쟁점매입세액을 토지조성을 위한 자본적 지출 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분이 정당한지 여부(경정)

[주 문] 김포세무서장이 95.6.16 청구법인에게 결정고지한 94년 2기 분 부가가치세 82,644,660원의 부과처분과 95년1기분 부가가 치세 56,662,580원을 환급거부한 처분은 이를 94년 2기 부가 가치세 매입세액 75,131,510원(공급가액: 751,315,130원) 및 95년 1기 부가가치세 매입세액 51,511,447원(공급가액: 515,114,483원) 상당의 공급가액 중 법인세법 시행규칙 『별표 1』(95.3.30 개정전의 것) 고정자산 내용년수표상의 감가상각 대상자산인 구축물로 회계처리되었는지를 재조사하여 구축물 로 회계처리된 공급가액에 상당하는 매입세액을 매출세액에 서 공제하여 납부 및 환급할 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 바다모래 채취업을 영위하는 법인으로서, 전용부두 건설을 위하여 경기도 김포군 검단면 OO리 OOOOOO 14,060㎡에 전용부두·모래세척장·야적장·제방도로 등 부두조성공사 및 방파제공사를 하고 94년 2기 부가가치세 신고시 75,131,510원 95년 1기 부가가치세 신고시 51,511,447원을 각각(이하 “쟁점매입세액”이라 한다) 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 위 공사를 토지조성과 관련된 자본적 지출로 보아 위 매입세액을 매출세액에서 불공제한 후, 95.6.16 청구법인에게 94년 2기분 부가가치세 82,644,660원을 결정고지하고, 95년 1기분 부가가치세 56,662,587원을 환급하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.8.11 심사청구를 거쳐 95.11.29 심판청구 하였다.

2. 청구법인주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인주장 쟁점매입세액은 청구법인의 전용부두 등 부두조성공사 및 방파제공사를 하고 수취한 세금계산서로서 구축물과 관련된 매입세액이므로 이를 매출세액에서 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장의견 쟁점매입세액은 청구법인의 목적사업에 합당한 토지조성관련 매입세액으로 보아야 하므로 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점매입세액을 토지조성을 위한 자본적 지출 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 및 제2항 제4호, 같은법 시행령 제60조 제6항의 규정을 종합하면, 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나, 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 것에 포함되는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있다.
• 다. 사실관계 및 적용·판단 처분청은 쟁점매입세액을 공유수면상태의 토지를 원래상태로는 목적사업에 사용하기 어려우므로 사용에 적합하도록 토지를 조성한 공사관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 이를 공제하지 아니하였다. 그러나 김포군수가 94.9.13 청구법인에게 공유수면점용 및 공작물설치에 대하여 허가(허가번호 제94-1호)한 내용에 의하면, 경기도 김포군 검단면 OO리 OOOOOO선에 “사석경사제방<석축식> L=325m, B=6m 의 공작물”을 설치하도록 되어 있고 이에 따라 공작물을 설치한 사실이 증빙자료에 의해서 확인되고 있는 바, 이는 법인세법 시행규칙 『별표1』(95.3.30 개정이전)의 고정자산 내용년수표상의 감가상각 대상자산인 구축물에 해당하는 것이므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이다. 그러나 쟁점매입세액 관련한 공사금액이 구축물로 적정하게 회계처리 되었는지까지 당 심판소에서 구체적으로 확인하기 어려우므로 이 부분을 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이다.
• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.