국민주택건설용지로 취득한 토지에 취득일로부터 3년 이내에 국민주택을 신축하였으나 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 신축하지 못하였다는 이유로 양도인이 감면 받은 양도소득세를 청구법인에게 추징한 처분의 당부(취소)

[주 문] 남인천 세무서장이 95.5.16 청구법인에게 결정고지한 90사업년도(90.1.1-90.12.31)분 법인세 675,094,250원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 인천광역시 북구 OO동 OOOOO 외 1필지의 대지 11,910㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 89.9.4 구 조세감면규제법(82.12.21 개정법률 제3575호, 이하 같다) 제62조 제1항의 규정에 의한 국민주택건설용지로 취득하여 3년 이내인 91.5.30 그 지상에 신축한 아파트에 대한 준공검사를 받았다. 처분청은 청구법인이 건설부장관의 승인을 받은 사업계획서상 준공예정일인 90.12.31까지 준공하지 못하였다는 이유로 구 조세감면규제법 제62조 제2항 및 같은법 시행령 제50조 제4항 제1호의 규정에 근거하여 양도인이 감면 받은 양도소득세액 417,756,348원에 가산세 257,337,909원을 합한 675,094,250원을 95.5.16 청구법인의 90사업년도(90.1.1-90.12.31)분 법인세로 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.7.10 심사청구를 거쳐 95.10.5 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 과세근거로 삼은 구 조세감면규제법시행령 제50조 제4항 제1호의 규정은 아파트의 경우 건설에 장기간이 소요되어 그 건설기한을 더 연장해주기 위한 규정으로서 토지 취득후 3년 이내에 준공하지 못하였더라도 사업계획서상 준공예정일까지 준공한 경우에는 양도인이 감면받은 양도세액을 추징하지 아니 하겠다는 취지인바, 청구법인의 경우 토지 취득일로부터 3년 이내에 아파트 신축을 완료하였으므로 양도인이 감면 받은 세액을 청구법인에게 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 요지 구 조세감면규제법시행령 제50조 제4항 제1호에서 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니한 경우를 양도인이 기 감면받은 양도소득세 추징 대상으로 규정하고 있고, 청구법인의 경우 사업계획서상 준공일인 90.12.31을 경과하여 91.5.30 준공하였으므로, 양도인이 감면 받은 양도소득세액을 추징한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 국민주택건설용지로 취득한 토지에 취득일로부터 3년 이내에 국민주택을 신축하였으나 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 신축하지 못하였다는 이유로 양도인이 감면 받은 양도소득세를 청구법인에게 추징한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제62조 제1항 및 같은법시행령 제50조 제3항의 규정을 종합해보면 내국인이 토지를 국민주택건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가대통령령이 정한 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세등을 환급하는 것으로 하되, 한국토지개발공사 또는 주택건설등록업자등(이하 “실수요자”라 한다)에게 양도하는 경우에는 양도소득세등을 면제한다고 규정하고 있고, 같은법 제62조 제2항 및 같은법시행령 제50조 제4항에서는 양도인이 면제받은 양도소득세등을 징수하는 사유로 1. 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택규모 이하의 주택을 건설하지 아니 하는 경우, 2. 아파트외의 국민주택을 건설하는 경우에는 당해 토지를 매입한 날로부터 3년 이내에 건설하지 아니 하는 경우등으로 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 국민주택건설용지로 89.9.4 취득한후 그 지상에 아파트 준공예정일을 90년으로 하여 사업계획서를 작성하여 89.11.14 인천직할시장의 허가를 받았으나 실제로는 토지 취득일로부터 3년 이내인 91.5.30 준공검사를 받은 사실이 청구인 제시 사업계획승인서 및 인천광역시의 준공검사일 확인 공문등에 의하여 확인되고 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 위 법령에서 살펴본 바와 같이 구 조세감면규제법 제62조 제1항에서는 내국인이 토지를 국민주택의 건설용지로 일반 수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세등을 사후에 환급하는 것으로 규정하고, 주택건설등록업자등 실수요자에게 양도하는 경우에는 사전에 면제하는 것으로 규정하면서 같은법시행령 제50조 제2항에서는 그 환급 또는 면제요건에 해당하는 건설기한을 국민주택건설용지의 매입일로부터 3년으로 규정하고 있는바, 국민주택건설용지를 일반 수요자가 아닌 주택건설등록업자등의 실수요자에게 양도하는 경우에는 사후의 환급이 아닌 사전의 면제로 규정하여 그 감면에 대한 지원을 강화하고 있는 점, 아파트인 국민주택의 건설이 아파트가 아닌 국민주택의 건설보다는 대규모·장기건설인 점등을 감안할 때 실수요자가 아파트인 국민주택을 건설하는 경우의 감면요건 건설기한이 일반 수요자가 아파트가 아닌 국민주택을 건설하는 경우의 감면요건 건설기한보다 단기에 해당될 수는 없다고 할 것이므로, 위 법령의 취지는 아파트인 국민주택을 건설하는 경우에 대하여는 아파트가 아닌 국민주택을 건설하는 경우보다 건설기한을 더 연장해주는 데 있다고 보아야 할 것이다(같은 뜻: 국심 94부 427 94.6.21 합동회의, 재정경제원 예규 재산 48014-408 95.10.31).

(3) 그렇다면, 이 건의 경우와 같이 청구법인이 쟁점토지를 매입하여 아파트인 국민주택을 건설함에 있어서 쟁점토지의 매입일로부터 3년 내에 국민주택을 준공한 경우에는 쟁점토지의 양도인이 면제받은 양도소득세등을 청구법인으로부터 징수할 수 있는 사유에 해당되지 않는다고 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 쟁점토지의 양도인이 면제받은 양도소득세를 징수하기 위하여 이 건 법인세등을 과세한 처분은 타당하지 않다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.