2년 이내에 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 경우 비업무용부동산에서 제외할 수 있는지 여부

[주 문] 대구세무서장이 95.1.16 청구법인에게 90사업년도분 법인세 133,441,690원 및 동 방위세 25,050,670원, 91사업년도분 법인 세 911,686,290원, 92사업년도분 법인세 699,408,330원, 93사업 년도분 법인세 274,786,130원을 부과한 처분은 91사업년도에 있어서 대구시 북구 OO동 OOOOOOO 외 9필지 대지 9,835㎡를 국민주택건설용지로 청구법인에게 양도한 양도자의 양도소득세 면제세액을 청구법인의 법인세에 가산하여 징수 하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구 는 기각한다.

[이 유]

1. 사실 및 원처분 개요 청구법인은 87.5.2 아파트 지구로 지정고시된 “OO3지구”내의 대구시 북구 OO동 OOOOOOO 외 9필지 대지 9,835㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 국민주택건설용지로 88.8.4 취득하였는데, 주택건설촉진법상 아파트 지구로 지정고시된 후 6월 이내에 대구시가 아파트 지구개발 기본계획을 수립하여야 함에도 이를 지체함으로 인하여 아파트를 건설하지 못하고 있다가 93.4.10부터 도심지의 자재창고 이전명령에 따라 쟁점토지를 자재창고 및 모델하우스용으로 사용하여 왔다. 처분청은 청구법인의 90사업년도(사업년도기간: 1.1-12.31, 이하 같다)부터 93사업년도까지의 법인세 조사를 하여 각사업년도의 과세표준과 세액을 경정하면서, 청구법인이 쟁점토지를 그 취득후 2년 이내에 업무에 직접 사용하지 아니하였다고 하여 취득후 2년이 경과한 90.8.4부터 93.4.9까지 비업무용부동산에 해당하는 것으로 판정하여 이에 관련된 지급이자 및 유지관리비 등을 손금불산입하고, 3년 이내에 국민주택을 건설하지 아니하였다고 하여 청구법인에게 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도한 양도자의 양도소득세 면제세액을 청구법인의 91사업년도 법인세에 가산하여 95.1.16 청구법인에게 90사업년도분 법인세 133,441,690원 및 동 방위세 25,050,670원, 91사업년도분 법인세 911,686,290원, 92사업년도분 법인세 699,408,330원, 93사업년도분 법인세 274,786,130원을 각각 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.3.14 심사청구를 거쳐 95.7.6 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 조세감면규제법 시행령 제50조 제7항에서 도시계획 기타 법률의 규정에 의하여 주택을 건설할 수 없는 경우에는 국민주택건설용지 양도자의 양도소득세 면제세액을 주택건설등록업자로부터 징수하지 아니하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 쟁점토지에 국민주택을 건설하지 못한 것에 대하여 귀책사유가 전혀 없고, 대구시장이 아파트 지구로 지정고시된 후 6월 이내에 아파트 지구개발 기본계획을 수립하여야 함에도 이를 지체하여 국민주택을 건설하지 못하였으므로 동 양도소득세 면제세액을 청구법인의 91사업년도 법인세에 가산하여 징수한 것은 부당한다.

(2) 쟁점토지의 경우 대구시장이 아파트 지구개발 기본계획 수립을 지체함으로 인하여 아파트를 건설하지 못하였는 바, 이를 법인의 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있고, 사실상 법령의 규정에 의하여 그 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당하므로 비업무용부동산에 해당하지 아니한다. 따라서 처분청이 관련 지급이자 및 유지관리비 등을 손금불산입하여 과세한 것은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 조세감면규제법 제62조 제1항 및 제2항에서 내국인이 토지를 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제하나, 주택건설등록업자가 3년 이내에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우에는 동 면제세액을 주택건설등록업자의 법인세에 가산하여 징수하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 쟁점토지 취득후 3년 이내에 국민주택을 건설하지 아니하였으므로 국민주택건설용지 양도자의 양도소득세 면제세액을 청구법인의 91사업년도 법인세에 가산하여 징수한 것은 정당하다.

(2) 청구법인의 경우 87.5.2자로 아파트 지구로 기정고시된 이후에 15개월이 경과한 시점인 88.8.4 쟁점토지를 취득하였는 바, 취득 당시부터 아파트 지구개발 기본계획 수립이 지연되고 있었으므로 토지의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로 보아 비업무용부동산에서 제외할 수 없고, 결국 쟁점토지 취득후 2년 이내에 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 비업무용부동산에 해당한다.

3. 심리 및 판단 이 건 심판청구의 다툼은 (1)아파트 지구개발 기본계획 수립이 지연되어 국민주택건설용지 취득후 3년 이내에 국민주택을 건설하지 못한 경우 국민주택건설용지 양도자의 양도소득세 면제세액을 주택건설등록업자의 법인세에 가산하여 징수하지 아니할 수 있는지 여부, (2)같은 사유로 2년 이내에 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 경우 비업무용부동산에서 제외할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

(1) 이 건 과세원인 발생당시에 시행된 조세감면규제법(82.12.21 개정된 것) 제62조 제1항에서는 내국인이 토지를 국민주택의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 당해 토지를 매입한 날로부터 3년 이내에 국민주택을 건설한 경우에는 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다, 다만, 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설등록업자에게 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있다. 같은법 제62조 제2항에서 주택건설등록업자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 국민주택을 건설하지 아니하는 경우에는 제1항 단서의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 주택건설등록업자의 법인세에 가산하여 징수한다고 규정하고, 같은법 시행령 제50조 제4항에서 법 제62조 제2항에서 규정하는 “주택건설등록업자가 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”로, 제1호에서 주택건설등록업자가 주택건설촉진법 시행령에 의한 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우를, 제2호에서 주택건설등록업자가 아파트 외의 국민주택을 건설하는 경우에는 당해 토지를 매입한 날로부터 3년 이내에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우를 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제50조 제7항에서 제4항 및 제5항의 규정은 수용이나 도시계획 기타 법률의 규정에 의하여 주택을 건설할 수 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. 한편, 92.12.31 개정된 조세감면규제법 시행령 제50조 제5항 제1호에서 법 제62조 제2항에서 규정하는 “주택건설등록업자가 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”로 주택건설등록업자가 주택건설촉진법 시행령에 의한 아파트를 건설하는 경우에는 당해 토지의 매입일부터 3년 이내에 건설부장관의 사업계획승인을 얻지 아니하거나 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우를 규정하고, 같은법 시행령 부칙 제7조에서 제2항에서 제50조의 개정규정은 93.1.1 이후 최초로 매입하는 분부터 적용한다. 다만, 92.12.31 이전에 토지를 매입한 경우에는 93.1.1에 매입한 것으로 본다고 규정하고 있다. 92.12.31 개정된 조세감면규제법 시행령 제50조 제5항 제1호에 의하여 당초 면제된 양도소득세 추징사유로 주택건설등록업자가 주택건설촉진법 시행령에 의한 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우에서 당해 토지의 매입일부터 3년 이내에 건설부장관의 사업계획승인을 얻지 아니하거나 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우로 변경하면서 새로이 당해 토지의 매입일로부터 3년 이내에 건설부장관의 사업계획승인을 얻도록 하여 규정의 미비점을 보완하였고, 같은법 시행령 부칙 제7조 제2항에서 위 개정규정의 시행에 따라 종전에 국민주택건설용지를 취득한 자의 불이익을 막기 위하여 92.12.31 이전에 토지를 매입한 경우에는 93.1.1에 매입한 것으로 의제하여 그때부터 3년의 기간을 기산하도록 하였다. 그러므로 일단 위의 관련규정을 살펴보면 청구법인이 당초 쟁점토지의 매입일인 88.8.4부터 3년 이내에 국민주택을 건설하지 아니하였다고 하여 국민주택건설용지 양도자의 양도소득세 면제세액을 청구법인의 91사업년도 법인세에 가산하여 징수할 것은 아니라고 판단된다. 도시계획법 제12조 제1항에서 도시계획은 건설부장관이 직권 또는 제11조의 규정에 의한 도시계획입안자의 신청에 의하여 관계 지방의회의 의견을 들은 후 중앙도시계획위원회의 의결을 거쳐 이를 결정한다고 규정하고, 같은조 제4항에서 건설부장관은 제1항의 규정에 의하여 도시계획을 결정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 이를 고시하고 결정된 도시계획도면을 시장 또는 군수에게 송부하여 일반에게 공람시켜야 한다고 규정하고 있으며, 같은법 제4조 제1항에서 12조 제4항의 규정에 의한 고시가 있은 후에는 도시계획구역안에서 토지의 형질의 변경, 건축물 기타 공작물의 신축·개축 또는 증축 등의 행위는 시장 또는 군수의 허가없이 이를 행할 수 없다고 규정하고 있다. 주택건설촉진법 시행령 제23조 제1항에서 시장·군수는 아파트 지구 지정의 고시가 있는 날로부터 6월 이내에 아파트 지구개발 기본계획을 수립하여야 한다고 규정하고 있다. 관련 공문서에 의하면, 쟁점토지가 위치한 대구시 북구 OO동 일대는 87.5.2 건설부고지 제178호로 아파트 지구로 지정고시되었으나, 대구시장은 아파트 지구로 지정된 날로부터 상당한 기간이 경과할 때까지 아파트 지구개발 기본계획을 수립하지 아니하고 있다가, 92년 정부 종합감사시에 감사지적을 받았으며, 결국 94.12.26 아파트 지구 지정이 폐지된 사실이 확인된다. 청구법인이 쟁점토지에 국민주택을 건설하지 못한 것은 위에서 살펴본 바와 같이 대구시장이 아파트 지구개발 기본계획을 수립하지 아니하고 있다가 동 아파트 지구 지정이 폐지됨으로 인한 것인데, 도시계획의 결정 고시가 있는 후에는 도시계획구역안에서 시장 등의 허가없이 건축물 등의 신축행위를 할 수 없고 아파트 지구의 경우 아파트 지구개발 기본계획을 수립하여야 동 기본계획에 맞추어 아파트 등을 신축할 수 있는 바, 청구법인의 경우는 그 귀책사유가 전혀 없이 대구시장의 업무지체에 의하여 도시계획법 등에 의한 도시계획의 결정 및 그 변경과정에서 쟁점토지에 국민주택을 건설하지 못한 것으로 인정된다. 한편, 구 조세감면규제법 시행령 제50조 제7항에서 수용이나 도시계획 기타 법률의 규정에 의하여 주택을 건설할 수 없는 경우에는 국민주택건설용지 양도자의 양도소득세 면제세액을 주택건설등록업자의 법인세에 가산하여 징수하지 아니하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지의 경우는 동 규정에 의하여 양도소득세 면제세액을 청구법인의 법인세에 가산하여 징수하지 아니하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구법인이 쟁점토지에 3년 이내에 국민주택을 건설하지 아니하였다고 하여 국민주택건설용지 양도자의 양도소득세 면제세액을 청구법인의 91사업년도 법인세에 가산하여 징수한 것은 부당하다.

(2) 법인세법 제18조의3 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서, 그 제1호에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 열거하고 있고, 같은법 시행령 제43조의2 제1항에서 「법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다

1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산

3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산

4. 법인의 주된 업무에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. 업무에 적합한 시설을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 낮은 부동산」이라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제18조 제3항 제1호(86.3.31, 재무부령 제1671호로 신설된 것)에서 취득후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(매매사업용 부동산을 포함한다)을 비업무용부동산으로 열거하고 있다. 법인세법 시행규칙 제18조 제4항에서 다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고, 그 제1호에서 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(이하 이 호에서 “사용제한부동산”이라 한다)으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 아니하거나 사용제한부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년 이내에 OOOO은행법에 의하여 설립된 OO공사 또는 한국토지개발공사법에 의하여 설립된 한국토지개발공사에 당해 부동산의 매각을 의뢰(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인의 감정가액으로 매각을 의뢰하는 경우에 한한다)하였으나 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년 이내에 2회 이상 유찰된 경우에 있어서 그 3년이 경과된 날부터 5년(이하 이 호에서 “유예기간”이라 하며, 매유예기간내에 다시 매각을 의뢰하였으나 당해 유예기간내에 2회이상 유찰된 경우에 있어서는 그 유예기간이 경과된 날부터 5년)이 경과되지 아니한 부동산을 열거하고 있다. 위의 관련법령의 규정에 의하면, 법인의 부동산을 취득한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 일단 비업무용부동산에 해당하는 것이며, 다만, 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 각호에 열거한 사유에 해당하게 되면 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것이다. 청구법인은 쟁점토지가 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호에서 규정한 경우에 해당한다고 주장하나, 동 규정은 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 경우에 적용되는 바, 쟁점토지의 경우에는 청구법인이 취득할 당시에 이미 아파트 지구개발 기본계획 수립이 지체되고 있어 그 사용이 제한되고 있었으므로 이를 적용하여 비업무용부동산으로 보지 아니할 수 없다 할 것이고, 또한 쟁점토지와 같은 경우가 달리 동시행규칙 제18조 제4항 각호에 열거된 바 없으므로 처분청이 쟁점토지를 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였다고 하여 비업무용부동산으로 판정하고 이에 관련된 지급이자 및 유지관리비 등을 손금불산입하여 각사업년도의 과세표준과 세액을 경정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 이 건 심판청구는 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.