[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 처분청은 청구법인이 서울시 강남구 OO동 OOOOOO 토지 및 건물을 취득하고 납부한 취득세 및 등록세 5,995,202,280원과 당해 사업년도에 납부한 법인세등 2,358,050,600원 합계 8,353,252,880원을 장부상 손비처리한 데 대하여 이를 손금으로 인정하지 아니하고 당기순이익에 가산하여, 95.4.20. 청구법인에게 93.1.1.～93.12.31. 사업연도분 법인세 1,045,827,250원을 결정고지하였다가, 그 후 직권시정 또는 국세청장의 재조사 경정결정에 따라 합계 5,074,018,498원이 경감된 3,279,234,382원을 당기순이익에 가산하여 법인세 410,560,144원으로 감액 경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.6.14. 심사청구, 95.9.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 조세감면규제법에 의하여 당해법인의 결산재무제표상 당기순이익을 과세표준으로 하여 10%의 법인세율을 적용받는 공공법인으로서 세무조정이 필요하지 아니한 당기순이익 과세 공공법인이다. 청구법인은 농수산부 예산편성지침과 농지계량조합 연합회가 규정한 농조법규에 따라 취득세·등록세 등을 세금공과로 매년 계속하여 일관되게 회계처리하여 기장을 하고 그 기장내용에 따라 결산 재무제표를 작성하고 있는 바, 청구법인의 당초 결산과 같이 취득세·등록세 합계 5,995,202,280원을 손비로 처리하여야 한다.
- 나. 국세청장의견 기업회계기준에서 유형고정자산의 취득원가는 당해자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 가액으로 하도록 하고 있고, 토지 및 건물 취득시 등록세 및 취득세는 필수적으로 부담하여야 하므로 이를 고정자산의 취득원가에 포함하여야 하는 것이나, 청구법인은 기업회계기준에 따르지 아니한 내부회계처리기준에 의하여 비용으로 회계처리하였으므로 처분청이 이 건 등록세 및 취득세 5,995,202,280원을 손금으로 인정하지 아니하고 이 건 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건 쟁점은 공공법인인 청구법인이 취득세 및 등록세 5,995,202,280원을 고정자산의 취득원가에 포함시키지 아니하고 비용으로 처리한 것이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.
- 나. 관계법령 기업회계기준 제96조 제1항에서는 유형고정자산의 취득원가는 당해 자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 가액으로 한다고 규정하고, 법인세법시행령 제48조 제2항에서는 매입한 고정자산의 취득가액에는 등록세·취득세·기타 부대비용을 포함하는 것으로 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 구조세감면규제법(93.12.31. 법률 제4666호로 전면개정전) 제9조 제2항 제9호에 해당하는 공공법인으로, 농수산부예산편성지침 등의 규정에 따라 취득세·등록세 등을 매년 계속하여 일관되게 비용으로 회계처리하였다고 주장하나, 위 농수산부예산편성지침등은 예산편성이나 집행에 있어서 그 예산과목에 대하여 상세하게 풀이한 것에 불과하므로 이 건 법인세법상 회계처리의 기준이 된다고 인정하기 어렵다. 위의 사실관계로 보아, 청구법인이 위 관계법령의 규정 또는 일정한 회계처리 기준이 아닌 다른 용도의 기준에 따라 회계처리 하였다고 인정되므로, 처분청이 이 건 취득세 및 등록세 5,995,202,280원을 위 관계법령의 규정에 따라 고정자산의 취득원가에 포함되는 것으로 보아, 손금으로 인정하지 아니하고 이 건 과세한 처분은 정당하다고 인정된다. 따라서 이건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.