[요지] 재고품매입세액을 전부 공제하지 아니하고 과세전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수는 없다 하겠으나, 관련법령 규정등에 따라 과세전환 당시의 재고품매입세액은 과세전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것이 타당함
[요지] 재고품매입세액을 전부 공제하지 아니하고 과세전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수는 없다 하겠으나, 관련법령 규정등에 따라 과세전환 당시의 재고품매입세액은 과세전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것이 타당함
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분 개요 별지 청구법인(3개 법인)은 금융·소매업을 영위하는 OO협O조합으로서 ’94.7.1 소매업 부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 후 94년도 제2기분 부가가치세 신고시 아래와 같이 재고품 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급신청하였다. (단위: 원) 청구법인별 구분 (’94.2기) 매출세액 (①) 일반매입세액 (②)
① - ② 재 고 품 매입세액 환 급 세 액 순 납 부 순 환 급 청구법인 처 분 청 세 액 세 액 신 청 액 환 급 액 OO농협 O 소 예 정 43,057,721 38,723,988 4,333,733
• 4,883,249 549,516 1,511,063 확 정 34,731,049 36,242,112
• 1,511,063 6,360,972 7,872,035 계 77,788,770 74,966,100 4,333,733 1,511,063 11,244,221 8,421,551 OO농협 OO지소 예 정 16,962,726 15,502,827 1,459,899
• 2,900,039 1,440,140 240,167 확 정 11,812,350 12,052,517
• 240,167 2,900,400 3,140,567 계 28,775,076 27,555,344 1,459,899 240,167 5,800,439 4,580,707 OO농협 OO지소 예 정 27,820,900 27,818,546 2,354
• 3,306,985 3,304,631
• 확 정 27,312,936 24,846,363 2,466,573
• 3,306,985 840,412 계 55,133,836 52,664,909 2,468,927
• 6,613,970 4,145,043 처분청은 위와 같이 ’95.1.25 청구법인의 위 신고내용중 일반재화의 매입세액에 해당되는 부가가치세는 환급하여 주고 나머지 재고품 매입세액에 해당되는 부가가치세는 소매업을 과세사업으로 전환한 후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액이 있으나 재고품 매입세액을 초과한다는 이유로 이를 환급하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’95.4.25 이의신청, ’95.6.30 심사청구를 거쳐 ’95.9.28 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제17조 제1항 O문에서 『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하면서 그 단서에서 『매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다』고 규정하고 있으며,
(2) 같은법 제12조 제1항 제17호 및 같은법 시행령 제38조(’93.12.31 개정된 것) 제1항 제5호 및 제2항을 모두어 보면 『국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 OO협O조합법에 의한 조합과 중앙회 등 정부업무를 대행하는 단체가 그 고유목적사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세를 면제한다』고 규정하고 있으며,
(3) 같은법 시행규칙 제11조의 5(’93.12.31 개정내용) 및 별표 5의 제5호에서 정부대행업체의 면세사업의 범위를 『OO협O조합법에 의한 조합과 중앙회가 영위하는 OO협O조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업으로 한정하면서 그 단서에서 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다』고 규정하고 있으며, 한편 같은법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, ’93.12.31) 제1조 단서에서 『O 규칙 제11조의 5 개정규정은 ’94년 7월 1일부터 시행한다』고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 『O 규칙 제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호 등의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 ’94년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 『제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다』고 규정하고 있다.
(1) 청구법인의 ’94년 제2기분 부가가치세 신고내용은 앞의 1항 처분개요에서 O 바와 같다.
(2) 위에서 O 관련법령에 의하면, 지금까지 부가가치세를 면제하여온 농·임·수·축협 및 공무원관리공단의 소매사업에 대하여 사경제부분과의 경합 등으로 ’94.7.1 부터 부가가치세를 과세하도록 함에 있어, 과세사업전환일 현재 보유하고 있는 당해사업과 관련된 재고재화에 대한 재고품매입세액은 현행 부가가치세법 체계상 당연히 공제되는 매입세액은 아니지만 경과규정을 두어 기 부담한 부가가치세 상당액을 공제하여 주겠다는 것인바, 과세사업 전환후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다는 위 법령의 취지는 6개월간의 납부할 세액의 범위내에서 공제하되 이를 초과하는 재고품매입세액은 환급하지 않겠다는 것으로 해석된다. (재정경제원 소비 46015-35, ’95.2.7 같은 뜻임) 따라서 재고품 매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수 없으나, 위 관련법령 규정 등에 따라 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것이 타당하므로 청구법인의 경우 재고품매입세액은 납부할 세액 범위내에서만 공제되어야 할 것이고 나머지 금액은 공제대상이 아니라고 판단된다. 그런데, 이 건 OOOO협O조합 O소 및 OO지소의 경우 앞에서 O 부가가치세 신고내용과 같이 재고품 매입세액을 포함하여 납부하여야 할 세액을 계산하였을 때 환급하여야 할 세액이 없음에도 불구하고 처분청은 확정신고분 순환급세액을 환급통지하였는 바, 이와 같이 결정하는 경우 청구법인에게 불이익한 처분이 되므로 국세기O법 제79조 제2항 규정의 불이익 변경금지의 원칙을 적용함이 타당하다고 판단된다.