과세사업과 면세사업에 공동으로 사용될 신축 건물의 기계시설과 지하주차장등 공통시설에 대한 매입세액을 공제함에 있어 예정사용면적비율에 의할 것인지 또는 예정공급가액비율에 의할 것인지 여부(경정)

[참조결정] 국심1989서2192 / 국심1994서0374

[주 문] 광주세무서장이 95.3.14. 청구법인에게 환급거부한 ’94년 제1기 수정신고분 환급세액 46,439,230원(당초 수정신고 환급세액 126,343,300원에서 95.7.7. 심사결정에 따라 79,904,070원을 환급)은 청구법인의 본점사옥건물 신축관련 매입세액을 매출세액에서 공제함에 있어서 총면적에 대한 임대예정사용면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 금액을 공제가능한 매입세액으로 하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 청구법인이 신축하고 있는 본사 사옥건물(연면적 25,244평, 지상 30층, 지하 6층, 이하 “쟁점건물”이라 한다)공사대금을 지급하고 교부 받은 세금계산서상의 매입세액 151,380,000원을 예정사용면적비율(과세사업: 부동산임대업, 면세사업: 금융업)에 의하여 계산하여 환급받을 세액을 126,343,300원으로 하여 ’94년 1기분 부가가치세를 수정신고하였다. 처분청은 위 수정신고에 대하여 95.3.14. 환급을 거부하는 처분을 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 95.5.11. 심사청구를 하였으며, 국세청장은 동 심사결정에서 “예정사용면적비율에 의하여 공제받을 매입세액을 계산하되, 과세사업과 면세사업의 구분이 불분명한 기계실 및 지하주차장등에 대하여는 예정공급가액비율에 의하여 공제받을 매입세액을 계산한다”라고 하여 처분청은 95.7.7. 청구법인에게 79,904,070원을 환급하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.8.22. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 부가가치세 면세사업(금융업)과 과세사업(부동산임대업)을 겸영하는 법인으로서 과세사업과 면세사업에 공할 예정인 건물의 신축과 관련된 부가가치세 매입세액의 공제는 실지귀속에 따라 계산하여야 한다. 쟁점건물의 기계실 및 지하주차장 등 공통시설의 경우에도 건물을 사용하기 위한 필수적인 시설이지 별도로 독립된 용도로 사용하기 위한 것은 아니다. 따라서 공통시설은 건물의 주사용목적인 자가사용 면적이나 임대면적의 비율에 의하여 실지귀속이 분명한 것으로 보는 것이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점건물의 신축에 앞서 91.2.26. 재무부장관에게 청구법인의 본사 사옥건물 신축 신고를 하면서 자가사용 10,555.5㎡, 임대 42,314.6㎡, 기타 30,661.5㎡ (총 83,531.6㎡)로 신고하여 같은 연도 3.11. 재무부장관이 그 신고를 수리하면서 “신축이 완료될 때까지 그 진행상황을 매 6개월마다 당부에 보고하고, 업무시설용 부동산 소유비율 한도를 지속적으로 유지할 것”을 통보한 바와 같이 처음부터 용도를 승인받고 청구법인 내부적으로도 확정한 것이 확인된다. 그러므로 쟁점건물의 용도는 자가사용, 임대사용, 기타로 용도가 구분되며 이와 같이 용도가 구분되는 경우 매입세액도 그 구분에 따라 과세사업, 면세사업, 공통사용(기타)으로 구분하여야 할 것이므로 청구법인이 신청한 매입세액을 먼저 과세사업, 면세사업, 공통사용(기타)면적에 의하여 안분하고, 공통사용분에 대하여는 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호의 규정에 의한 예정공급가액 비율로 안분하여 과세사업과 면세사업관련 매입세액을 확정하여 과세에 관련된 매입세액은 납부할 세액을 초과하는 부분에 대하여 환급하는 것이 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 과세사업과 면세사업에 공동으로 사용될 신축 건물의 기계시설과 지하주차장등 공통시설에 대한 매입세액을 공제함에 있어 예정사용면적비율에 의할 것인지 또는 예정공급가액비율에 의할 것인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고, 같은법시행령 제61조 제1항 본문에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다”고 하고 그 산식을 『면세사업에 관련된 매입세액』 = 공통매입세액 × 『면세사업에 관련된 매입세액』 = 공통매입세액 × 으로 규정하고 있으며, 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분 계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(1992.12.31. 개정)”이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제61조의 2 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분 계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 『가산 또는 공제되는 세액』 = (총 공통매입세액 ×

• 기공제세액) 또는 (총 공통매입세액 ×

• 기공제세액)”으로 규정하고 있고 제2항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공제되는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다.”고 규정하고 있다.

• 다. 판단

(1) 쟁점신축건물에 대한 임대면적과 자가사용면적의 구분내용을 보면

① 91.3.11. 재무부장관이 쟁점건물 신축 목적 및 사용계획에 관한 청구법인의 신고를 수리한 내용은 다음과 같다. 자가사용 임 대 기 타 합 계 10,555.5㎡ (3,193평) 42,314.6㎡ (12,800평) 30,661㎡ (9,275평) 기계실 및 지하주차장 83,531.6㎡ (25,268평)

② 청구법인의 이 건 수정신고시의 임대면적 계산내용은 다음과 같다. 총 면 적 임대면적 자가사용면적 임대면적비율 합 계 전용면적 공용면적 25,244평 15,971.67평 9,272.33평 21,294.71평 13,472.99평 7,821.72평 3,949.29평 2,498.68평 1,450.61평 84.36% 84.36%

③ 청구법인은 쟁점신축건물관련 매입세액 151,380,000원 중 84.36%를 공제가능한 매입세액(127,697,440원)을 계산하였다.

(2) 건물신축에 관련된 매입세액을 공제함에 있어 위 관련법령의 적용관계를 보면,

① 1992.12.31. 자로 개정된 부가가치세법시행령 제61조 제4항은 “과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정”하고 있으나, 이 규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 같은조 제1항 본문에서 “과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하는 것”을 원칙으로 규정하고 있으므로,

② 건축물신축관련 매입세액에 있어서 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 구분되는 경우 “그 사용면적은 실지귀속을 구분할 수 있는 가장 적합한 판단기준”으로 볼 수 있으므로 건축물신축에 관련된 매입세액은 그 실지귀속이 구분되는 것으로 보아야 할 것(국심 89서2192, 1990.4.12, 94서374, 1994.9.16. 같은 취지임)이다.

(3) 이 건의 경우 청구법인은 쟁점건물 중 13,472.99평(84.36%)을 임대에 사용하기로 하였고, 따라서 쟁점건물 중 면세사업에 사용될 면적과 과세사업에 사용될 면적이 구분된다고 보아야 할 것이다.

(4) 특히, 이 건 쟁점이 된 쟁점건물의 기계시설과 지하주차장등 건물공통시설도 과세사업과 면세사업의 전용면적에 따라 사용되기 마련이므로 주사용면적비율에 의하여 실지귀속이 구분되는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 쟁점건물의 기계시설과 지하주차장등에 관련된 매입세액은 면세사업에 사용되는 건물면적과 과세사업에 사용되는 건물면적에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 쟁점매입세액 중 공통시설에 관련된 매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 공제가능 매입세액을 총예정공급가액에 대한 과세사업의 예정공급가액 비율로 안분계산한 처분은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.