전환당시의 재고품매입세액을 전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 공제할 수 있는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 금융·소매업을 영위하는 농업협동조합법에 의한 조합으로서 1994.7.1부터 소매업부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 전환당시의 재고품에 대한 매입세액(이하 “재고품매입세액”이라 한다) 6,593,560원을 1994.7.25까지 신고한 후 1994년 제2기분 부가가치세 신고시 동 재고품매입세액을 매출세액에서 공제하여 4,248,482원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 환급신청하였다. 처분청은 청구법인의 소매업이 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 신고한 재고품매입세액은 과세사업 전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것이므로 납부할 세액을 초과하는 재고품매입세액은 환급할 수 없다하여 이건 과세기간에 대한 환급세액의 환급기한(확정신고기한 경과후 30일내)까지 청구법인에게 쟁점세액을 환급하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1995.4.25 이의신청과 1995.6.28 심사청구를 거쳐 1995.9.29 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 시점의 재고품은 과세사업에 공할 재화이므로 동 재고품에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것은 부가가치세법리상 당연한 것이고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 환급하여야 하며, 부가가치세법시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 1993.12.31) 제6조의 재고품 매입세액공제에 관한 경과조치 규정은 재고품매입세액을 공제할 기간을 정한 것일 뿐 공제할 세액의 한도를 정한바 없음에도 불구하고 과세사업 전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고품매입세액을 공제배제하여 쟁점세액을 환급하지 아니한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 재정경제원 소비 46015-35(1995.2.7)에 의하면 1994.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 1994.7.1 현재 당해 과세사업과 관련하여 취득한 재고품에 대한 매입세액은 1994.7.1 이후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액 범위내에서 공제하는 것으로 해석하고 있으므로 처분청이 재고품매입세액중 1994년 제2기분 부가가치세의 납부할 세액을 초과하는 쟁점세액을 환급거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우, 전환당시의 재고품매입세액을 전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 공제할 수 있는지의 여부에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 제1항 본문에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 단서에서 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 규정하고 있으며,

(2) 1993.12.31 개정된 같은 법 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제38조 제1항 제5호 및 제2항을 모두어 보면, 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회등 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 동 단체등이 그 고유목적 사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고,

(3) 같은 법 시행규칙(1993.12.31 재무부령 제1957호로 개정된 것) 제11조의 5 및 별표 5의 제5호에서 정부업무대행단체의 면세사업의 범위를 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회를 단체명으로 규정하고 면세사업 범위로 농업협동조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업으로 한정하면서, 단서에서 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다고 규정하고 있으며,

(4) 한편 같은 법 시행규칙 부칙(1993.12.31 재무부령 제1957호로 규정된 것) 제1조 단서에서 동 규칙 제11조의 5는 1994년 7월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 동 규칙 제11조의 5 규정에 의한 별표 5의 제5호등의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에게 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 1994년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

• 다. 심리 및 판단

(1) 청구법인의 1994년 제2기분 부가가치세 신고내용은 아래와 같고, 처분청은 이에 대하여 재고품매입세액으로 2,345,078원(납부할 세액만큼)만 공제하고 환급세액은 없는 것으로 결정하였음이 이건 과세자료에 의하여 확인된다.

① 매출 세액(당기중): 37,245,646원

② 매입 세액(당기중): 34,900,568원

③ 납부할 세액(①-②): 2,345,078원

④ 재고품매입세액: 6,593,560원

⑤ 환급받을세액(④-③): 4,248,482원

(2) 지금까지 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합등으로 1994.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 위의 관련법령을 종합하여 보면 과세전환당시 재고품에 대한 매입세액도 당해 과세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기 부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 것이나 과세전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다.(재정경제원 소비 46015-35, 1995.2.7 같은 뜻임)

(3) 따라서 재고품매입세액을 전부 공제하지 아니하고 과세전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수 없다 하겠으나, 위 관련법령 규정등에 따라 과세전환 당시의 재고품매입세액은 과세전환후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것이 타당하다 할 것이므로, 이 건의 경우 재고품매입세액 6,593,560원중 납부할 세액 2,345,078원 만큼만 매출세액에서 공제하고 그 초과부분은 공제배제하여 환급하지 아니한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.