국세청장이 정한 일반배율을 적용할 것인지 또는 특수배율을 적용할 것인지 여부(경정)국세청장이 정한 일반배율을 적용할 것인지 또는 특수배율을 적용할 것인지 여부(경정)국세청장이 정한 일반배율을 적용할 것인지 또는 특수배율을 적용할 것인지 여부(경정)

[주 문]

1. 성남세무서장이 1995.4.17 청구인에게 한 1989년도 귀속 양도소득세 16,536,020원 및 동 방위세 35,448,370원의 처분은 경기도 성남시 분당구 OOO동 OOO 답 251㎡, 같은 곳 OOO 전 1,029㎡, 같은 곳 OOO 대지 615㎡, 같은 곳 OOO 전 648㎡, 같은 곳 OOO 대지 463㎡의 양도시 기준시가를 1989.6.24 시행 국세청 기준시가액표에서 규정한 군사시설물 보호구역 등에 대한 특수배율(토지과세시가표준액의 1.0배)을 적용하여 산정한 가액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구인은 아래 토지(이하 ①②③④⑤⑥토지 전부를 합하여 “쟁점토지”라 한다)중 ①②③④⑥ 토지는 1989.10.24과 1989.11.28 OOO개발공사에 협의양도하고, ⑤토지는 1989.3.28 청구외 OOO에게 양도한 사실이 있다. 〈 아 래 〉 소 재 지 지 목 면적(㎡) 취 득 양 도

① 경기도 성남시 중원구 OOO동 OOO 답 251

1977. 1. 1 1989.10.24

② 〃 OOO 전 1,029

1986. 5. 2 1989.10.24

③ 〃 OOO 대지 615

1977. 1. 1 1989.10.24

④ 〃 OOO 전 648

1988. 1. 4 1989.10.24

⑤ 〃 OOO 대지 463

1978. 6.10

1989. 3.28

⑥ 〃 OOO 임야 38,579 의1/11

1977. 1. 1 1989.11.28 처분청은 쟁점토지에 대해 국세청이 1989.3.15 고시한 특정지역 배율(⑤토지는 토지과세시가표준액의 7.62배, 그외 토지는 11.89배)을 적용하여 양도차익을 산정한 다음, OOO개발공사에 협의양도(수용)한 ①②③④⑥토지의 양도에 대한 양도소득세는 조세감면규제법을 적용하여 면제하고 이에 따른 방위세액만을 계산하여 1995.4.17 청구인에게 1989년도 귀속 양도소득세 16,536,020원 및 동 방위세 35,448,370원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1995.6.12 심사청구를 거쳐 1995.8.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 쟁점토지가 특정지역내의 토지라 하더라도 군사시설물 보호구역내의 토지이므로 그 기준시가의 산정은 국세청 기준시가 적용특례규정에 따라 특수배율(1.0)을 적용하여야 함에도 불구하고 특정지역배율을 적용하여 이 건 과세하였으나,

① ②③④⑤토지는 1989.10.26 OOO개발공사와 국방부 제OOO부대장(후에 국군 제9125부대장으로 명칭 변경) 간에 건축허가사항에 관한 사전협의가 있기 전인 1989.10.24 및 1989.3.28에 양도된 것이므로 특수배율(1.0)을 적용하여야 하고, 특히 1989.11.28 양도한 ⑥토지는 대법원 93누16307(1993.11.12)에서 OOO개발공사와 부대장간의 건축허가사항에 관한 사전협의가 있었던 1989.10.26 이후 양도한 토지에 대하여도 특수배율을 적용하도록 결정한 바 있기 때문에 이 역시 특수배율을 적용하여야 하며,

③ 토지 지상에 주택이 있고 그 주택을 3년이상 소유 및 거주하였기 때문에 1세대1주택 비과세하여야 한다고 주장한다.

• 나. 국세청장 의견 군사시설보호법 또는 군사관계법령 등에 의한 보안지역, 군사시설보호물 보호지역내의 토지의 양도에 따른 국세청 기준시가 산정시 적용되는 배율은 그 당시의 토지과세시가표준액에 특수배율을 곱한 가액으로 하는 것이고, 당해 토지가 양도일 이전에 국방부장관 또는 군부대장과 관계 행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에는 특수배율을 적용할 수 없다 할 것이다. 이에 관한 대법원 판례(94누14124 방위세부과처분취소 1995.3.10 판결)를 보면 건설부장관과 국방부장관사이에 쟁점토지를 포함한 부근 일대 토지에 대하여 택지개발 예정지구지정에 관한 협의를 한 것은 택지개발 예정지구지정에 관한 개괄적인 협의에 불과하므로 국세청 기준시가가액 소정의 건축허가사항에 관한 협의에 해당된다고 보기 어렵다고 할 것이나, 1989.10.26 OOO개발공사와 제OOO부대장간의 협약은 결국 관할부대장이 보안상 중대한 영향을 미칠 우려가 있는 특단의 사정이 없는 한 건축허가등에 동의하여 주겠다는 취지로 해석함이 상당하므로 동 협약은 국세청 기준시가가액표 소정의 건축허가 사항에 관한 협의에 해당한다고 판결하고 있는 바, 위 협약이 있은 후에 양도한 쟁점토지는 특수배율이 적용되는 토지에 해당하지 아니하므로 처분청이 특정지역배율을 적용하여 기준시가를 결정하고 이 건 과세한 것은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건은

(1) 군사시설물 보호구역내에 있는 쟁점토지의 양도시 기준시가를 산정함에 있어 국세청장이 정한 일반배율(특정지역배율)을 적용할 것인지 또는 특수배율(1.0)을 적용할 것인지 여부 및

(2) ③토지를 주택의 부수토지로 보고 1세대1주택 비과세대상으로 할 수 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.

• 나. 관련 법령 소득세법시행령(1989.12.30 대통령령 제12877호로 개정되기 전의 것) 제115조 제1항 제1호 가목, 같은 조 제2항에 의하면, 양도차익을 산정하기 위한 양도·취득 당시의 기준시가는 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 양도·취득 당시의 지방세법상의 과세시가표준액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액을 하도록 되어 있고, 이에 따라 마련된 국세청 기준시가액표(1989.6.24 시행)는 특정지역에 관한 기준시가 계산방법을 정하면서 “특정지역내에서도 도시계획법, 군사시설보호법 또는 기타 군사관계 법령등에 의한 보안지역, 군사시설물보호구역 내의 토지의 양도·취득 또는 상속·증여에 따른 국세청 기준시가 산정시 적용하는 배율은 그 당시의 토지과세시가표준액에 1.0배를 곱한 가액을 한다. 다만 군사시설보호법 제7조, 공군기지법 제16조, 제20조 또는 기타 군사관계 법령에 의하여 당해토지가 양도·취득·상속·증여일 이전에 국방부장관 또는 군부대장과 관계 행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정되어 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 포함한 부근 일대의 토지가 1989.5.4 OOO택지개발 예정지구로 지정됨에 따라 ①②③④⑥토지를 사업시행자인 OOO개발공사에 협의양도(수용)하고 ①②③④토지는 1989.10.23 보상금을 수령하고 1989.10.24 그 소유권을 이전등기한 반면, ⑥토지는 1989.11.27 보상금을 수령하고 1989.11.28 그 소유권을 이전등기하였으며, ⑤토지는 택지개발 예정지구로 지정되기 이전인 1989.3.28 청구외 OOO에게 양도한 것으로 관련자료 및 기록에 의하여 확인된다.

(2) 한편, 쟁점토지는 군용전기통신법에 의한 군용전기 통신시설 특별보호구역내에 위치하고 있는 토지인 바, 건설부장관은 1989.5.2 국방부장관과 쟁점토지가 있는 부근 일대의 토지에 대하여 택지개발 예정지구 지정에 관한 협의를 하였고 사업시행자인 OOO개발공사는 1989.10.26 국방부 제OOO부대장과 통신시설 이전에 관한 협약을 하였음이 확인된다.

(3) 그런데, 1989.5.2 건설부장관과 국방부장관 사이의 협의는 택지개발 예정지구에 관한 개괄적인 협의에 불과하고 고도제한, 군용전기통신 보호구역에 대한 개발시기, 부대인근 보안과 관련된 공원조성 또는 아파트 층고제한 등 구체적인 사항에 관하여는 관련 부대장과 다시 협의하여 세부계획을 세울 것을 조건으로 하고 있으므로, 위 협의는 앞에서 본 국세청 기준시가액표에서 규정한 건축허가사항에 관한 사전협의로는 인정되지 아니하고, 1989.10.26 사업시행자인 OOO개발공사와 국방부 제OOO 부대장과 사이의 협약은 그 성질상 구체적인 협의일 뿐만 아니라 그 내용상으로도 관할 부대장이 보안상 중대한 영향을 미칠 우려가 있는 특단의 사정이 없는 한 건축허가 등에 동의하여 주겠다는 취지로 해석함이 상당하므로, 위 협약은 국세청 기준시가액표에서 규정한 건축허가에 관한 협의에 해당된다고 인정된다.(대법원 94누14124, 1995.3.10 같은 취지임) 위와 같은 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, ①②③④⑤ 토지는 1989.10.26 국세청 기준시가액표에서 규정한 국방부장관 또는 군부대장과 관계행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립되기 전인 1989.3.28 또는 1989.10.24 양도되었음이 확인되므로, 위 토지의 양도시 기준시가는 국세청 기준시가액표의 『군사시설물 보호구역등에 대한 국세청 기준시가 적용특례』규정에 따라 특수배율(토지과세시가표준액의 1.0배)을 적용하여 산정하여야 하나, 1989.10.26 이후에 양도된 ⑥토지는 특정지역 배율을 적용하여 과세한 처분에 잘못이 없는 것으로 보인다.

(4) 청구인은 ③토지(경기도 성남시 중원구 OOO동 OOO 대지 615㎡)가 주택의 부수토지로서 그 주택에서 3년이상 거주함으로써 1세대1주택에 해당되기 때문에 비과세하여야 한다고 주장하나, 청구인의 주택소유기간이 3년미만(1986.6.10～1989.3.28)인 것으로 등기부등본에 의거 확인되고 있어 이 부분 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 보인다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.