“쟁점재고품매입세액”을 94.7.1～12.31 과세기간 중 납부할 세액에서만 공제받고 공제받지 못한 매입세액은 환급받을 수 없는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 농업협동조합법에 의하여 설립된 법인으로 시지역에서 소매업을 영위하고 있는 바 93.12.31 개정된 부가가치세법시행령 제38조 및 그 시행규칙 제11조의5 별표 5 중 제5호에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되었고 94.7.1 현재 보유 재고품의 매입세액 5,271,280원(이하 “쟁점재고품매입세액”이라 한다)을 95.1.25 환급신청하였다. 처분청은 95.2.21 청구법인의 재고품매입세액 공제신청에 의하여 매입세액을 환급하였으나 위 환급이 잘못되었다 하여 95.6.1 청구법인에게 94년 제2기 부가가치세 5,798,410원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.6.30 심사청구를 거쳐 95.9.30 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인의 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인주장 청구법인은 쟁점재고품매입세액을 부가가치세법 제17조의 규정에 의하여 납부할 세액에서 공제하고 전액은 환급하여야 한다고 주장한다.
• 나. 국세청장의견 쟁점재고품매입세액은 이 규칙시행일인 94.7.1 이후 6개월간의 납부할 세액에서만 공제되고 공제되지 아니한 매입세액은 환급할 수 없다고 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 “쟁점재고품매입세액”을 94.7.1～12.31 과세기간 중 납부할 세액에서만 공제받고 공제받지 못한 매입세액은 환급받을 수 없는지의 여부에 그 쟁점이 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 “사업자가 정부에 납부하여야할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 및 별표 5 중 제5호에서 “농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 농업협동조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업을 면세사업으로 규정하고, 다만, 식품가공사업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우에는 과세사업으로 한다”고 규정하고 있다. 부가가치세법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31 개정) 제6조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 “제11조의5 제1항의 규정에 의한 별표 5 중 제5호의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙시행일(94.7.1) 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 94.7.25까지 소관세무서장에게 신고하여야 하고 사업자가 신고한 재고품에 대한 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액은 이규칙 시행후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다”고 되어 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 청구법인이 94.7.19 쟁점매입세액에 관련된 재고품에 대한 매입세액을 신고한 사실과 쟁점재고품매입세액이 94.7.1～12.31 과세기간 중 납부할 부가가치세가 없어서 공제받지 못한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조의 규정은 청구법인과 같이 면세사업을 경영하던 자가 과세사업자로 전환된 경우 매출세액이 발생하기 때문에 재고품매입시 부담한 매입세액을 공제해 줌으로써 매입시 부담한 부가가치세에 대하여 다시 부가가치세가 부과되는 중복부담의 문제를 제거하기 위한 규정이므로 청구법인의 주장과 같이 공제받지 못한 매입세액은 환급하는 것이 타당하다고 주장할 수도 있으나, 과세사업자로 전환시 매입세액의 공제는 상위법령의 근거가 없는데도 불구하고 납세자의 이익을 위하여 부가가치세법 시행규칙에서 94.7.1～94.12.31 과세기간 중 납부할 세액 범위내에서 공제받도록 특별히 규정한 것이므로 이건 공제받지 못한 매입세액을 환급하라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.