청구법인이 외항선박에 용역을 직접 제공하여 부가가치세 영세율 적용대상인지의 여부(취소)

[주 문] 영도세무서장이 청구법인에게 94.9.16 고지한 94년 제1기 부 가가치세 29,537,900원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 선박·항만청소를 전문으로 하는 업체로서 외항선박수리대행 관리회사인 청구외 OO상선(주)로부터 외항선박 MARCO STAR호에 대한 곡물폐기물 종말처리용역을 268,526,400원에 도급(이하 “쟁점용역”이라 한다)받아 청구외 주식회사 OO실업에 192,206,200원에 하도급 발주하여 경상남도 울산시 소재 주식회사 OO에서 곡물폐기물 종말처리를 하고, 94.6.13 쟁점용역에 대한 영세율 세금계산서를 발행하고, 94년 제1기분 부가가치세 확정신고를 하였다. 처분청은 쟁점용역은 외국항행 선박에 직접 제공한 용역이 아니므로 영세율 적용대상 용역에 해당되지 않는다고 보아, 청구법인에게 94.9.16 94년 제1기분 부가가치세 29,537,900원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.11.15 심사청구를 거쳐 95.2.15 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인의 이 건 관련 용역의 수행과정은 첫째, 선상의 부패된 곡물을 다른 선박에 옮겨싣는 작업 및 다른 선박에 옮겨진 곡물을 종말처리장소로 운반하는 작업, 둘째, 제거된 폐기곡물의 종말처리(멸각처리)작업, 셋째, 선박내부 등의 청소작업 등의 일련과정으로 수행되는 바, 청구법인은 이 건 관련용역 전체를 선박수리대행관리회사인 청구외 OO상선(주)로부터 일괄도급받아 대부분의 용역은 직접 수행하고, 쟁점용역은 멸각(종말)처리 전문업체인 (주)OO실업과 (주)OO에 하도급 발주하여 외항선박에서 제거된 폐기곡물을 멸각처리하였으므로, 이는 청구법인이 외항선박에 직접 제공한 이 건 관련 용역의 부수된 용역으로 부가가치세법 제11조 제1항 제4호 및 동법시행령 제26조 제1항 제3호의 규정에 의한 영세율 적용대상 용역에 해당되므로 이 건 당초 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 외항선박인 MARCO STAR호에 직접 쟁점용역을 제공한 것인지를 살펴보면, 첫째, 청구법인은 쟁점용역을 청구외 (주)OO실업에 하도급을 주었음이 확인되며, 둘째, 승선허가 신청서에 청구외 OO해운(주)가 장승포세관장에게 신청하여 승선허가를 받은 것으로 되어 있으며, 셋째, 완성사양서 등의 세관장이 확인한 서류가 아닌 청구법인이 작성한 서류인 사실로 보아 청구법인이 위 선박에 직접 쟁점용역을 제고한 것으로 볼 수 없으므로 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 다툼은 청구법인이 외항선박에 쟁점용역을 직접 제공하여 부가가치세 영세율 적용대상인지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제11조 제1항 제4호 및 같은법시행령 제26조 제1항 제3호에 외국을 항해하는 선박 등에 공급하는 재화나 용역은 영의 세율을 적용한다고 규정되어 있다.
• 다. 사실관계

(1) LOSWIN MARITIME CO., SA. PANAMA의 외항선박 MARCO STAR호의 선박수리 대행관리를 청구외 OO상선주식회사가 맡아서, 청구법인에게 외항선박의 수리를 위한 외항선박의 청소용역 일체를 도급계약하면서 외항선박의 폐기곡물제거(하역)운반 및 선박청소용역은 구두계약에 의하여 사후실비 정산하도록 하고, 쟁점용역(폐기물종말(멸각)처리용역)은 94.6.13 268,526,480원에 서면계약을 체결하였으며, 계약체결시 총대가의 50%를 계약금으로 수령하고, 같은날 총 공급가액 268,526,480원에 대한 영세율세금계산서를 발행교부하였음이 관련증빙에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 청구외 (주)OO실업과 쟁점용역에 대한 하도급계약을 94.6.15 총 공급가액 192,206,200원으로 하여 체결하였고, 이에 앞서 청구외 (주)OO실업은 청구외 (주)OO(종말처리장)과 폐기물처리 위수탁계약을 94.6.9 처리비용약정금액 190,206,200원으로 하여 체결하였으며, 청구외 (주)OO실업과 (주)OO은 위 공급가액에 대한 과세분 세금계산서를 각각 발행(부가가치세 별도)하였음이 계약서, 세금계산서 등 관련증빙에 의하여 확인된다.

(3) 해운업법 제34조에 해운대리점업<해상여객운송사업 또는 해상화물운송사업을 영위하는 자(외국인운송사업자를 포함)를 위하여 통상 그 사업에 속하는 거래의 대리를 하는 사업>을 영위하고자 하는 자는 해운항만청장에게 등록하여야 한다고 규정되어 있는바, 청구외 OO해운주식회사는 해운대리점 등록업체(등록증번호;제9호, 등록일자;93.11.16 발급기관;마산지방해운항만청장)로 청구법인 등이 이 건 외항선박에 제공하는 용역수행 등을 하기 위한 모든 항무를 대행(수행)하여, 입항계 제출, 승선허가(신청)서 제출, 용역제공 허가서 발급, 보세구역 물품 멸각승인 신청(승인)서 제출 및 위 신청에 대한 멸각완료보고 등을 OO해운(주) 명의로 대행(수행)하였고, 모든 항무수행에 필요한 제비용을 OO상선(주)에 94.11.12 일괄청구하여 95.1.24 정산지급받았고, 이에 앞서 94.10.23. 별도로 대리점수수료 2,595,000원에 대한 영세율 세금계산서를 위 OO상선을 공급받는 자로 하여 발행한 사실등이 OO해운(주)의 확인서와 관련증빙서류에 의하여 확인된다.

• 라. 판단 부가가치세법 제11조 제1항 제4호 및 동법시행령 제26조 제1항 제3호에서 외국항해선박 등에 용역 등을 제공하는 것은 『외국선박에 직접 공급하는 용역 등』으로 해석하고 있으며(부가가치세 기본통칙 3-7-5...11), 이 건 쟁점용역의 경우 청구법인이 1차 도급자로 외항선박의 폐기물(곡물)제거 및 청소용역을 수행하면서 발생된 폐기물의 종말(멸각)처리를 별도의 서면에 의한 용역계약을 체결하고, 청구외 (주)OO실업에게 하도급주어 종말처리장 운영법인인 (주)OO에서 종말처리하였는 바, 쟁점용역은 외항선박의 수리를 위한 청소 등에 부수하여 필수적으로 발생된 일련의 용역수행과정으로 보아야 하고, 위 해석에서 직접 용역등을 제공한다는 의미는 1차도급자가 외항선박에 제공하는 용역만 영세율 적용대상이고, 하도급자 등이 제공하는 용역은 영세율 적용대상이 아니라는 뜻으로 해석하는 것이 타당하다 할 것이다. 또한, 승선허가신청서 등이 청구외 OO해운(주) 명의로 되어 있어서 청구법인이 외항선박에 쟁점용역을 직접 제공한 것으로 볼 수 없다는 처분청의 의견은, 위 사실관계(3)에서 본바와 같이 위 OO해운(주)가 해운대리점업자의 지위에서 이 건 관련 외항선박에 대한 모든 항무를 대행(수행)한 사실관계를 간과한 것으로 판단된다. 그렇다면, 청구법인이 쟁점종말처리용역을 직접 수행하지 않고 하도급에 의하여 청구외 (주)OO실업 등이 제공한 것이기 때문에 영세율 적용대상이 아니라 하여 영세율적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다 할 것이다.
• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.