심판청구의 다툼은 토지를 비업무용부동산으로 판정하여 과세한 처분이 정당한지 여부(경정)

[주 문]

1. 북전주세무서장이 94.12.22 청구법인의 92사업연도와 93 사업연도의 법인세의 과세표준과 세액을 각각 경정하고 93사 업연도분 법인세 228,646,310원을 부과한 처분은 OO시 서구 OO동 OOOOOOO 외 7필지 공장용지 4,550㎡ 중 3,008.9㎡를 92.9.17부터 93.11.26까지 비업무용부동산에서 제 외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 전라북도 전주시 덕진구 OO동OO OOOOOOO에 본점을 두고 자동차운수사업법에 의한 노선화물자동차운송사업을 영위하는 법인인데, OO시 서구 OO동 OOOOO 외 7필지 공장용지 4,550㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 90.8.31 취득하여 93.11.26 양도한 사실이 있다. 처분청은 쟁점토지를 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였으며, 개인화물사업자에게 O대보증금 15,000,000원에 O대하였고 그 1년간의 수입금액이 부동산가액의 100분의 3에 미달한다고 하여 비업무용부동산으로 판정하고, 이에 관련된 92사업연도분(사업연도기간: 1.1-12.31, 이하 같다) 지급이자 1,283,954,193원 및 93사업연도분 지급이자 969,993,671원 등을 각각 손금불산입하여 각사업연도의 과세표준과 세액을 경정한 후 94.12.22 청구법인에게 93사업연도분 법인세 228,646,310원 고지하였다(92사업연도에는 과세표준을 경정하더라도 과세미달이 된다). 청구법인은 이에 불복하여 95.2.20 심사청구를 거쳐 95.6.9 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 전국을 무대로 노선화물자동차운송사업을 영위하고 있는 법인으로서, 쟁점토지를 OO시장의 인가를 받아 동 사업상 필요한 영업소 및 부대시설, 차고지, 화물적하장 및 집배장 등의 용도로 사용하였고, 개인화물사업자에게는 단지 창고 24평을 O대하여 운송용화물인수수탁업무를 할 수 있도록 하였으므로 처분청이 그 부분에 대하여 비업무용부동산으로 판정하는 것은 별론으로 하고 쟁점토지 전체를 비업무용부동산으로 판정한 것은 부당하며, 따라서 건축물 부속토지, 주차장용 토지, 하치장(적하장)용 토지의 용도로 각각 사용한 면적에 따라 소정의 면적을 비업무용부동산에서 제외하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 전주시에 차고지 등을 보유하고 있으므로 쟁점토지를 차고지 등의 용도로 사용하였다는 주장은 신빙성이 없으며, 또한 청구법인이 이를 업무용으로 직접 사용하였다는 증빙서류를 제시하지 못하므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

(1) 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하여 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

(2) 법인세법 제18조의3 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 그 제1호에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 열거하고 있으며, 같은법 시행령 제43조의2 제1항에서 「법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산

3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산

4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산」이라고 규정하고 있고, 제3항에서 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다고 규정하고 있다. 법인세법 시행규칙 제18조 제3항에서 령 제43조의2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하고, 그 제2호에서 「건축물(시설물을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 직접 사용되는 부속토지로서 다음에 정하는 기준면적을 초과하는 토지

• 가. (생략)
• 나. 기타 건축물(이 호 다목, 제6호 가목·나목·다목, 제8호·제9호 및 제22호의 규정에 의한 부동산을 제외한다. 이하 이 목에서 같다)의 부속토지 건축물의 바닥면적(시설물의 경우에는 그 수평투영면적)에 다음의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적과 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역에 적용되는 용적율로 나눈 면적에 5를 곱하여 계산한 면적 중 작은 면적 구 분 용 도 지 역 별 적용배율 도시계획구역내 의 토지

• 주거전용지역

• 상업지역·준주거지역

• 주거지역·공업지역·준공지역 및 전용공업지역

• 녹지지역

• 그밖의 지역 5 3 4 7 4 도시계획구역외의 토지 7

• 다. (생략)」, 그 제3호에서 「주차장용 토지. 다만, 다음에 해당하는 토지를 제외한다. 가-다. (생략)
• 라. 자동차운수사업법에 의하여 자동차운송사업의 면허 또는 자동차대여사업의 등록을 받은 자나 중기관리법에 의하여 중기사업의 허가를 받은 자가 그 면허·등록 또는 허가조건에 따라 사용하는 차고용 토지 또는 주기장용 토지(중기정비업의 작업장과 자동차 또는 중기의 정비·유류보관 등을 위한 부대시설이 설치된 토지를 포함한다)로서 자동차의 운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준 또는 중기관리법에 의한 중기사업허가기준상의 주기장·작업장 면적의 1.1배 이내의 토지(자동차운수사업자 또는 자동차대여사업자의 차고용 토지에 있어서는 자동차의 운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준의 1.1배에 해당하는 면적과 자동차의 정비·유류보관 등을 위한 부대시설이 설치된 면적을 합한 면적 이내의 토지)
• 마. (생략)」, 그 제18호에서 야적장·적치장 또는 하치장용 토지(건축법에 의한 건축의 허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)로서 당해 사업연도 및 직전 2개 사업연도 중 제품 등의 보관·관리에 소요된 최대면적의 1.2배를 초과하는 토지를 각각 열거하고 있다.

(3) 관련 공문서에 의하면, 청구법인은 92.9.17 OO시장으로부터 노선화물자동차운송사업계획변경인가를 받아 OO시 북구 O동 OOOOOO에서 쟁점토지로 차고지를 변경한 사실을 인정할 수 있고, 위 인가시에 92.9.15 OO시장이 조사하여 작성한 시설확인서에 의하면 쟁점토지상에는 영업소 및 부대시설로 사용되는 건축물 면적이 481㎡(사무실 33㎡, 교양 및 교육실 50㎡, 숙소 16㎡, 식당 및 휴게실 50㎡, 창고 332㎡)인 사실, 차고지로 사용되는 토지면적이 2,414㎡이고 동 차고지 이용차량대수는 52대로서 그 차고지 소요면적은 936㎡인 사실, 적하장 및 주차장(자동차를 주차시켜 놓고 화물을 싣고 내리며, 각지에 배달될 화물을 분류하거나 배분하고, 화물을 일시적으로 쌓아두는 장소)으로 사용되는 토지 면적이 1,449㎡인 사실이 인정된다. 현장 사진, 지적도 등에 의하면, 쟁점토지는 OO종합버스터미널 후면에 위치한 토지로서 그 일대는 교통여건이 좋으므로 주로 자동차운송사업에 관련된 업종이 성행하고 있는 사실을 인정할 수 있으며, 청구법인이 제출한 관련 공문서 등에 의하면, 청구법인은 법인 본점이 소재한 전주시 뿐만 아니라 서울시 등 각지에 차고지 등을 확보하고 있는 사실이 확인되고, 또한 자동차운수사업법의 규정에 의하면, 노선화물자동차운송사업을 영위하기 위해서는 보유차량대수에 상당하는 소정의 차고지와 차고지 부대시설로서 사무실 및 보관시설, 주차장, 화물적하장 등을 설치하도록 하고 있는 사실을 알 수 있다. 청구법인은 총 220대(직영차량 48대, 지입차량 172대)의 차량을 인가받았으며, 청구법인이 제출한 차량운행노선표 등에 의하면, 전국 각지에 화물을 운송하기 위하여 총 98노선을 월 25회 정도 운행하고 있고(노선에 따라 최저 1대에서 최고 9대까지 운행하고 있다), 전라남도 및 OO시 지역에 운송되는 화물의 경우에는 OO시를 주요 기점(종점) 및 중간 경유지로 하고 있는 사실이 확인된다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 직접 업무에 사용하지 아니하고 개인화물사업자에게 O대보증금 15,000,000원에 O대한 것으로 보았으나, 위의 여러 가지 사실 및 쟁점토지의 면적, 가액 O대보증금 등에 비추어 볼 때, 오히려 청구법인의 주장대로 청구법인이 주로 차고지 등으로 사용하고, 그 일부를 O대하였다고 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 그러므로 청구법인이 쟁점토지를 업무에 전혀 사용하지 아니하였다고 볼 수는 없고, 청구법인의 경우 노선화물자동차운송사업을 영위하기 위해서는 OO시에 상당한 면적의 차고지 등이 필요하다고 인정되며, 또한 관련 공문서에 의하여 92.9.27 이전에는 OO시 북구 O동 OOOOOO에, 92.9.17 이후에는 쟁점토지에, 현재는 OO시 서구 OO동 OOOOOOOO에 차고지 등이 있는 사실이 확인되므로 쟁점토지에 대하여 92.9.15자 OO시장의 시설확인서에 근거하여 그 구체적인 용도에 따라 비업무용부동산 해당여부를 판정하여 보기로 한다. 먼저, 건축물 부속토지의 기준면적을 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 나목의 규정에 의하여 계산하여 보면 다음과 같다.

① 용도지역별 적용배율에 의한 기준면적=건물바닥면적×용도지역별적용배율=481㎡×3배(상업지역)=1,443㎡

② 용적율에 의한 기준면적=(건물연면적/용적율)×5=(481㎡/1,000%)×5=240.5㎡ 건축물 부속토지의 기준면적은 위 ①과 ② 중 작은 면적이 되므로 240.5㎡가 된다. 다음으로, 주차장용 토지에 대하여 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제3호 라목의 규정에 의하여 기준면적을 계산하여 보면 다음과 같다. 주차장용 토지의 기준면적=자동차운수사업법상 최저보유차고기준면적×1.1배=936㎡×1.1배=1,029.6㎡(92.9.15자 OO시장의 시설확인서상 차고지이용차량대수는 52대이며 차고지 소요면적은 936㎡이므로 이를 최저보유차고 기준면적으로 하였다) 끝으로, 하치장(적하장)용 토지에 대하여 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제18호의 규정에 의하여 기준면적을 계산하여 보면 다음과 같다. 하치장용 토지의 기준면적=당해 사업연도 및 직전 2개 사업연도에 소요된 최대면적×1.2배=1,449㎡×1.2배=1,738.8㎡(92사업연도 및 93사업연도에 청구법인이 적하장용 토지로 사용한 최대면적을 현재는 알 수 없으므로 불가피하게 92.9.15자 OO시장의 시설확인서상의 면적을 기준으로 하였다). 따라서 처분청이 쟁점토지를 청구법인이 업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정한 것은 부당하며, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지의 총면적 4,550㎡ 중에서 차고지 등의 기준면적인 3,008.9㎡(240.5㎡+1,029.6㎡+1,738.8㎡=3,008.9㎡)는 일단 92.9.17부터 93.11.26까지 비업무용부동산에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다(다만, 처분청이 O대용으로 사용한 부분에 대하여 재조사하여 비업무용부동산으로 판정하는 것은 별론으로 한다).

(4) 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.