부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고품매입세액을 공제할 수 있는지 여부(경정)

[주 문]

1. 익산세무서장이 95.2.28 청구법인에게 환급통지한 94년 제2기분 부가가치세 30,716,800원은 매입세액 2,775,229원을 매출세액에서 추가 공제하여 그 환급세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 전라북도 익산시 OO동 OOOOOOO에서 금융·소매업을 영위하는 OO협동조합으로서 94.7.1 소매업부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 후 95.1.25 94년도 제2기분 부가가치세 확정신고시 42,847,187원을 환급신고하였다. 처분청은 위 청구법인의 환급신고금액 중 11,547,340원은 환급되지 아니하는 재고품매입세액이라 하여 환급을 배제하고 95.2.28 청구법인에게 94년 제2기분 부가가치세 30,716,800원을 환급통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.4.28 이의신청을 95.6.29 심사청구를 거쳐 95.9.27 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 부가가치세법 제17조 제1항 제1호에서 매입세액공제의 대상으로 이미 사용된 재화, 용역뿐 아니라 사용될 재화 용역의 공급에 대한 세액도 포함하고 있는 데, 이는 일반과세사업자가 매입시 부담하는 부가가치세액을 조기에 환급하여 줌으로써 사업자의 불필요한 자금압박을 방지하려는 일종의 세제지원제도라 할 것인 바, 청구법인의 경우 부가가치세법의 개정으로 과세사업자로 전환된 94.7.1 현재 시점에서는 일반과세사업자가 신규로 사업을 개시하는 경우와 다름이 없다 할 것이므로 94.7.1 현재 보유하고 있는 재고자산은 일반과세사업자가 신규로 매입하는 재고자산과 동등하게 매입세액의 공제(환급)을 받아야 하므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 재정경제원 소비46015-35(95.2.7)에 의하면 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품매입세액은 94.7.1 이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것으로 해석하고 있으므로 처분청이 재고품매입세액에 대한 청구인의 환급신청을 부당한 것으로 보아 환급통지를 하지 아니한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고품매입세액을 공제할 수 있는지를 가리는 데 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 제1항 본문에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 단서에서 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하고 있으며,

(2) 같은법 제12조 제1항 제17호 및 같은법시행령 제38조(93.12.31 개정이전의 것) 제1항 제5호 및 제2항을 모두어 보면 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 OO협동조합법에 의한 조합과 중앙회등 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 부가가치세의 면제대상은 동 단체등이 그 고유목적 사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역으로 한다고 규정하고 있으며,

(3) 같은법시행규칙 제11조의5(93.12.31 개정내용) 및 별표 5의 제5호에서 정부대행업체의 면세사업의 범위를 OO협동조합법에 의한 조합과 중앙회를 단체명의로 규정하면서 면세사업 범위로 OO협동조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업으로 한정하면서, 단서에서 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다고 규정하고 있으며, 한편, 같은법시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31) 제1조 단서에서 동 규칙 제11조의5는 94년 7월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 동 규칙 제11조의5 제1항의 규정에 의한 별표 5 중 제5호등의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하면 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 94년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단

(1) 위에서 본 관련법령에 의하면 면세사업에서 과세사업으로 전환시 재고품 매입세액은 6월간 거래에 대한 납부할 세액(매출세액 - 당기매입세액)을 한도로 공제하여야 하는 바, 청구법인의 경우 94년 제2기분 부가가치세 신고내용은 아래와 같다. 예 정 확 정 계

① 총매출세액 15,744,936 33,941,426 49,686,362

② 당기매입세액 33,653,932 49,524,466 83,178,398

③ 순납부(환급)세액(①-②) △17,908,996 △15,583,040 △33,492,036

④ 재고품 매입세액 9,355,151

• 9,355,151

⑤ 예정신고기간 미환급세액 27,264,147

• ⑥ 차감납부세액 △27,264,147 △42,847,187 △42,847,187

(2) 지금까지 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합등으로 94.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 재고품매입세액 공제도 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 것이나 과세전환 후 6월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다(재정경제원 소비46015-35, 95.2.7, 같은 뜻임). 따라서 재고품매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수 없으나, 위 관련법령 규정등에 따라 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것이 타당하다 할 것인 바, 이 건의 경우는 앞서 본 바와 같이 예정 및 확정신고시 모두 당기매입세액이 매출세액을 초과하였으므로 이 건 재고품매입세액 전액은 공제대상에서 제외된다 하겠다. 그렇다 하더라도 예정신고와 확정신고시의 순환급세액의 합계인 33,492,036원은 환급대상으로 보아야 한다 하겠으나 처분청은 이에 2,775,229원이 미달하는 30,716,807원만을 청구법인에게 환급하는 잘못을 하였다. 따라서 위 2,775,229원을 추가환급하는 것으로 하여 환급세액을 경정함이 타당하다 하겠다. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.