[요지] 구공장 용지의 분할양도로 신공장 준공시까지 일부 미양도해도 면제요건 충족한 양도분에 대하여는 양도소득세 면제함
[요지] 구공장 용지의 분할양도로 신공장 준공시까지 일부 미양도해도 면제요건 충족한 양도분에 대하여는 양도소득세 면제함
[주 문]
1. 동대구세무서장이 95.4.17 청구인에게 한 89년 귀속 양도소득세 16,158,790원 및 동 방위세 11,138,280원의 처분은 이를 취소한다. 가액이 대구광역시 북구 OO동 OOOOO에 소재한 구공장의 가액에서 차지하는 비율상당을 면제대상으로 하여 이를 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 대구광역시 북구 OO동 OOOOO 소재 공장용지 2,691㎡(이하 “구공장용지”라 한다)를 77.11.24 취득하여 골판지원지를 제조하는 공장을 가동하다 구공장용지 2,691㎡중 89.10.10 331㎡, 89.12.19 505㎡(잔금지급일), 90.1.12 512㎡, 90.5.7 658㎡를 각각 양도하여 심판청구일 현재 양도하지 아니한 부분 685㎡를 보유하고 있고, 89.10.11 경상북도 칠곡군 지천면 OO리 OOO 소재 2,689㎡ 90.5.10 같은곳 OOO 소재 7,748㎡(이하 “신공장용지”라 한다)를 각각 취득하여 90.5.9 골판지와 지함을 제조하는 신공장을 시공하고 이날로부터 2년이내인 91.4.18 공장 1,262㎡를 준공하여 92.1.6 첫제품을 출하하였고, 2년이후인 92.6.7 신공장 922㎡를 추가로 준공한 사실이 있다. 처분청은 청구인이 구 공장용지중 2,006㎡를 분할하여 양도하고 신공장준공시까지 685㎡를 양도하지 아니하였다는 사유로 양도분 2,006㎡에 대하여 구조세감면규제법 제67조의12의 양도소득세 면제규정을 배제하고 89년 귀속 양도소득세 16,158,790원 및 동방위세 11,138,280원, 90년 귀속 양도소득세 63,670,590원 및 동방위세 12,734,110원등 총 103,701,770원을 95.4.17 청구인에게 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.6.13 심사청구를 거쳐 95.8.14 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 2년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제와 관련하여 구공장용지가 89.10.10 ～ 90.5.10 4차에 걸쳐 양도되었는바, 89년 시행된 구 소득세법 제16조 및 동법시행령 제18조의 규정을 종합하여 보면 2년이상 계속하여 가동한 공장을 새로운 공장으로 이전하기 위하여 토지등을 양도하는 경우 구공장 양도일로부터 1년이내에 시공하고 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하고 구공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 이전완료보고서 또는 이전계획서를 제출하고, 당해 공장용에 직접 이용되는 토지로서 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지 이내이고, 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이상이거나 신공장의 가액이 구공장의 가액이상이면 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다. 다만, 면제범위에 있어 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에 미달하고 신공장의 가액도 구공장의 가액에 미달하는 때에는 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율만큼 면제하도록 하면서 구공장의 가액은 구공장의 토지, 건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니한 자산이 있는 경우에는 장부가액)의 합계액으로 하고 신공장의 가액은 공장시설의 이전비용과 이전한 공장의 토지, 건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 하도록 규정하고 있다.
(2) 한편, 90년 시행된 구 조세감면규제법 제67조의12 및 동법시행령 제55조의10의 규정을 종합하여 보면 전시 구 소득세법의 요건과 동일하나, 다만 제출서류중 세액감면신청서와 사업자등록증사본이 추가되고 면제범위에 있어 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액과 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액중 적은 금액이 면제되도록 규정하고 있다.
(1) 먼저 이건 사실관계를 보면 청구인은 구 공장용지를 77.11.24 취득하여 89.10.10 331㎡, 89.12.19 505㎡, 90.1.12 512㎡, 90.5.7 658㎡를 각각 양도하여 심판청구일 현재 양도하지 아니한 부분 685㎡를 보유하고 있고, 89.10.11 2,689㎡, 90.5.10 7,748㎡의 신공장용지를 각각 취득하여 90.5.9 신공장을 시공하고 이날로부터 2년이내인 91.4.18 신공장 1,262㎡를 신축하여 92.1.6 첫제품을 출하하였으며 2년이후인 92.6.7 922㎡를 추가로 준공한 사실이 부동산등기부등본, 토지대장 및 건축물관리대장등 관련증빙자료에 의하여 확인된다. 또한, 구공장에서 사업을 중지하는 휴업계를 89.7.25 북대구세무서에 제출하고 90.1.8 구 공장건물을 멸실하였으며 90.3.19 구공장으로부터 신공장으로의 사업장이전신고를 하여 구공장에서 영위하던 골판지원지 및 지함제조업을 신공장에서 계속 영위한 것이 사업자등록증등에 의하여 인정된다. 한편, 전시 양도분중 89.12.19 양도한 505㎡는 89.3～10동안 시행된 대구직할시의 구안국도(팔달교-관음2교)확장공사에 따른 수용지로 편입되어 대구직할시와 협의하여 수용되었음이 대구직할시의 관련공문 및 토지수용확인서에 의하여 확인된다.
(2) 앞서 살펴본 관련법령에 의하면 2년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대하여 양도소득세를 감면받기 위하여 89년에는 ①구공장을 2년이상 계속하여 가동하고 ②구공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 이전완료보고서 또는 이전계획서를 제출하고 ③공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준용지 이내이고 ④신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이상이거나 신공장의 가액이 구공장의 가액 이상이고 ⑤구공장 양도후에 이전하는 경우 구공장의 양도일부터 1년이내에 신공장을 시공하고 시공일로부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하여야 한다. 한편, 90년에는 위 ②의 제출서류 이외에 세액감면신청서와 사업자등록증사본을 추가로 제출하고 ④의 요건과 관련하여 종전에는 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이상이거나 신공장의 가액이 구공장의 가액이상이면, 즉 신공장의 면적과 가액중에서 하나만 구공장이상이더라도 산출세액이 전부 면제되게 되어 있었으나, 개정후에는 그 요건이 다소 강화되어 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액과 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액중 적은 금액이 면제되도록 규정하여 신공장의 면적과 가액 두가지 모두 구공장이상이어야 산출세액이 전액 면제되고 그러하지 아니하는 경우에는 적은 비율에 따라 면제되도록 하였다.
(3) 이 건의 경우 위에서 열거한 요건중 구공장을 2년이상 계속하여 가동한점, 구공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 이전계획서를 제출한점, 청구인이 양도한 구 공장용지 2,006㎡가 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준용지면적 (이 건의 경우 2,118㎡) 이내인 점, 구 공장용지 양도일로부터 1년이내인 90.5.9 신공장을 시공하고 이날로부터 2년이내인 91.4.18 신공장 1,262㎡를 준공한 점은 청구인이 당심판소에 제출한 관련증빙자료에 의하여 인정되고 있다.
(4) 다만, 처분청은 청구인이 구공장용지를 분할양도하여 신공장준공시까지 일부 양도하지 아니한 부분이 있다는 사유로 전시 면제요건을 충족한 양도분에 대하여도 양도소득세 면제를 배제하였는바, 이와같은 처분이 정당한지에 대하여 살펴본다. 전시 구 소득세법 제16조 및 구 조세감면규제법 제67조의 12에서 2년이상 계속하여 가공한 공장의 이전에 대하여 양도소득세를 감면해 주는 취지는 법이 정하는 일정기간 이상 가동한 공장을 이전하는데 있어 양도소득세가 부과됨으로써 공장규모가 축소되는 것을 방지하여 제조업을 보호해주기 위한 조세정책적 배려에 의한 것이다. 위와같은 입법취지에 비추어 보면 구 공장용지를 분할양도하여 일부 양도하지 아니한 부분이 있는 경우에도 구공장의 가동을 중단하고 신공장으로 이전하였다면 이를 공장의 이전이라 보는 것이 타당하고, 공장용지를 전부 양도하려고 하여도 수요자가 없어 일부를 양도하지 못한 경우에 단지 양도하지 아니한 부분이 있다는 이유로 면제요건을 충족한 양도분에 대하여까지 양도소득세 면제를 배제한다면 넓은 공장용지에서 대규모 공장을 가동한 제조업자가 공장을 이전하려고 하는 경우 상대적으로 위 면제규정을 적용받기 어려운 불합리한 결과가 초래될 뿐만아니라 제조업을 보호하기 위한 원래의 입법취지에도 반할 것이다. 따라서, 구 공장용지를 분할양도하여 신공장준공시까지 일부 양도하지 아니한 부분이 남아있는 경우 후일 이를 양도할때 이 부분이 면제요건을 충족하지 아니하여 양도소득세가 부과되는 것은 별론으로 하고, 단지 일부 양도하지 아니한 부분이 있다는 이유만으로 면제요건을 충족한 양도분에 대하여까지 양도소득세 면제를 배제할 것은 아니라고 본다. 이 건의 경우 청구인은 구 공장용지를 77.11.24 취득하여 골판지원지를 제조하는 공장을 가동하다 구 공장용지중 일부인 505㎡가 관내 구안국도확장(팔달교-관음2교)공사에 따른 수용지로 편입되어 88.12.31 대구직할시 북구청장으로부터 이 공사에 따른 손실보상 협의요청을 받자 89.1.21 이 협의에 응하면서 89.7.25 동대구세무서에 휴업신고를 하고 89.10.10 구 공장용지중 331㎡를 최초로 양도하였으며 89.10.11 신 공장용지중 2,689㎡를 취득하고 90.1.18 구 공장건물을 멸실하였으며 90.3.19 관할 북대구세무소에 사업장이전신고를 한 사실등으로 보아 구공장에서는 더 이상의 공장가동이 어렵다고 판단하여 신공장으로 이전하여 신공장에서 사업을 영위한 것으로 보인다.
(5) 한편, 전시 구 소득세법 시행령 제18조 제2항 및 구 조세감면규제법 시행령 제55조의10 제1항의 면제대상소득금액 산정을 위하여 구공장가액을 계산함에 있어 구공장 가액은 구공장의 토지, 건물 및 기계장치의 가액으로 하도록 하면서 양도하지 아니한 자산이 있는 경우에는 장부가액으로 하도록 규정하고 있는 점에 비추어 보더라도 구공장의 자산중 양도하지 아니한 자산이 있는 경우 양도한 자산 전체에 대한 양도소득세 면제를 배제하는 것은 아니라 할 것이다.
(6) 그러하다면, 구 공장용지 2,691㎡중 685㎡가 양도되지 아니하였다고 하여 양도된 2,006㎡에 대하여까지 양도소득세 감면을 배제한 처분은 잘못이라 하겠다. 다만, 구 공장 양도에 따른 면제범위를 산정함에 있어 89년 양도분(836㎡)은 전시 구 소득세법 제16조의 규정에 의하여 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이상이거나 신공장의 가액이 구공장의 가액 이상이면 산출세액 전액이 면제되므로 신공장의 대지면적(10,347㎡)이 구공장의 대지면적(2,691㎡)을 초과함이 명백한 이 건의 경우 산출세액 전액이 면제되나, 90년 양도분(1,170㎡)은 전시 구 조세감면규제법 제67조의12의 규정에 의하여 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에서 차지하는 비율과 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액중 적은 금액이 면제되는 바, 이 건의 경우 앞서 살펴본 바와 같이 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적보다 커야 한다는 요건을 충족하는 것은 명백하지만, 신공장의 가액이 구공장의 가액보다 큰 경우에 해당하는지에 대하여는 처분청이 조사한 바 없으므로 처분청은 이 내용을 조사하여 시공일로부터 2년이내에 준공된 신공장(1,262㎡)의 가액이 구공장의 가액보다 큰 경우에는 산출세액 전액을 면제하여야 할 것이지만, 신공장의 가액이 구공장의 가액보다 적은 경우에는 산출세액중 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율 상당액을 면제액으로 하여야 할 것이다.