피합병법인의 최종사업년도분 법인세 신고시 임시투자세액공제액으로 공제받은 공제세액에 대하여 합병일이 속하는 사업년도 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하지 아니 하였다는 이유로 임시투자세액공제를 배제하고 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] [이 유]

1. 처분개요 청구법인은 93.8.6 주식회사 OO기공을 흡수합병한후 위 피합병법인의 최종사업년도(93.1.1 - 93.8.6) 법인세 신고시 116,673,191원(이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 임시투자세액공제액으로 공제받고 이를 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하고 있다가, 95.4.7 임시주주총회를 개최하여 93사업년도 이익잉여금 처분시 별도적립금으로 적립한 400,000,000원중에서 150,000,000원을 기업합리화적립금으로 수정처분하고 같은 날 93사업년도(93.1.1 - 93.12.31)분 법인세 수정신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 94.3.30 93사업년도 이익잉여금 처분시 위 임시투자세액공제액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니 하였다는 이유로 임시투자세액공제를 배제하고 쟁점공제세액 116,673,191원에 미납부가산금을 가산하여, 95.9.30 청구법인에게 93사업년도분 법인세 138,001,050원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.8.7 심사청구를 거쳐 95.9.30 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 94사업년도분 법인세 신고후 이 건 기업합리화적립금의 적립이 누락된 사실을 발견하고 95.4.7 임시주주총회를 거쳐 93년도 이익잉여금 처분시 적립한 별도적립금 400,000,000원중 150,000,000원을 기업합리화적립금으로 수정처분하였다. 기업합리화적립금제도는 감면 및 세액공제의 혜택을 계속하여 기업내에 유보시켜 법정용도에 사용케 함으로써 당해 기업의 육성과 자본의 충실을 기하는 데 목적이 있는바, 청구법인의 경우 비록 임시투자세액공제액 상당을 당해 사업년도 이익잉여금처분시(94.3.30) 기업합리화적립금으로 적립하지 못하였더라도 95.4.7 임시주주총회의 수정처분시까지 사외유출되지 아니하고 별도적립금으로 사내유보되어 있었으므로, 공제를 인정함이 기업합리화적립금제도의 취지에 부합된다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 93사업년도(93.1.1 - 93.12.31) 이익잉여금 처분시(94.3.30) 처분가능 이익잉여금이 1,528,650,789원이었는데도 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였고 법정수정신고기한까지도 적립하지 아니 하였으므로, 당초 공제받은 쟁점공제세액을 추징한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 피합병법인의 최종사업년도분 법인세 신고시 임시투자세액공제액으로 공제받은 쟁점공제세액에 대하여 합병일이 속하는 사업년도 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하지 아니 하였다는 이유로 임시투자세액공제를 배제하고 추징한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제72조 제1항에서 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정한 때에는 대통령령이 정하는 투자를 한 금액의 100분의 3을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은법 제91조 제1항에서 제72조등의 규정에 의하여 세액공제등을 적용받은 내국법인은 당해사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
• 다. 심리 및 판단

(1) 청구법인은 93.8.6 주식회사 OO기공을 흡수합병한후 위 피합병법인의 최종사업년도(93.1.1 - 93.8.6)분 법인세 신고시 쟁점공제세액 116,673,191원을 임시투자세액공제액으로 공제받고 이를 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하고 있다가, 95.4 국세청의 정기감사시 지적이 예상됨에 따라 95.4.7 임시주주총회를 개최하여 93사업년도 잉여금처분시 별도적립금으로 적립한 400,000,000원중에서 150,000,000원을 기업합리화적립금으로 수정처분하고 같은날 93사업년도(93.1.1 - 93.12.31)분 법인세 수정신고를 한 사실을 처분청의 과세자료 및 청구법인 제시 자료에 의하여 알 수 있다.

(2) 피합병법인의 최종사업년도의 법인세 과세표준금액 및 세액계산시에 세액공제등을 적용받은 경우에는 합병법인의 합병일 이후 최초로 종료하는 사업년도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하여야 적법한 적립에 해당하는바(법인세법 기본통칙 5 - 1 - 15... 91 같은 뜻), 청구법인은 합병일(93.8.6)이 속하는 최초 사업년도(93.1.1 - 93.12.31) 이익잉여금이 1,528,660,789원으로서 쟁점공제세액 116,673,191원을 초과함에도 불구하고, 94.3.30 위 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 채 별도적립금등으로 적립하였다가, 수정신고기한이 경과한 95.4.7 국세청정기감사에 대비하여 임시주주총회를 개최하여 별도적립금중의 일부를 기업합리화적립금으로 수정처분한 것으로서 이는 위 법령에 적합한 기업합리화적립금의 적립으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 피합병법인의 법인세 신고시 임시투자세액공제액으로 공제 받은 쟁점공제세액을 추징한 처분은 타당하다고 판단된다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 93.8.6 주식회사 OO기공을 흡수합병한후 위 피합병법인의 최종사업년도(93.1.1 - 93.8.6) 법인세 신고시 116,673,191원(이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 임시투자세액공제액으로 공제받고 이를 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하고 있다가, 95.4.7 임시주주총회를 개최하여 93사업년도 이익잉여금 처분시 별도적립금으로 적립한 400,000,000원중에서 150,000,000원을 기업합리화적립금으로 수정처분하고 같은 날 93사업년도(93.1.1 - 93.12.31)분 법인세 수정신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 94.3.30 93사업년도 이익잉여금 처분시 위 임시투자세액공제액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니 하였다는 이유로 임시투자세액공제를 배제하고 쟁점공제세액 116,673,191원에 미납부가산금을 가산하여, 95.9.30 청구법인에게 93사업년도분 법인세 138,001,050원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.8.7 심사청구를 거쳐 95.9.30 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 94사업년도분 법인세 신고후 이 건 기업합리화적립금의 적립이 누락된 사실을 발견하고 95.4.7 임시주주총회를 거쳐 93년도 이익잉여금 처분시 적립한 별도적립금 400,000,000원중 150,000,000원을 기업합리화적립금으로 수정처분하였다. 기업합리화적립금제도는 감면 및 세액공제의 혜택을 계속하여 기업내에 유보시켜 법정용도에 사용케 함으로써 당해 기업의 육성과 자본의 충실을 기하는 데 목적이 있는바, 청구법인의 경우 비록 임시투자세액공제액 상당을 당해 사업년도 이익잉여금처분시(94.3.30) 기업합리화적립금으로 적립하지 못하였더라도 95.4.7 임시주주총회의 수정처분시까지 사외유출되지 아니하고 별도적립금으로 사내유보되어 있었으므로, 공제를 인정함이 기업합리화적립금제도의 취지에 부합된다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 93사업년도(93.1.1 - 93.12.31) 이익잉여금 처분시(94.3.30) 처분가능 이익잉여금이 1,528,650,789원이었는데도 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였고 법정수정신고기한까지도 적립하지 아니 하였으므로, 당초 공제받은 쟁점공제세액을 추징한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 피합병법인의 최종사업년도분 법인세 신고시 임시투자세액공제액으로 공제받은 쟁점공제세액에 대하여 합병일이 속하는 사업년도 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하지 아니 하였다는 이유로 임시투자세액공제를 배제하고 추징한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제72조 제1항에서 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정한 때에는 대통령령이 정하는 투자를 한 금액의 100분의 3을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은법 제91조 제1항에서 제72조등의 규정에 의하여 세액공제등을 적용받은 내국법인은 당해사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
• 다. 심리 및 판단

(1) 청구법인은 93.8.6 주식회사 OO기공을 흡수합병한후 위 피합병법인의 최종사업년도(93.1.1 - 93.8.6)분 법인세 신고시 쟁점공제세액 116,673,191원을 임시투자세액공제액으로 공제받고 이를 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하고 있다가, 95.4 국세청의 정기감사시 지적이 예상됨에 따라 95.4.7 임시주주총회를 개최하여 93사업년도 잉여금처분시 별도적립금으로 적립한 400,000,000원중에서 150,000,000원을 기업합리화적립금으로 수정처분하고 같은날 93사업년도(93.1.1 - 93.12.31)분 법인세 수정신고를 한 사실을 처분청의 과세자료 및 청구법인 제시 자료에 의하여 알 수 있다.

(2) 피합병법인의 최종사업년도의 법인세 과세표준금액 및 세액계산시에 세액공제등을 적용받은 경우에는 합병법인의 합병일 이후 최초로 종료하는 사업년도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하여야 적법한 적립에 해당하는바(법인세법 기본통칙 5 - 1 - 15... 91 같은 뜻), 청구법인은 합병일(93.8.6)이 속하는 최초 사업년도(93.1.1 - 93.12.31) 이익잉여금이 1,528,660,789원으로서 쟁점공제세액 116,673,191원을 초과함에도 불구하고, 94.3.30 위 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 채 별도적립금등으로 적립하였다가, 수정신고기한이 경과한 95.4.7 국세청정기감사에 대비하여 임시주주총회를 개최하여 별도적립금중의 일부를 기업합리화적립금으로 수정처분한 것으로서 이는 위 법령에 적합한 기업합리화적립금의 적립으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 피합병법인의 법인세 신고시 임시투자세액공제액으로 공제 받은 쟁점공제세액을 추징한 처분은 타당하다고 판단된다.