토지 지상에 무허가건축물등이 있어 이를 토지와 함께 양도하였는지의 여부와 공부상 공장으로 등재된 건물이 사실상 주택으로 사용한 사실이 인정되어 3년이상 거주한 1세대1주택의 양도로 보아 비과세 할 수 있는지의 여부(경정)

[주 문] 여수세무서장이 94.10.18 청구인에게 결정고지한 92과세년도 양도소득세 16,388,690원의 처분은 전라남도 여천군 돌산읍 OO리 OOOOOO 대 188㎡ 및 위 같은곳 OOOOOO 전 26㎡의 지상 공장건물 42.9㎡ 및 주택 21.7㎡를 위 토지와 함께 양도한 것으로 보아,

1. 주택(21.7㎡) 및 그 부수토지의 양도소득은 비과세하고,

2. 공장건물 42.9㎡ 중 등기된 공장건물 33.89㎡의 부수토지 양도소득금액계산에 있어서 장기보유특별공제상당액(양도차익의 100분의 30)을 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 전라남도 여천군 돌산읍 OO리 OOOOOO 대188㎡(이하 “쟁점1)토지”라 함)와 위 같은곳 OOOOOO 전 26㎡(이하 “쟁점2)토지”라 하고, 쟁점l), 2)토지를 합하여 “쟁점토지”라 함)를 92.9.1 청구외 OOO에게 매매를 원인으로 소유권이전 등기하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 94.10.18 청구인에게 92과세년도 양도소득세 16,388,690원을 고지 결정하였다. 청구인은 이에 불복 94.11.30 심사청구를 거쳐 95.3.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점토지 지상에 무허가주택 등 64.6㎡가 있었음이 재산세 과세내역등에 의해서 확인되고, 건물은 무허가주택등으로 등기이전이 되지 않았으나, 동 건물과 쟁점토지를 함께 92.9.1 청구외 OOO에게 양도하였으며, 위 건물은 모두 사실상 주택으로 위 주택에서 78.3.10 이후 계속 거주하였으므로 1세대 1주택의 양도로 비과세 하여야 마땅하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지 지상위에 10.27평의 공장건물이 78.8.4 청구인 명의로 소유권보존등기가 되어 심사청구일 현재까지 소유하고 있는 반면, 쟁점토지는 청구인이 78.2.20 취득하여 92.9.1 청구외 OOO에게 양도한 사실이 있으며, 거주사실확인서는 청구인이 거주하였다는 사실을 확인하는 서류이지 주택을 함께 양도하였다는 사실확인이 아니며, 쟁점토지위에 무허가주택이 있었다는 사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙제시가 없으며, 쟁점토지 지상에 청구외 OOO이 주택 81.75㎡를 94.8.29 준공하여 일반건축물대장에 등재한 점 등을 종합할 때, 쟁점토지만 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 다툼은 쟁점토지 지상에 무허가건축물등이 있어 이를 쟁점토지와 함께 양도하였는지의 여부와 공부상 공장으로 등재된 건물이 사실상 주택으로 사용한 사실이 인정되어 3년이상 거주한 1세대1주택의 양도로 보아 비과세 할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제5조 제6호 (자)목, 동법시행령 제15조 제1항에 거주자 및 배우자가 생계를 같이하는 가족들과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주한 경우에는 그 주택과 일정범위내의 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세 하도록 규정되어 있다.

(2) 소득세법 제23조 제2항 및 같은항 제2호 (나)목 및 동법시행령 제46조의3에 양도자산의 보유기간이 10년 이상인 경우로『나대지』등에 해당되지 아니하면 양도소득금액 계산시 양도차익의 100분의 30을 장기보유 특별공제하도록 규정하고 있다.

• 다. 쟁점토지 지상에 건축물(주택)이 있어 이를 쟁점토지와 함께 양도하였는지

(1) 쟁점1)토지 소재지의 건물등기부등본과 무허가건축물 대장, 쟁점토지의 재산세과세내역서 및 재산세수납부와 지적도 등본등을 종합하여 볼 때, 쟁점(1), (2)토지는 별개의 필지이고 쟁점2)토지의 지목은 전으로 등재되어 있지만, 사실상 한울타리내의 대지로 봄이 타당하고, 쟁점토지의 지상에 공부상 공장건물 42.9㎡(등기부상 10평 2홉 7단: 33.89㎡)와 무허가주택 21.7㎡가 양도당시에 있었던 사실을 알 수 있다.

(2) 쟁점토지의 부동산 매매계약서에 의하면 부동산 표시란에 주택 33.89㎡가 포함되었는 점, 매수자인 청구외 OOO의 사실확인서에 의하면 쟁점토지와 그 지상건물을 함께 매수하였다고 사실확인하고 있는 점, 지방세 세목별 과세증명에 의하면 91년도분(91.5.31 납기), 92년도분(92.6.30 납기)의 건물분 재산세를 청구인이 납부하였고, 93년도분(93.6.30 납기) 및 94년도분(94.6.30 납기)은 매수자인 청구외 OOO이 납부한 것으로 되어 있는 점, 매수자 OOO이 쟁점토지등을 취득한 후 94.8.29 주택 81.75㎡를 신축한 사실과 건물등기부상 쟁점토지의 지상 구 공장 10평 2홉 7작을 95.1.6 멸실등기하고 구등기부를 폐쇄한 사실등을 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점토지와 지상건물을 함께 양도하였고 청구외 OOO이 이를 매수한 뒤 약 2년후에 구 지상건물을 철거하고 새로이 주택을 신축한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

• 라. 공부상 공장건물로 등재된 부분을 사실상 주택으로 인정하여 1세대 1주택의 양도로 볼 수 있는지

(1) 위 다. (1)의 사실관계에서 본 바와 같이 공부상 공장건물로 42.9㎡가 등재된 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인은 위 공장으로 등재된 건물도 사실상 주택으로 사용하고 있었다는 입증자료로 위 공장건물에서 방앗간을 영위하다가 94.2.20 폐업한 사실증명(여수세무서장 발행 95.6.11)과 청구인 자녀의 국민학교 생활기록부 등을 제시하나, 이는 위 건물을 주택으로 개조하여 사실상 주택으로 사용하였다는 직접적인 입증자료가 아니어서 주택으로 인정하기 어렵고 심리일 현재 멸실되어 사실관계가 불분명하여 공부상 현황에 의한 공장건물로 판단할 수 밖에 없다 할 것이다.

(3) 청구인의 주민등록표에 의하면 청구인 및 그 세대원은 78.3.16 부터93.1.21 까지 계속하여 쟁점토지 소재지에 거주한 사실이 확인되고, 청구인과 그 세대원은 이 건 주택 등을 양도할 당시 다른주택을 소유하고 있지 않다는 사실에는 다툼이 없다.

(4) 그렇다면, 동일지번상의 공장건물은 42.9㎡이고 주택면적은 21.7㎡로 주택면적이 주택이외의 면적 보다 작으므로 주택면적과 그 부수되는 토지의 양도소득에 대해서는 3년이상 거주한 1세대 1주택의 양도로 비과세하고, 공장건물과 그 부수토지의 양도소득에 대해서만 양도소득세를 과세하는 것이 타당하다 할 것이다. 다만, 공장건물과 그 부수토지의 양도소득금액 계산에 있어서, 등기된 공장건물의 부수토지는 10년이상 보유한 부동산으로서 위 관련법령(2)에 의한 장기보유 특별공제 대상에 해당되므로, 그 부수토지의 양도차익 상당액의 100분의 30을 장기보유 특별공제액으로 하여 이를 공제하여야 한다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.