[요지] 비영리법인인 직업훈련원이 받는 직원훈련비에 대하여는 국세청의 해석이 변경된 시점인 94.11.7인후 종료사업년도부터 과세할 수 있음.
[요지] 비영리법인인 직업훈련원이 받는 직원훈련비에 대하여는 국세청의 해석이 변경된 시점인 94.11.7인후 종료사업년도부터 과세할 수 있음.
[주 문] 김포세무서장이 94.12.16. 청구법인에게 결정고지(95.7.24. 감액경정)한 [별지]기재의 각 사업년도분 법인세 및 동 방위세는 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 87.3.30. 민법 제32조 규정에 의하여 노동부 장관의 허가를 얻어 설립된 비영리공익법인으로 직업훈련기본법 제22조의 규정에 의하여 노동부장관의 인가를 얻어 1-2년 교육과정의 정보처리등 직업훈련을 실시하고 있는 직업전문학교이다. 처분청은 94년 10월 청구법인의 원천세 정상납부여부를 조사하던 중 청구법인이 직업훈련을 실시하고 받는 직업훈련비가 법인세법 제1조 제1항 제7호 및 같은법시행령 제2조 제3항 제3호의 규정에 의한 수익사업 또는 수입에 해당된다고 보아 94.12.16. 청구법인에게 [별지]기재의 각 사업연도분 법인세 및 동방위세를 결정고지하였다가 95.7.24. 감액경정 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.1.27. 이의신청, 95.4.28. 심사청구를 거쳐 95.8.10. 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 처분청은 청구법인을 일반사설학원으로 보고 청구법인이 받는 직업훈련비를 학원의 수강료로 간주하여 법인세등을 과세하였으나 청구법인은 “인정직업훈련”을 실시하여 근로자의 능력과 지위향상을 도모하고 국민경제의 발전에 기여함을 고유목적사업으로 하는 비영리공익법인으로 소득이 있을 경우 그 소득을 구성원에게 이익배당으로 분배할 수 없고 계속 법인의 목적사업에만 사용하여야 하는 특성이 있다. 노동부 장관의 허가를 받아 설립된 인정직업훈련법인이 실비변상적인 범위내에서 징수하는 훈련비는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득으로 보지 아니하는 것으로(법인 46012-3466, 94.12.19.), 청구법인의 경우 직업훈련기본법 제3조 단서 및 같은법 시행령 제5조의 규정에 의거인가 직종별로 훈련을 실시할 때마다 훈련에 소요될 표준훈련비 범위내에서 노동부장관의 사전승인을 받아 징수하므로 실비변상적인 범위내에서 징수하는 훈련비에 포함된다. 따라서 처분청이 청구법인의 직업훈련비 수입을 비영리공익법인의 수익사업소득으로 보아 법인세등을 과세한 처분은 부OO다.
(2) 직업훈련기본법에 의하여 87.8.30. 노동부장관의 인가를 받아 직업훈련을 실시하는 인정직업훈련학교에 대하여는 노동부인천지방사무소(인천 32352-7178, 87.5.18.)에서 법인세와 소득세등을 과세하지 아니한다고 유권해석한바 있어 이에 따라 과세관청에서도 이를 인정하여 과세를 배제하는 관행이 지금까지 계속이어져 왔다. 처분청은 이러한 비과세관행을 번복하여 94.11.7. 국세청해석(법인 46012-306, 94.11.7.)에 따라 90, 91, 92, 93사업연도분 법인세를 소급하여 과세하였는 바, 이는 소급과세금지의 원칙과 신의성실의 원칙에 위배된 처분으로 취소되어야 한다.
(3) 청구법인의 90, 91, 92사업연도(1.1.～12.31.)수입이자 171,860,356원에 대한 이자소득세가 이미 금융기관에서 분리과세로 원천징수되었는데도 처분청은 동 수입이자가 청구법인의 직업훈련비와 함께 수익사업 수입에 해당된다하여 과세소득에 합산하고 동 수입이자 중 원천납부사실이 확인된 수입이자 139,392,400원의 원천납부세액 27,878,480원을 공제하였다. 법인세법 제27조 제1항의 규정에 의하여 비영리법인이 과세표준신고를 하는 경우 원천징수된 이자소득 중 일부만을 다른 수익사업 소득과 합산하여 과세표준신고를 할 수 있는 것이며 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제2항의 규정에 의하여 원천징수방법으로 과세하는 것으로 해석(법인 22631-1123, 90.11.16.)하고 있어 청구법인의 수입이자를 분리과세로 종결하지 않고 합산과세한 처분은 부OO다.
(4) 직업훈련비 수입금액이나 수입이자는 과세대상이 될 수 없으나 만약 이를 과세대상으로 보는 경우에도, 첫째 수입이자에 대하여 원천징수된 분리과세소득으로 보지 않고 각사업년도 소득금액에 산입한다면 이때에는 동 수입이자 상당액을 법인세법 제12조 및 같은법시행령 제16조 제8항의 지급준비금으로 보아 손금으로 인정하여야 할 것이고, 둘째 청구법인의 시설적립금 중 지급준비금상당액을 차감한 나머지는 계정과목설정에 잘못이 있지만 실질적으로는 지정기부금으로 전출되어 고유목적사업에 그대로 사용하고 있으므로 이를 고유목적사업에 사용하기 위하여 지출한 지정기부금으로 보아 기부금시부인 계산을 하여야 한다.
(1) 비영리법인이라도 계속적 수입으로서 교육법에 의한 학교를 제외하고 학원등을 경영하여 얻은 수입은 수익사업의 범주에 해OO는 것이므로 실비의 교육비 여부를 불문하고 교육훈련수입은 청구법인의 수익사업부 수입이며, 청구법인이 작성하여 결산에 반영한 계정과목은 교육훈련을 함으로써 얻은 수익사업에 관련된 것으로 보일 뿐 특별히 목적사업관련 부분으로 인정할 만한 것도 없으므로 청구법인이 임의로 적립한 시설적립금을 손금불산입한 처분은 잘못이 없다.
(2) 직업훈련비 및 수입이자는 법인세법 제1조 제1항 제7호 및 동법시행령 제2조 제3항 제3호의 규정에 의한 수익사업의 범위(학원경영수입)에 해당되므로(국세청 법인 46012-3063, 94.11.7 및 재정경제원 법인 46012-49, 95.4.13.) 동법인의 결산서상 당기순이익에 익금산입 및 손금불산입 사항을 가감한 처분은 타OO다.
(3) 청구법인은 목적사업을 위한 지급준비금을 설정하지 아니하여 수입이자에 대응하는 동액의 손금을 인정할 수 없으며, 비영리법인의 수익사업부분에서 목적사업으로의 전출액도 확인되지 아니하므로 청구법인의 시설적립금 전입액을 비영리 공익법인의 지정기부금인 목적사업 전출액으로 인정할 수 없다.
3. 심리 및 판단 이 건은 청구법인의 직업훈련을 비영리법인의 수익사업으로 보고, 분리과세로 원천납부한 수입이자를 과세소득으로 보아 직업훈련소득과 합산하여 법인세를 과세한 처분의 취소를 구하는 주위적 청구와 수익사업으로 볼 경우 청구법인의 시설적립금 중 수입이자상당액을 지급준비금으로 보아 동금액을 손금에 산입할 수 있는지 여부와 이를 초과하는 시설적립금을 고유목적사업의 지정기부금으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는 것을 예비적 청구로 하고 있다.
(1) 관련법령 ㉮ 직업훈련기본법 제1조에서 이 법은 근로자에게 직업훈련을 실시하여 그 능력을 개발·향상하게 함으로써 근로자의 지위향상을 도모하고 국민경제발전에 기여함을 목적으로 한다고 규정하고 있으며, 제13조에서 직업훈련에 필요한 비용은 직업훈련을 실시하는 자(위탁에 의하여 직업훈련을 실시하는 경우에는 그 위탁자)가 부담한다고 하면서 단서에서 공공직업훈련 또는 인정직업훈련의 경우에는 노동부장관의 승인을 얻어 직업훈련에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 훈련생에게 부담하게 할 수 있다고 규정하고 있다. ㉯ 법인세법 제1조 제1항 단서에서 “내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리국내법인”라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제2조 제3항에서 법인세법 제1조 제1항 제7호에서 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각호에 의한다고 규정하면서 제3호에서 “학원·강습소·교습소·상담소·직업소개소·흥신소등의 경영. 다만 교육법에 의한 학교는 제외한다”고 규정하고 있다. ㉰ 소득세법 제20조 제1항 본문에서 “사업소득은 당해년도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다”고 규정하고, 제9호에서 “사회 및 개인서어비스업에서 발생하는 소득”이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제37조 제1항에서 “법 제20조 제1항 제9호의 소득은 다음 각호의 사업에서 발생하는 소득으로 한다”고 규정하고, 제1호에서 “교육서비스업 중 학원·강습소·교습소 경영의 사업”이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제13조 제1항에서 “영 제37조 제1항 제1호에 규정하는 학원·강습소·교습소는 학원의 설립·운영에 관한 법률에 의한 학원으로 한다.”고 규정하고 있다. ㉱ 학원의 설립·운영에 관한 법률 제2조에서 『이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “학원”이라 함은 사인이 대통령령이 정하는 수이상의 학습자에게 30일이상의 교습과정(교습과정의 반복으로 교습일수가 30일이상이 되는 경우를 포함한다. 이하같다)에 따라 지식·기술(기능을 포함한다. 이하같다)·예능을 교습하거나, 30일이상 학습장소로 제공되는 시설로서 다음 각목의 1에 해OO지 아니하는 시설을 말한다. 가 ～ 마. (생략)
(2) 법령적용 및 판단 ㉮ 위 소득세법 제20조 제1항 제9호·같은법 시행령 제37조 제1항 제1호 및 같은법 시행규칙 제13조 제1항을 모아 볼 때, 노동부장관이 인가한 직업훈련원중 『개인이 운영하는 직업훈련원』은 학원의 설립·운영에 관한 법률 제2조 제1호 바목에서 “학원”으로 보지 아니하므로 그 수익금액을 과세대상이 되는 교육써비스업중 학원·강습소·교습소경영의 사업에서 발생하는 소득으로 보지 아니하여 과세하지 아니하는 것으로 명시적으로 규정하고 있으며, 국세청장의 질의회신(소득 22601-1031, 86.3.27.: 소득 22601-374, 90.2.5.)도 이와 같다. ㉯ 그러나, 노동부장관이 인가한 같은 직업훈련원 중 『법인(재단법인)이 운영하는 직업훈련원』은 위 법인세 법령의 관련규정상 그 수익에 대한 과세여부가 분명하지 아니한 바, 국세청장이 과세된다고 해석한 94.11.7.까지는 그 소득에 대하여 과세한다고 해석한 바 없으며, 94.11.7.의 국세청장의 위 질의회신(법인 46012-3466)과 95.4.13.의 재경원장관의 위 질의회신(법인 46012-49)에 의하여 비로서 과세된다고 해석한 사실이 있다. ㉰ 따라서, 민법 제32조에 의하여 설립된 비영리법인인 재단법인 전산직업훈련원이 직업훈련을 실시하고 받는 수익금액은 위 법인세법 제1조 제1항 제7호 및 같은법시행령 제2조 제3항 제3호의 규정에 의하여 법인세가 과세되는 수익사업으로부터 발생한 소득에 해당한다고 해석할 여지가 있으나, 노동부 장관이 인가한 직업훈련원에 대하여 그 운영주체가 개인인지 또는 법인인지를 가려 개인에 대하여는 과세하지 아니하면서 법인에 대하여만 과세하여야 한다는 것은 법인과 개인을 차별하여 그 과세대상여부를 달리 하는 것으로서 합리적인 이유가 없어 보이며, 이는 과세형평을 저해하는 것으로서, 납세자인 국민이 납득하기 어려운 것으로 보인다. 또한, 국세청장이 직업훈련원에 대하여 계속적으로 과세권 행사를 해 온 사실도 분명히 밝혀진 바 없으며, 청구법인의 경우에도 당초 처분청이 법인세를 부과하기 위하여 조사한 것이 아니고, 원천세 납부여부를 조사하는 과정에서 이 건 부과처분을 하게 된 사실을 알 수 있다. 그밖에 위에서 본 바와 같이 노동부장관의 공문에 의하면 “국세청의 유권해석에 따라 직업훈련원이 과세되지 아니한다”고 밝힌 사실이 있어 그 공문이 국세청장과의 서면 질의회신에 의한 것이 분명히 밝혀지지는 아니하지만 어떤 형태로든 협의에 의한 안내 공문으로 보이는 바, 납세자 입장에서는 권한 있는 기관의 법령해석인지를 가리기에 앞서 이러한 공문내용을 우선 신뢰할 수 밖에 없었던 사정도 인정된다. 그러므로 법인이 운영하는 직업훈련원의 경우에도 국세청장이 과세된다고 위와 같이 해석(법인 46012-3063)한 94.11.7. 이후부터는 청구법인의 직업훈련을 비영리공익법인의 수익사업의 일환으로 볼 수도 있겠으나, 그 이전에는 위에서 살펴본 바와 같이 개인이 운영하는 직업훈련원이 과세되지 아니한다는 국세청장의 해석이 있었고 이에 따라 노동부장관 및 그 산하기관이 직업훈련원이 과세대상에서 제외된다고 행정안내를 하는 등 상당기간동안 비과세관행이 성립되어 왔다고 인정되므로 이 부분 국세기본법 제18조 제3항의 규정에 의한 소급과세금지 원칙에 위배되며 청구법인의 주장은 이유있다.
(1) 관련 법령 법인세법 제27조 제1항에서 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제17조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익을 제외하고 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 ㉮ 처분청은 수입이자 171,860,357원을 앞에서 본 직업훈련원에서 발생한 소득에 합산하여 법인세를 결정하면서 다음과 같이 원천납부한 이자소득세 34,297,751원 중 장부 및 증빙서류에 의하여 원천납부사실이 확인된 27,878,480원만을 납부세액계산시 원천납부세액으로 공제하였다. 사업 년도 수입이자 원천 납부 확인분 원천 납부 미확인분 수입이자 원천납부세액 수입이자 원천납부세액 90 91 92 93 742,554 24,751,580 69,591,500 76,774,723 13,879,550 65,818,400 59,694,450 2,775,910 13,163,680 11,938,890 742,554 10,872,030 3,773,100 17,080,273 74,255 2,174,406 754,620 3,415,990 계 171,860,357 139,392,400 27,878,890 32,467,957 6,419,271 ㉯ 비영리법인이 법인세법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하는 경우 원천징수된 이자소득 중 일부만을 다른 수익사업소득과 합산하여 과세표준신고를 할 수 있는 것이며, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 동법 동조 제2항의 규정에 의하여 원천징수방법으로 과세하는 것이므로(재무부 법인 22631-1123, 90.11.16 같은뜻임), 청구법인의 경우 90사업연도부터 수입이자에 대하여 분리과세 원천징수방법을 선택하여 회계처리하였으므로 수입이자를 분리과세 대상 소득으로 보아야 할 것이다. ㉰ 원천세납부사실이 확인되지 아니한 수입이자 32,467,957원이 수입이자인 사실에는 다툼이 없는 바, 원천징수의무자가 원천세를 납부하지 아니하였을 경우 이에 대하여 과세할 수 있는 것은 별론으로 하고 이 금액을 포함한 청구법인의 수입이자 171,860,357원은 법인세법 제27조 및 제39조의 규정에 의하여 전액 분리과세로 종결되어야 할 것이므로, 처분청이 이를 위 직업훈련에서 발생한 소득에 합산하여 법인세를 과세한 처분은 부OO다고 판단된다.
95. 7.24. 경정후 세액 111,185,120 94.12.16. 당초처분 208,077,780
95. 7.24. 경정후 세액 205,442,060 94.12.16. 당초처분 243,335,350
95. 7.24. 경정후 세액 233,542,100 94.12.16. 당초처분 149,451,860
95. 7.24. 경정후 세액 141,280,520 94.12.16. 당초처분 20,624,640 95.7.24. 경정후 세액 15,388,940 합 계 691,449,800 15,338,940