쟁점세금계산서의 공급받는자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지의 여부(경정)

[주 문] 익산세무서장이 95.6.20 청구법인에게 경정고지한 부가가치세 94년 제1기분 19,999,990원, 94년 제2기분 56,837,730원, 95년 제1기분 가산세 4,172,000원의 처분은 이를 취소하고, 환급거 부결정한 95년 제1기분 부가가치세 매입세액 41,720,000원을 공제되는 매입세액으로 하여 이를 경정(환급)한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 94.4.19 설립하여 94.4.20 부동산신축판매업으로 사업자등록신청을 하고 같은월 23일 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받은 법인으로서, 전라북도 익산시 OO동 OO OOOOO 대지 1,454.9㎡(청구외 OOO 외 1인의 소유)의 지상에 건물(근린생활시설) 7,297㎡(이하 “쟁점건물”이라 함)를 신축하면서, 94.4.30～95.3.27간에 청구외 OO종합건설주식회사로부터 건물신축과 관련한 용역의 공급대가에 대한 세금계산서 9건 공급가액 1,115,724,909원, 매입세액 111,572,491원(94/1기분 1건 181,818,182원, 94/2기분 5건 516,706,727원, 95/1기분 3건 417,200,000원 ; 이하 “쟁점세금계산서”라 함)을 교부받고 이에 대한 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 쟁점건물의 당초 건축허가 명의자가 청구외 OOO 외 1인이라 하여 청구법인이 실질건축주가 아닌 것으로 보고 쟁점세금계산서의 공급받는자가 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제하여 95.6.20 청구법인에게 부가가치세 3건 122,729,720원(94년 제1기분 19,999,990원, 94년 제2기분 56,837,730원, 95년 제1기분 환급배제세액 41,720,000원, 가산세고지세액 4,172,000원)을 경정처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.8.17 심사청구를 거쳐 95.12.6 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 건축허가일(93.12.12) 및 당초공사도급계약일(94.2.24) 법인이 설립되지 아니한 상태이기 때문에 편의상 건축주 명의를 개인(대표이사) OOO 외 1인 명의로 건축허가와 도급계약을 체결하였으나, 실제로는 청구법인이 쟁점건물을 신축한 후 사업을 하기 위하여 94.4.19 법인을 설립하고, 같은월 20일 처분청에 사업자등록신청을 하여 4.23 부동산 신축판매 및 임대업의 사업자등록증을 교부받아서 도급자 명의를 수급자인 청구외 OO종합건설주식회사와 변경계약한 후 청구법인이 모든 건축행위를 주관하여 신축건물에 대한 일체의 비용 등을 청구법인의 결산장부에 계상하였으며, 공사대금을 대표자의 개인어음으로 지급하였다하여 개인을 건물소유자로 보았으나, 이는 대표이사의 개인당좌구좌를 이용한 어음차입금으로 법인의 채무로 계상하여 법인의 법적 책임하에 공사비를 지급한 것인데도 건축허가서상 건축주 명의를 뒤늦게 변경하였다하여 건축명의 변경전에는 건축중인 쟁점건물의 소유자를 개인으로 보아 청구법인 명의로 교부받은 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 그 매입세액을 불공제한 당초처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 처분청이 제시한 심리자료를 보면, 첫째, 쟁점건물은 93.12.18 토지소유자인 개인 OOO 외 1인 명의로 건축허가를 받았고, 공사도급계약서 또한 개인 OOO 외 1인 명의로 체결(94.2.24)되었음이 확인되고, 둘째, 청구법인은 94.4.19자로 설립되었으므로 그후 신청한 쟁점건물의 설계변경신청시 건축주 명의를 청구법인 명의로 변경할 수 있었음에도 이를 변경하지 아니하고 있다가 95.6.2에야 이를 변경한 사실에 대한 구체적인 사유를 밝히지 못하고 있고, 셋째, 청구외 OOO은 쟁점건물의 공사대금(기성부분)이 청구법인 명의로 지급된 것이 아니라 개인 OOO이 발행한 약속어음으로 지급하였음을 확인(95.5.9)하고 있다. 위의 사실을 모두어 보면, 쟁점건물은 이 건 세금계산서 교부당시 까지는 건축허가서 및 도급계약서상의 명의자인 OOO 외 1인이 실지 건축한 것으로 보여지므로 처분청이 이 건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 다툼은 쟁점세금계산서의 공급받는자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

1. 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 같은법시행령 제60조 제2항에 의하면, 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 제출하지 아니하거나 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 교부하였거나 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적, 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니하는 것으로 규정되어 있다.

2. 국세기본법 제14조【실질과세】제2항에 의하면, 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정되어 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점건물의 건축허가 내용에 의하면, 93.12.18 당초 건축허가신청명의인이 OOO 외 1인으로 되어 있었고, 95.4.19 설계변경허가신청을 하면서도 건축주 명의가 OOO 외 1인으로 되어 있었으며, 위 건축주 명의를 95.6.2 청구법인 명의로 변경하여 이리시장으로부터 건축주 명의변경신고필증을 교부받은 것이 건축허가서등 관련증빙에 의하여 확인된다.

2. 청구법인의 법인등기부등본, 사업자등록증 등에 의하면, 청구법인은 94.4.19 부동산 신축판매업 등을 목적으로 설립되어 등기되었고, 94.4.20 사업종목을 부동산 신축판매 및 임대로 하여 처분청에 사업자등록신청을 하였으며, 처분청은 94.4.23 이에 대한 사업자등록증을 교부하였고, 청구법인은 94.4.20 청구외 OO종합건설주식회사와 건축도급공사에 대한 도급인을 청구법인으로 변경하기로 합의하였음이 도급인 명의변경합의서에 의하여 확인된다.

3. 청구법인의 94.4.19～94.12.31사업년도의 법인세신고시 제출한 재무제표와 청구법인의 건설가계정, 어음차입금, 가수금 등 관련 계정의 장부원장 등에 의하면, 청구법인은 쟁점건물 신축관련 공사대금 등을 지급하면서, 대표이사 OOO 등으로부터 어음을 차입하여 교부하고, 그 어음 결제대금은 대표이사 OOO으로부터 차입(가수금)하여 지급한 후 장부상 부채로 계상하였고, 건설가계정에 자산으로 계상하였음이 확인된다.

4. 청구법인은 쟁점건물을 95.12.14 준공하여 청구법인 명의로 일반건축물대장에 등재하였고, 아울러 95.12.20 청구법인 명의로 소유권보존등기를 하였으며, 95.12.15 청구외 OOO와 6층 412.44㎡를 전세금 1억원에 임대하여 임대사업을 실지로 개시하였으며, 95.12.20 처분청으로부터 서비스업 및 음식점업 업종추가에 대한 사업자등록증을 변경교부받아 심판청구 심리일 현재도 계속하여 청구법인이 쟁점건물에 대한 임대사업등을 계속 영위하고 있음이 관련증빙에 의하여 확인된다.

5. 관련법령 및 위 사실관계를 종합하여 판단할 때 당초 개인명의로 쟁점건물을 신축하여 사업을 영위할 목적으로 청구외 OOO 외 1인 명의로 건축허가등을 받았다가, 위 OOO등이 당초 의사결정을 변경하여 법인명의로 사업을 하기로 하고 청구법인을 설립한 후, 적법하게 처분청에 법인사업자등록신청을 하여 사업을 개시하였고, 쟁점건물의 건축주(도급인)명의변경을 시공자인 청구외 OO종합건설주식회사와 합의한 후 청구법인명의로 쟁점건물 신축공사와 관련한 용역대가에 대한 세금계산서를 교부받아 신고기한내에 부가가치세 신고등 제반의무를 수행한 사실이 인정되는 바, 비록 건축허가서상 건축주 명의변경이 뒤늦게 이루어졌다 하더라도, 쟁점건물의 소유권은 실질상 청구법인에게 귀속된다 할 것이므로 쟁점세금계산서의 공급받는자가 청구법인으로 이는 사실과 일치한다고 판단된다. 그렇다면 쟁점세금계산서의 매입세액은 국세기본법 제14조의 실질과세의 원칙과 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 같은법시행령 제60조 제2항에 의거 공제하지 아니하는 매입세액의 범위에 포함된다고 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서의 공급받는자가 사실과 다른 것으로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.