처분청이 산정한 건물의 공사원가가 적정한 것인지의 여부(경정)

[주 문] 북전주세무서장이 95.3.16 청구법인에게 한 93사업년도분 법인세 207,217,380원 및 갑종근로소득세 221,326,470원의 부과처분은 쟁점건물의 공사원가를 재조사 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 93사업년도(93.1.1 - 93.12.31)중 동 법인의 과점주주이며 대표이사의 직에 있는 OOO이 소유하고 있던 전라북도 전주시 덕진구 OO동 OO OOOOO 소재 대지 882㎡ 위에 근린생활시설물 2,587.34㎡(지하 1층, 지상5층으로 이하 “쟁점건물”이라 한다)의 신축공사를 하고 쟁점건물에 대한 공사수입금액으로 455,000,000원을 계상하여 신고하였다. 처분청은 청구법인의 93사업년도 법인세 조사시 쟁점건물의 공사와 관련하여 원시기록장부등에 의하여 쟁점건물의 공사원가를 893,385,840원으로 조사하고 부당행위계산을 부인하여 청구법인이 계상한 쟁점건물의 공사수입금액 455,000,000원과의 차액 438,385,840원을 수입금액 과소계상으로 보아 익금산입 및 대표자에게 상여처분하고 기타 가공매입에 대하여도 이와 같이 하여 95.3.16 청구법인에게 93사업년도 법인세 207,217,380원을 결정고지 하였고, 청구법인은 95.4.10 대표자에게 상여처분된 금액에 대한 갑종근로소득세 221,326,470원을 자진납부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.5.15 이의신청, 95.8.10 심사청구를 거쳐 95.11.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구 주장 처분청이 쟁점건물의 공사원가로 본 원시기록장부는 쟁점건물 신축공사가 청구법인의 설립후 최초의 공사이고, 업무분장이 되지 아니한 상태에서 수취한 세금계산서를 처리하는 과정에서 공사현장별로 정리하지 못하고 원시기록 장부에 일괄적으로 기록된 것이어서 동 장부에는 쟁점건물의 공사에 관련된 비용뿐만 아니라 청구법인의 자산매입비, 일반관리비 및 다른 공사현장에 사용된 재료비 등이 포함되어 있어 법인세 신고시 그 사용내역에 따라 원시기록장부에서 개별원가계정 등으로 대체정리하여 신고하였음에도 처분청이 이를 부인하고 원시기록장부상의 거래비용중 차량운반구, 비품등 일부의 대체만 인정하고 다른공사 원가등에 대체된 원재료비, 외주가공비 등의 거의 전부를 쟁점건물의 공사원가로 보아 청구법인이 부당하게 청구법인의 대표이사인 OOO에게 쟁점건물의 건축용역을 저가에 공급하였다고 하여 이를 부당행위계산으로 부인하고 전시한 법인세등을 고지한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 처분청의 쟁점건물의 공사원가 계산내용을 보면, 청구법인이 보유하였던 쟁점건물의 공사 원시기록장부상의 총 거래금액 868,973,140원에서 쟁점건물의 신축공사와 직접관련 없는 비품, 통신비, 차량운반구, 지급수수료 등의 금액 51,587,300원을 공제하고 동 장부외에 계상된 노무비 76,000,000원을 가산한 893,385,840원을 공사원가로 계산한 것이 쟁점건물 수입금액검토조서에 의하여 확인되어 처분청이 공사원가를 산출함에 있어 원시기록장부에 의하여 선별적으로 원가에 소요되었는지의 여부를 확인한 것으로 인정되며, 평당 공사원가 1,142,437원(893,385,840÷782)은 당시의 일반 건축공사의 평당공사비와 비슷하고, 목욕탕 설치 공사비 115,500,000원까지 포함되었다는 점으로 볼 때, 처분청이 계산한 쟁점건물의 공사원가 893,385,840원은 적정한 것으로 인정되는 반면, 청구법인은 쟁점건물공사 원시기록장부상에 다른 공사의 원가가 기록된 사유 및 증거, 공사별원가장부, 공사장별 원가관리 현황 등에 의하여 실지사용 내용을 판단할 입증의 제시가 없어 청구법인의 주장처럼 다른공사의 원가를 쟁점건물 원가장부에 기재하였다고 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 처분청이 산정한 쟁점건물의 공사원가가 적정한 것인지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 법인세법 제20조에서는 “정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다”라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제46조 제1항에서는 『법 제20조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 관계있는 자를 말한다.

1. 출자자(제31조의 2에 규정하는 소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족

2. 법인 또는 출자자의 사용인(출자자에 있어서는 영리법인인 경우에는 그 임원에 한하고, 비영리법인인 경우에는 이사 및 설립자에 한한다. 이하 이 조에서 같다)이나 사용인 이외의 자로서 법인 또는 출자자의 금전, 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

3. ～ 7.(생략)』으로 규정하고 있으며, 같은조 제2항에는 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. ～ 6. (생략)

7. 출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. (단서 생략) 7의 2. ～ 8. (생략)

9. 기타 출자자등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때』로 규정하고 있고, 같은법기본통칙 2-14-1…20 제1항에는 “특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판정한다”라고 하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 당초 원시기록장부에 쟁점건물(OO빌딩)의 공사원가로 기록한 금액이 868,973,140원인 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구법인은 원시기록장부상 금액을 총계정원장에 이기 정리하면서 위의 868,973,140원을 자산계정에 88,359,692원(저장품 9,785,591원, 공사원재료 48,480,720원, 구축물 3,136,363원, 차량운반구 17,121,855원, 비품 9,835,163원), 판매관리비 계정에 18,247,172원(복리후생비 4,080,000원, 통신비 214,449원, 차량유지비 6,747,269원, 광고선전비 2,909,091원, 지급수수료 730,000원, 소모품비 3,566,363원), 쟁점건물 이외의 다른공사의 공사원가에 379,942,424원(OO빌딩 신축공사 등 15개),쟁점건물(OO빌딩) 공사원가에 382,423,852원((OO빌딩의 총공사원가는 원시기록장부외에 노무비 76,000,000원과 기타원가 21,461,330원을 합하여 479,885,182원으로 계상함)을 계상하였음이 원시기록장부 및 총계정원장에 의하여 확인되고, 처분청은 이에 대하여 원시기록장부상 OO빌딩 공사원가로 기장된 868,973,140원중 청구법인이 자산계정으로 계상한 금액중 28,275,200원(구축물 3,136,363원, 차량운반구 17,121,855원, 비품 8,016,982원), 판매관리비 계정으로 계상한 금액중 2,912,100원(통신비 182,100원, 광고선전비 2,000,000원, 지급수수료 730,000원), 다른공사의 공사원가에 계상한 금액중 20,400,000원(OO빌딩 신축공사) 합계 51,587,300원만을 인정하고 나머지 817,385,840원은 쟁점건물의 신축공사에 소요된 금액으로 보고 동 금액에 원장상의 OO빌딩 공사노무비 76,000,000원을 합한 893,385,840원을 쟁점건물의 공사원가로 보고 이를 기준으로 부당행위계산부인 하였음이 이 건 법인세 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인이 계상한 쟁점건물의 공사원가가 적정한지에 대하여 보면 청구법인의 원시기록장부의 기재내용이 거래일자별로 기재되지 않은 점으로 보아 사업초기에 업무미숙으로 회계기준에 맞는 적절한 회계처리를 하지 못하였다는 것이 인정되고, 다른공사의 공사원가로 대체계상된 사항을 부인하는 경우 다른 건축물의 경우 특정한 원자재의 사용없이 건축물이 완공되는 모순이 생기는 점을 감안하면 원시기록장부상 OO빌딩 공사원가로 계상된 금액에는 다른공사의 공사원가도 일부 포함되어 있는 것으로 보인다 할 것이다. 그러나 청구법인 주장과 같이 원시기록장부상에 일부 다른공사의 공사원가가 포함되어 있다 하더라도 청구법인이 제시한 증빙자료를 검토하여 보면 다음과 같은 문제점이 있는 바, 첫째, 원시기록장부상에는 쟁점건물(OO빌딩) 뿐만 아니라 다른공사에 대하여도 공사현장별로 구분기장되어 있음에도 다른공사에 대한 공사원가를 쟁점건물 공사원가로 혼합기록되었다 함은 납득하기 어렵다 하겠으며, 둘째, 청구법인이 원시기록장부상 OO빌딩 공사원가를 다른공사의 공사원가로 대체계상한 내역을 대사하여 보면, 당해 다른공사 착공일보다 3～6개월전에 철근, 합판등의 원재료를 매입한 것으로 되어 있는 바, 이는 일반적인거래관행이나 사회통념에 반하는 거래행위로서 사실로 보기 어렵다 할 것이고, 셋째, 청구법인의 결산시 쟁점건물의 공사원가 479,885,182원은 청구외 건축사 OOO이 쟁점건물의 신축당시 정부표준 품셈에 의하여 산정한 쟁점건물의 공사원가 575,500,000원의 79%에 불과하고, 다른공사의 공사원가보다 단가가 저가인 사실에 비추어 볼 때, 쟁점건물의 결산시 공사원가는 적정한 것으로 볼 수 없고, 따라서 청구법인이 신고한 쟁점건물의 공사수입금액 455,000,000원은 쟁점건물의 실제 공사원가보다 저가에 공급된 것으로 보이므로 청구법인 주장 전부를 사실로 받아드리기는 어렵다 하겠다.

(3) 처분청이 산정한 쟁점건물의 공사원가가 적정한지에 대하여 보면 첫째, 청구법인이 원시기록장부상 쟁점건물 공사원가에서 다른공사의 공사원가로 대체한 공사원가를 인정하지 아니하는 경우 다른 건축물의 신축공사시 특정 원재료(철근, 합판, 목재 등)의 사용없이 건축한 것이 되는 모순이 있고, 둘째, 원시기록장부상 쟁점건물 공사원가에는 쟁점건물의 준공일(93.10.5) 이후에 매입한 원재료 등이 다수 기재되어 있음에도 처분청은 이를 구분하여 시부인함이 없이 대부분을 쟁점건물의 공사원가로 본 잘못이 있으며, 셋째, 청구법인의 결산시 원시기록장부에서 재고자산으로 대체된 잔존원재료 및 저장품 58,266,311원을 재고자산으로 인정하면서도 쟁점건물의 공사원가에 포함하게 되는 문제점 등이 있다 하겠고, 넷째, 처분청이 산정한 쟁점건물의 공사원가 893,385,840원은 전시한 건축사 OOO이 쟁점건물 신축당시 정부표준품셈에 의하여 산정한 쟁점건물 공사원가 575,500,000원의 155%에 달하는 점 등으로 보아 처분청이 산정한 쟁점건물의 공사원가도 적정한 것으로 볼 수 없다 하겠다.

(4) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구법인 주장과 같이 원시기록장부가 쟁점건물의 개별공사원가를 정확하게 기록한 것이 아니라 하더라도 다른공사의 공사원가 계정에 대체한 철근, 원재료등은 특별한 사유없이 당해 공사개시일 3～6월전에 이미 매입한 것으로 되어 있으므로 그 전부의 대체가 적정하다고 인정하기는 곤란할 뿐만 아니라 청구법인이 신축공사를 한 타 공사현장의 공사원가보다 현저히 저가로 쟁점건물을 신축하여 공급한 것으로 보아 청구법인이 쟁점건물을 신축하여 청구법인의 대표이사 OOO에게 공급한 것은 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념에 반하여 저가에 공급한 것으로 보여지므로, 청구법인은 쟁점건물을 신축하여 공급하면서 청구법인과 특수관계 있는 청구외 OOO에게 청구법인의 어떠한 이익도 분여하지 아니한 것으로 보기 어려운 반면, 처분청 또한 신빙성 있는 원시기록장부에 근거하여 쟁점건물의 공사원가를 산정하였다 하더라도 준공일 이후의 매입액을 쟁점건물의 공사원가에 산입한 점, 재고자산으로 남아 있는 저장품, 공사원재료재고액도 쟁점건물의 공사원가에 산입한 점 등으로 보아 처분청이 산정한 당초 쟁점건물의 공사원가 893,385,840원은 처분청이 쟁점건물의 공사원가를 산정함에 있어서 그 전부에 대한 충분한 조사없이 산정한 것으로 보여진다. 따라서 청구법인과 처분청 모두 쟁점건물의 공사원가 산정이 부적정한 것으로 인정되고 양당사자의 주장만으로는 쟁점건물의 공사원가를 확정할 수 없으므로 쟁점건물의 공사원가를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하도록 함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.