법인세 특별 부가세를 부과함에 있어 장기보유특별공제 대상인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 66.4.1부터 경기도 부천시 OO동 OOOOOO 소재에서 비철금속제조업을 영위하다 91.8.19 부도가 발생하여 폐업하였고 92.7.10 청구법인소유의 토지, 건물, 기계장치등이 경락으로 매각되었다. 처분청에서는 청구법인이 법인세 과세표준을 무신고하고 장부와 제증빙서류를 제시한 바 없다 하여 ’91사업년도분은 소득금액을 추계로 결정하고 ’92사업년도분에 대하여는 경락자산에 대한 고정자산 처분이익과 부가가치세를 조사하여 93.8.16 청구법인에게 ’91사업년도분 법인세 247,166,680원, ’92사업년도분 법인세 256,262,710원 및 ’92년 제2기분 부가가치세 19,691,630원을 결정고지하였다가 청구법인의 불복으로 행정소송을 진행하던 중에 납세고지서 송달에 하자가 있음을 이유로 당초 처분을 취소한 후 재결정하여 95.1.7 청구법인에게 ’91사업년도분 법인세 276,536,550원, ’92사업년도분 법인세 285,951,220원 및 ’92년 제2기분 부가가치세 19,691,630원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.3.7 이의신청과 95.6.3 심사청구를 거쳐 95.9.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구 주장

(1) 법인세등을 부과처분하였다가 행정소송계류중에 처분청이 직권취소하였으므로 납세의무가 소멸된 것임에도 이를 다시 부과처분한 것은 부당하다.

(2) 운영상의 손해로 손실이 누적되어 부도폐업 되었으므로 결손으로 과세표준액이 없음에도 법인세등을 부과한 것은 세법에 위배된다.

(3) 경매에 의한 경락에 의하여 양도된 공장에 대한 법인세 특별부가세를 부과함에 있어 과세물건의 보유기간이 10년이상되었음에도 장기보유특별공제를 하지 아니하고 과세표준을 계산하여 부과함은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구법인의 경우 ’91사업년도 법인세 신고기한은 92.3.14까지, ’92사업년도 법인세 신고 기한은 93.3.14까지이고, ’92.2기분 부가가치세는 93.1.25까지 이므로 어느 경우이든 신고기한의 다음날을 기산일로 보고 처분일인 95.1.7을 종료일로 볼 때 국세부과의 제척기간이 만료되지 않았으며 이 건의 경우 처분청이 청구법인에게 송달하여야 할 고지서가 세법상에서 규정하고 있는 송달방법에 하자가 있음을 뒤늦게나마 발견하고 이것이 부과처분의 효력에 영향을 미치게될 것이라는 사실을 예측하여 당초의 처분을 취소한 후 부과제척기간내에 새로이 재결정하여 적법하게 고지한 것이므로 정당하다.

(2) 청구법인이 법인세등의 신고를 이행하지 아니하였고 실지조사를 할 수 있는 장부의 제시도 없으므로 법인세의 과세표준과 세액을 추계조사결정하였고, 건물과 기계장치 경락가액은 재화의 공급에 해당하므로 이에 대하여 부가가치세를 과세한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

(3) ’91사업년도의 법인세특별부가세는 당초 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도한 공장용 토지등에 특별부가세 감면신청한 것으로 청구법인이 대체자산을 취득하지 않고 폐업함으로 인하여 감면을 배제한 것이므로 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건의 다툼은

(1) 행정소송계류중에 처분청이 직권·취소한 법인세 등을 다시 부과한 처분의 당부

(2) 법인세 과세표준을 추계조사결정하여 법인세 등을 부과한 처분의 당부

(3) 법인세 특별 부가세를 부과함에 있어 장기보유특별공제 대상인지 여부에 있다.

• 나. 쟁점(1)에 대하여

(1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 의하면 법인세, 부가가치세등은 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에서 법인세, 부가가치세를 부과할 수 있는 날은 그 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산하도록 규정하고 있으며, 법인세법 제32조 제1항 및 제4항에 의하면 내국법인이 법인세 과세표준신고를 하지 아니한 경우에는 정부가 법인세의 과세표준과 세액을 결정하여야 하고, 결정에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청이 제시한 조사서 등 일 건 기록에 의하면 처분청은 93.8.16 청구법인에 대하여 법인세등을 결정하여 당해 고지서를 공시송달하였으나 그 과정에서 발생된 절차상의 하자로 인하여 행정소송계류중에 직권으로 당초 법인세등 부과처분을 일단 취소하였다가 그러한 절차상의 하자를 치유하여 위 법인세등의 국세부과제척기간이 만료되기전인 95.1.7 이를 재결정·고지한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없으므로 이점에 대한 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여

(1) 관련법령 법인세법 제32조(결정과 경정) 제3항과 같은법시행령 제93조(과세표준의 추계결정) 제1항 제1호 및 제2항 제1호의 규정에 의하면 정부는 내국법인이 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위이어서 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 법인세의 과세표준과 세액을 추계 결정하도록 규정하고 있으며, 부가가치세법 제6조(재화의 공급) 제1항에 의하면 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 처분청이 제출한 일건 과세자료에 의하여 이 건 국세부과처분의 내용을 살펴보면 (가) 청구법인은 ’91사업년도 및 ’92사업년도에 대하여 법인세 과세표준 및 세액의 신고를 이행하지 아니한데다 실지조사 결정방법에 의하여 소득금액을 결정하는데 필요한 장부 기타 증빙서류도 제시한 바 없어 처분청이 위 법인세법 제32조 제3항과 같은법시행령 제93조 제1항 제1호 및 제2항 제1호의 규정에 따라 추계조사결정방법에 의하여 사업수입금액에 표준소득율을 적용하는 등으로 하여 법인세 과세표준과 세액을 추계결정한 사실이 확인되고, (나) 경락자산중 건물과 기계장치의 경락가액은 위 부가가치세법 제6조(재화의 공급) 제1항의 규정에 따라 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당되므로 해당 부가가치세를 결정한 사실이 확인되며 (다) 경락자산중 특별부가세 과세대상자산(토지, 건물)에 대하여는 양도차손으로 인하여 법인세 특별부가세를 부과하지 아니한 사실이 확인된다. 이에 대하여 청구법인은 운영상 손실이 발생하여 과세소득이 없다고 주장할 뿐 그 구체적인 근거자료를 제시하지 못하고 있다. 그렇다면 처분청의 청구법인에 대한 위의 국세부과처분은 정당한 것으로 인정된다 할 것이고, 따라서 이 부분 청구주장은 법인세등의 과세표준 및 세액결정에 관한 법리를 오인한데서 비롯된 것으로 판단된다.

• 라. 쟁점(3)에 대하여 청구법인은 경매에 의하여 양도된 공장(토지, 건물)은 보유기간이 10년이상이므로 양도차익의 30%와 양도소득공제를 하면 과세표준액이 없게된다고 주장하나, 이 건 법인세 과세표준금액 및 세액경정결의서에 의하면 92.7.10 공장을 양도(경락)한 것에 대하여는 양도차손(△76,938,444원)이 발생하여 ’92사업년도의 법인세 특별부가세를 과세한 바 없음이 확인되며, 법인세법 제59조의2 제1항 및 제3항에 의하면 특별부가세의 과세표준은 토지·건물등의 양도로 인하여 발생하는 양도차익으로 하고, 양도차익은 양도가액에서 ①취득가액, ②토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 ③취득가액에 보유기간중의 생산자물가상승율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액으로 하도록 규정하고 있는바, 특별부가세 과세표준계산에 있어서는 양도소득세 과세표준계산과는 달리 장기보유특별공제 및 양도소득공제에 관한 규정을 두고있지 아니하므로 이 부분 청구주장은 이유없다고 판단된다.
• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.