청구법인이 쟁점토지를 국민주택건설용지로 매입한날로부터 3년이내에 사업계획승인을 얻지 아니한 데 대하여 처분청이 청구법인에게 감면세액상당액을 부과한 처분의 당부(취소)

[주 문] 서대구세무서장이 94.7.16 청구법인에게 93.1.1～93.12.31 사업년도분 법인세 24,914,300원을 고지한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인이 90.11.6 경상북도 성주군 선남면 OO리 OOOOO 및 OOOOOO 소재 임야 12,022㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 국민주택건설용지로 매입하고 쟁점토지의 양도자인 청구외 OOO 등 4인의 양도소득세에 대한 감면신청서를 제출하여 양도자가 그에 대한 양도소득세를 감면받은 사실이 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 매입한 날로부터 3년내에 아파트 건설에 관한 건설부장관의 사업계획승인(이하 “사업계획승인”이라 한다)을 얻지 아니하였음을 이유로 하여 쟁점토지의 양도인이 감면받은 양도소득세 등에 상당하는 금액(이하 “감면세액 상당액”이라 한다)을 청구법인의 법인세로서 징수하기 위하여 94.7.16 청구법인에게 93.1.1～93.12.31 사업년도분 법인세 24,914,300원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.9.12 이의신청을, 94.12.5 심사청구를 거쳐 95.3.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견

• 가. 청구주장 청구법인이 국민주택규모 이하의 아파트건설을 목적으로 90.11.6 쟁점토지를 매입하고 91.5.31 그 양도자에 대한 양도소득세의 감면신청서를 제출하여 양도자가 양도소득세를 감면받은 사실이 있으며, 청구법인이 매입한 쟁점토지는 임야로서 산림훼손허가를 득하고 택지로 조성하여야 하는 등의 이유로 그 매입일로 부터 3년내에 주택건설사업계획승인을 얻지 못한 것은 사실이나 사업계획승인신청의 보완중에 있다. 쟁점토지를 매입할 당시의 조세감면규제법 제62조 및 92.12.31 개정된 조세감면규제법 시행령(대통령령 제13804호) 제50조 제5항의 규정에 의하면 국민주택건설용지를 취득한 주택건설등록업자에게 감면세액 상당액을 추징하는 사유로 “아파트의 건설에 있어서는 당해 토지의 매입일로 부터 3년이내에 건설부장관의 사업계획 승인을 얻지 아니하거나 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”로 규정하고 있으며, 같은법시행령 부칙 제7조 제2항에서는 “위 개정규정은 93.1.1 이후 최초로 매입하는 분부터 적용한다. 다만 92.12.31 이전에 토지를 매입한 경우에는 93.1.1에 매입한 것으로 본다”고 규정하고 있는 바, 청구법인이 매입한 쟁점토지는 결과적으로 93.1.1에 매입한 것으로 보게 되며 이때로 부터 3년이 되는 95.12.31까지 사업계획승인을 얻으면 감면세액상당액에 대한 추징사유가 발생하지 아니하는 것임에도 불구하고 처분청이 그 추징사유가 발생하지 아니한 94.7.16 현재 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장의견 조세감면규제법 제62조 제2항 및 같은법시행령 제50조 제4항 제2호(92.12.31 개정되기 전의 것)의 규정에 의하면 주택건설등록업자가 아파트외의 국민주택을 건설하는 경우에는 당해토지를 매입한 날로 부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니한 경우에는 감면세액 상당액을 추징하는 것으로 규정하고 있는 점 등으로 비추어 볼때, “아파트 건설”을 이유로 사업계획승인기한을 무기한으로 인정할 경우 조세감면의 사후관리 측면에서도 형평의 유지에 맞지 않는다고 할 것이며 아파트인 국민주택을 건설하는 경우의 감면요건에 대한 재무부의 질의·회신(재산 22607-33, 90.1.12)에서는 “주택건설등록업자가 국민주택규모 이하의 아파트를 건설하는 경우에는 당해토지의 매입일로 부터 3년이내에 그 사업계획승인을 받아야 하고 승인을 받은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하여야 그에 대한 양도소득세 등이 감면되는 것”으로 해석하고 있는 바, 토지의 매입일로 부터 3년이 경과하여 사업계획승인신청서를 제출하고 4년이 지나도록 승인되지 않고 있는 이건의 경우 그 감면세액상당액을 추징함이 합목적적인 법 해석이라고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세를 고지한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 국민주택건설용지로 매입한 날로부터 3년이내에 사업계획승인을 얻지 아니한 데 대하여 처분청이 청구법인에게 감면세액상당액를 부과한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 청구법인이 쟁점토지를 매입할 당시의 조세감면규제법 제62조의 규정에 의하면 내국인이 토지를 국민주택건설용지로 주택건설등록업자 등에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하면서 주택건설등록업자 등이 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 토지에 국민주택을 건설하지 아니하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 때에는 그 감면된 양도소득세에 상당하는 금액을 그 주택건설등록업자 등으로 부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다고 규정하고 있으며 주택건설등록업자 등이 그 양도소득세 등의 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용하는 것으로 규정하고 있다. 그리고 조세감면규제법시행령 제50조 등의 규정에 의하면, 아파트를 건설하는 경우에 있어서 국민주택건설용지를 취득한 주택건설등록업자에게 감면세액상당액을 추징하는 사유로,

① 92.12.31 조세감면규제법시행령 제50조 제5항 제1호의 규정이 개정되기 전 까지는 “건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”로 규정하고 있었으나,

② 92.12.31 개정된 같은법시행령 제50조 제5항 제1호의 규정에서는 “국민주택건설용지의 매입일 부터 3년이내에 건설부장관의 사업계획승인을 얻지 아니하거나 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”로 규정하고 있으며 같은법시행령 부칙 제7조 제2항(92.12.31 개정)에서는 “위 개정규정은 93.1.1 이후 최초로 매입하는 분 부터 적용한다. 다만 92.12.31 이전에 토지를 매입한 경우에는 93.1.1에 매입한 것으로 본다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 90.11.16 청구외 OOO 등 4인으로 부터 쟁점토지를 국민주택건설용지로 취득한 사실과 91.5.31 쟁점토지의 양도자에 대한 양도소득세의 감면을 신청함으로써 그 양도자가 쟁점토지에 대한 양도소득세를 감면받은 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며, 우리 심판소의 조회에 대한 성주군수의 회신(도시 46830-586, 95.5.26)에 의하면, 청구법인이 94.1.6 및 94.11.10 쟁점토지상에 국민주택규모이하의 아파트건설에 관한 사업계획승인신청을 한 바 있으며 그 승인신청과 관련한 성주군수의 보완요구사항에 대한 미보완으로 95.4.1 현재 사업계획승인신청서가 반려된 상태에 있으며 그 미비사항을 보안하여 승인신청할 경우에는 승인가능한 것으로 회신하고 있다.

(2) 앞의 관련법령에서 살펴본 바와 같이, 92.12.31 조세감면규제법시행령 제50조 제5항 제1호의 규정이 개정되기전에는 아파트의 건설목적으로 국민주택건설용지를 취득한 주택건설등록업자에게 감면세액상당액을 추징하는 사유로 “건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”로만 규정하고 있어 그 사업계획승인의 기한에 OO여는 규정하지 아니함에 따라 사업계획승인의 지연 등에 따른 아파트의 건설이 늦어지게 되더라도 그 감면세액을 추징할 수 있는 근거규정이 없음을 알 수 있다. 이러한 점 등을 보완하기 위하여 92.12.31 개정된 조세감면규제법시행령 제50조 제5항 제1호의 규정에서는 그 감면세액을 추징하는 사유로 “국민주택건설용지의 매입일부터 3년이내에 건설부장관의 사업계획승인을 얻지 아니하거나 그 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우”로 규정하여 국민주택건설용지의 매입일로부터 3년이내에 그 사업계획승인을 얻지 아니하는 경우에도 그 감면세액을 추징하는 것으로 규정하면서 그 부칙 제7조 제2항에서는 위 시행령 제50조 제5항 제1호의 개정규정을 93.1.1 이후 최초로 매입하는 분 부터 적용하되, 92.12.31 이전에 토지를 매입한 경우에는 93.1.1에 매입한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(3) 조세감면규제법시행령 제50조의 규정 등과 관련한 5 1 이후2으 재무부정 질의·회신(재e부 6 1-조조세 위 시설등록업자에게 관어지택건설용규모¡분정 의 건입한지 아우에도 2.당해 매입일부터 입하e년이내에 건설부장관의 사업계획승인을 얻지 받는 사헙고2.칙 얻은 받업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아여 사액상당액을 추정되니 에는함에 것으로 규정하해석 바. 승기거규종토¡9련한 세감해석규정하 51 213 감면규제법시행령조 62조 및 같은법 제50조 제5정 등과정되¡조세감쵼초93.이입한되, 하여 려핸령것¡랜정하 있것¡믠로(재무부 재e부 6 14-2 22.1414125.같은뜻임세감행령정을 9정되 제세감날¥.1 1 이후 최초입한택건설용지의 매입하는 매입한 규정하12.31 개정된 조세감면규제법시행령 제50조 제5항및 칙 제7정 등과3.되,함정되타당 본다고판단된