상 비업무용부동산에 해당되는지 여부(기각)

[참조결정] 국심1992구2639

[주 문] [이 유]

1. 처분개요 청구법인은 부산광역시 북구 OO*동 OOOO O에서 합판제조판매업을 영위하는 법인으로서 90.6.7 경상남도 진해시 O동 OOOO O 대지 29,617㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다. 처분청은 쟁점토지가 청구법인의 업무용으로 사용되지 아니하므로 취득일로부터 2년이 되는 92.6.7부터는 비업무용부동산에 해당된다 하여 청구법인의 차입금 중 쟁점토지 가액에 상당하는 지급이자를 손금불산입하는 등 청구법인의 92.1.1～92.12.31 사업년도(이하 “92사업년도”라 한다) 및 93.1.1～93.12.31 사업년도(이하 “93사업년도”라 한다)의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 94.9.15 청구법인에게 92사업년도 법인세 72,261,230원(처분청은 94.9.15, 221,393,530원을 고지하였다가 94.10.21, 72,261,230원으로 감액 경정함), 93사업년도 법인세 129,518,880원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.11.8 심사청구를 거쳐 95.3.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 사업장인 부산광역시 북구 OO동 OOOO O의 인근지역은 주거 및 준주거지역으로서 청구법인의 합판제조판매업 영위에 따른 소음·진동으로 인근주민과의 마찰을 피하고 원가절감을 통한 경영합리화를 위하여 쟁점토지로 사업장을 이전하기 위하여 이를 취득하였다. 청구법인은 쟁점토지에 공장건물을 신축하여 사업을 영위하도록 공장설치 신고를 관할 진해시장에게 하였다가 반려되었으나 행정소송 등을 제기하여 청구법인이 공장을 신축하기 위하여 노력하였으나 관할지방자치단체장의 신고수리 거부로 공장신축을 하지 못하고 있으므로 청구법인의 귀책사유가 아닌 사유로 공장을 짓지 못하고 있으므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 과세함은 잘못이다.
• 나. 국세청장 의견 비업무용부동산의 판정에 있어 부동산을 취득한 후 일정기간동안 당해 업무에 사용하지 아니한 경우 비업무용부동산에서 제외되는 것은 당해 부동산을 사업목적에 사용하기 위하여 취득하였으나 법령상 금지 및 제한으로 당해업무에 사용할 수 없는 경우에 한하여 제한된 기간동안 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것으로, 이 건의 경우 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조 및 동법시행령 제8조에 의거 조선기자재용 건설용지로만 사용하도록 되어 있는 쟁점토지를 합판제조업을 주업으로 하는 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 공장설치신고를 한 것은 동 토지의 당초 사용목적에 위배되어 공장설치를 할 수 없음에도 동 신고를 하여 진해시장이 신고를 반려한 것으로 이는 법령에 의한 사용이 금지 및 제한된 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 지급이자 등을 손금불산입한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 쟁점토지가 92.6.7부터는 법인세법·령상 비업무용부동산에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호는 당해법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니하도록 하였다.

2. 법인세법시행령 제43조의2 제1항 제1호는 부동산 취득 후 일정기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 법 제18조의 3 제1항 제1호에서의 대통령령이 정하는 비업무용부동산으로 보도록 하면서 동법시행령 제43조의 2 제3항은 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정하도록 하였다.

3. 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호는 공장용부지로 토지를 취득한 경우에는 취득 후 2년이 경과된 토지로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 비업무용부동산이라고 하면서, 동조 제4항 제1호는 당해부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 아니한 부동산은 비업무용부동산에서 제외하며, 동조 제4항 제17호는 법령에 의하여 당해사업과 관련된 인가·허가·면허등을 받거나 이를 신청한 법인이 제3항 제1호에 규정된 기간이 경과되기 전에 건축법 제44조의 규정에 의한 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지는 건축이 제한된 기간은 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하였다.

• 다. 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부

1. 청구법인이 90.6.7 취득한 쟁점토지는 산업기지개발촉진법·령의 규정에 의하여 조선기자재 생산공장 부지조성 사업을 위하여 공유수면을 매립하여 준공된 공업단지내의 토지로서 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의하여 위공업단지내에 입주할 수 있는 입주대상 업종은 조선용기자재 생산품을 생산하는 업체이어야 한다.

2. 청구법인은 일반합판·목재가공·원목판매업을 주업으로 하는 법인으로서 위에서 본 바와 같이 조선기자재생산업이 주업인 사업자만이 쟁점토지에 입주하여 공장을 설치할 수 있으므로 청구법인은 쟁점토지에 공장을 설치할 수 없으며 공장설치 신고를 접수하는 관할지방자치단체장인 진해시장도 위와 같은 이유로 청구법인이 한 공장설치 신고의 수리를 거부하였다. 위와 같은 진해시장의 청구법인에 대한 공장설치신고 거부처분에 대한 청구법인의 행정소송에 대하여 부산고등법원(92구2639, 93.6.23)은 쟁점토지위에 일반합판·목재가공·원목판매업을 주업으로 하는 청구법인은 공장을 설치할 수 없다는 이유로 청구법인의 주장을 배척하였으나 대법원(92누15922, 94.6.28)은 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의하면 공장설치신고서를 접수한 관할시장·군수는 동 신고서가 동법이 정한 형식적요건을 갖춘 경우에는 이를 수리하여야 하는 것이고 만일 신고사항이 동법 소정의 입지기준에 적합하지 아니하다고 판단되면 공장입지의 변경 또는 공장설립계획의 조정을 O할 수 있을 뿐이지 공장설립신고서의 수리자체를 거부할 수 없는데도 진해시장이 이의 수리를 거부한 것은 잘못이라는 절차적 사항을 이유로 하여 원심인 부산고등법원의 판결을 파기환송하였다.

3. 청구법인의 공장설치 신고에 대한 행정소송 판결문에서와 같이 쟁점토지는 조선기자재생산 공장부지로 사용하기 위하여 조성된 공업단지로서 조선기자재가 아닌 일반합판·목재가공·원목판매업을 주업으로 하는 청구법인은 공장을 설치할 수 없어 공장을 설치할 수 없는 것으로 청구법인이 쟁점토지를 취득하기전에는 공장설치가 가능하였으나 청구법인이 이를 취득한 후에 법령상의 제한으로 공장을 설치할 수 없는 경우에는 해당되지 아니한다. 그러하다면 청구법인이 진해시장에게 공장설치 신고를 하여 반려 받았다든지 이에 대하여 행정소송을 제기하였다는 사유만으로는 쟁점토지가 비업무용부동산에서 제외되지는 아니한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 부산광역시 북구 OO*동 OOOO O에서 합판제조판매업을 영위하는 법인으로서 90.6.7 경상남도 진해시 O동 OOOO O 대지 29,617㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다. 처분청은 쟁점토지가 청구법인의 업무용으로 사용되지 아니하므로 취득일로부터 2년이 되는 92.6.7부터는 비업무용부동산에 해당된다 하여 청구법인의 차입금 중 쟁점토지 가액에 상당하는 지급이자를 손금불산입하는 등 청구법인의 92.1.1～92.12.31 사업년도(이하 “92사업년도”라 한다) 및 93.1.1～93.12.31 사업년도(이하 “93사업년도”라 한다)의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 94.9.15 청구법인에게 92사업년도 법인세 72,261,230원(처분청은 94.9.15, 221,393,530원을 고지하였다가 94.10.21, 72,261,230원으로 감액 경정함), 93사업년도 법인세 129,518,880원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.11.8 심사청구를 거쳐 95.3.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 사업장인 부산광역시 북구 OO동 OOOO O의 인근지역은 주거 및 준주거지역으로서 청구법인의 합판제조판매업 영위에 따른 소음·진동으로 인근주민과의 마찰을 피하고 원가절감을 통한 경영합리화를 위하여 쟁점토지로 사업장을 이전하기 위하여 이를 취득하였다. 청구법인은 쟁점토지에 공장건물을 신축하여 사업을 영위하도록 공장설치 신고를 관할 진해시장에게 하였다가 반려되었으나 행정소송 등을 제기하여 청구법인이 공장을 신축하기 위하여 노력하였으나 관할지방자치단체장의 신고수리 거부로 공장신축을 하지 못하고 있으므로 청구법인의 귀책사유가 아닌 사유로 공장을 짓지 못하고 있으므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 과세함은 잘못이다.
• 나. 국세청장 의견 비업무용부동산의 판정에 있어 부동산을 취득한 후 일정기간동안 당해 업무에 사용하지 아니한 경우 비업무용부동산에서 제외되는 것은 당해 부동산을 사업목적에 사용하기 위하여 취득하였으나 법령상 금지 및 제한으로 당해업무에 사용할 수 없는 경우에 한하여 제한된 기간동안 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것으로, 이 건의 경우 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조 및 동법시행령 제8조에 의거 조선기자재용 건설용지로만 사용하도록 되어 있는 쟁점토지를 합판제조업을 주업으로 하는 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 공장설치신고를 한 것은 동 토지의 당초 사용목적에 위배되어 공장설치를 할 수 없음에도 동 신고를 하여 진해시장이 신고를 반려한 것으로 이는 법령에 의한 사용이 금지 및 제한된 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 지급이자 등을 손금불산입한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 쟁점토지가 92.6.7부터는 법인세법·령상 비업무용부동산에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호는 당해법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니하도록 하였다.

2. 법인세법시행령 제43조의2 제1항 제1호는 부동산 취득 후 일정기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 법 제18조의 3 제1항 제1호에서의 대통령령이 정하는 비업무용부동산으로 보도록 하면서 동법시행령 제43조의 2 제3항은 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정하도록 하였다.

3. 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호는 공장용부지로 토지를 취득한 경우에는 취득 후 2년이 경과된 토지로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 비업무용부동산이라고 하면서, 동조 제4항 제1호는 당해부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 아니한 부동산은 비업무용부동산에서 제외하며, 동조 제4항 제17호는 법령에 의하여 당해사업과 관련된 인가·허가·면허등을 받거나 이를 신청한 법인이 제3항 제1호에 규정된 기간이 경과되기 전에 건축법 제44조의 규정에 의한 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지는 건축이 제한된 기간은 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하였다.

• 다. 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부

1. 청구법인이 90.6.7 취득한 쟁점토지는 산업기지개발촉진법·령의 규정에 의하여 조선기자재 생산공장 부지조성 사업을 위하여 공유수면을 매립하여 준공된 공업단지내의 토지로서 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의하여 위공업단지내에 입주할 수 있는 입주대상 업종은 조선용기자재 생산품을 생산하는 업체이어야 한다.

2. 청구법인은 일반합판·목재가공·원목판매업을 주업으로 하는 법인으로서 위에서 본 바와 같이 조선기자재생산업이 주업인 사업자만이 쟁점토지에 입주하여 공장을 설치할 수 있으므로 청구법인은 쟁점토지에 공장을 설치할 수 없으며 공장설치 신고를 접수하는 관할지방자치단체장인 진해시장도 위와 같은 이유로 청구법인이 한 공장설치 신고의 수리를 거부하였다. 위와 같은 진해시장의 청구법인에 대한 공장설치신고 거부처분에 대한 청구법인의 행정소송에 대하여 부산고등법원(92구2639, 93.6.23)은 쟁점토지위에 일반합판·목재가공·원목판매업을 주업으로 하는 청구법인은 공장을 설치할 수 없다는 이유로 청구법인의 주장을 배척하였으나 대법원(92누15922, 94.6.28)은 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의하면 공장설치신고서를 접수한 관할시장·군수는 동 신고서가 동법이 정한 형식적요건을 갖춘 경우에는 이를 수리하여야 하는 것이고 만일 신고사항이 동법 소정의 입지기준에 적합하지 아니하다고 판단되면 공장입지의 변경 또는 공장설립계획의 조정을 O할 수 있을 뿐이지 공장설립신고서의 수리자체를 거부할 수 없는데도 진해시장이 이의 수리를 거부한 것은 잘못이라는 절차적 사항을 이유로 하여 원심인 부산고등법원의 판결을 파기환송하였다.

3. 청구법인의 공장설치 신고에 대한 행정소송 판결문에서와 같이 쟁점토지는 조선기자재생산 공장부지로 사용하기 위하여 조성된 공업단지로서 조선기자재가 아닌 일반합판·목재가공·원목판매업을 주업으로 하는 청구법인은 공장을 설치할 수 없어 공장을 설치할 수 없는 것으로 청구법인이 쟁점토지를 취득하기전에는 공장설치가 가능하였으나 청구법인이 이를 취득한 후에 법령상의 제한으로 공장을 설치할 수 없는 경우에는 해당되지 아니한다. 그러하다면 청구법인이 진해시장에게 공장설치 신고를 하여 반려 받았다든지 이에 대하여 행정소송을 제기하였다는 사유만으로는 쟁점토지가 비업무용부동산에서 제외되지는 아니한다.