[요지] 공장입지기준면적을 초과하는 토지는 수용당시 법인세특별부가세의 면제가 배제되는 비업무용부동산에 해당된다 할 수 없으므로 구공장양도에 따른 소득에 대한 법인세특별부가세는 면제되어야 함.
[요지] 공장입지기준면적을 초과하는 토지는 수용당시 법인세특별부가세의 면제가 배제되는 비업무용부동산에 해당된다 할 수 없으므로 구공장양도에 따른 소득에 대한 법인세특별부가세는 면제되어야 함.
[참조결정] 국심1994서1006
[주 문]
1. 남동세무서장이 94.12.16 청구법인에게 한 91.10.1～92.9.30 사업연도 법인세 195,453,330원 및 특별부가세 212,202,380원의 처분중 특별부가세 212,202,380원의 처분을 취소한다.
2. 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인주장 (청구1) 구공장의 공장입지기준면적에 대하여
3. 국세청장의견 (청구1)
4. 쟁점 이건 심판청구의 다툼은
5. 심리 및 판단
(1) 구공장 양도당시(92.6.15) 시행된 구조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항은 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세와 특별부과세를 면제하도록 규정하였다. 또한 동조 제5항은 내국법인이 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 전시 제1항 및 제2항의 법인세 및 특별부가세가 면제되도록 하였다. 한편 구조세감면규제법시행령 제36조는 구조세감면규제법 제42조의 위임에 따라서 제1항에서는 면제세액의 계산방법에 대하여 정하고 있으며 동조 제3항은 면제요건으로서의 세액면제신청서에 대하여 정하면서 동조 제6항에서는 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 구공장 또는 신공장 대지부분에 대한 법인세 및 특별부과세는 면제되지 아니하도록 규정하였다. 구조세감면규제법시행규칙 제15조에서는 법인세 및 특별부과세를 면제받으려는 법인이 제출하여야할 세액면제신청서를 별지 제6호 서식으로 하면서 제13조의2 제1호에서는 제조공장의 입지기준면적을 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호에서의 공장입지기준면적으로 하도록 규정하였다.
(2) 구조세감면규제법이 91.12.27 법률 제4451호로 개정되기전의 동법 제57조 제1항 제2호는 토지수용법기타법률에 의하여 수용된 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 특별부과세를 면제하도록 하면서 동조 제4항은 토지등을 수용당한 자가 세액을 면제받고자 하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액신청서를 제출하도록 하였다. 그런데 전시 구조세감면규제법 제57조 제1항이 91.12.27 법률 제4451호로 개정되어 토지 또는 건물이 토지수용법 기타법률에 의한 수용으로 인하여 양도된 경우에 동 수용으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 100분의50에 상당하는 세액을 감면하지만 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 특별부과세의 100분의70에 상당하는 세액을 감면하도록 하였다. 한편 91.12.27 법률 제4451호로 개정된 구조세감면규제법은 부칙 제19조 제2항에서 제57조 제1항 각호에 해당하는 토지등을 92.12.31까지 양도하는 경우에는 제57조 제1항의 개정규정에 불구하고 특별부가세를 면제하도록 하였다.
(3) 구조세감면규제법 제66조(93.12.31 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것임) 동법시행령 제54조의 규정에 의하면 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산중 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에 해당하는 것에 대하여는 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다고 하여 이러한 부동산을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하도록 하였다. 그런데 구조세감면규제법시행규칙 제20조의2 제1항 제2호는 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 내지 제22호에 해당하는 것을 법인의 업무와 관련 없는 부동산으로 보도록 하면서 동시행규칙 제20조의2 제2항은 제1호에서 제6호에 걸쳐서 규정한 부동산은 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니하도록 하였다.
(1) 청구법인이 양도한 구공장에서 영위한 목제파레트업을 신공장에서도 영위하고 있으며 구공장을 양도한 후에 전시 구조세감면규제법 제42조 제5항 및 동법시행령 제36조 제3항에서 규정한 세액면제신청서를 처분청에 제출하였으며 신공장의 가액이 구공장의 가액보다 많은 점에 대하여는 처분청도 인정하는 바이다.
(2) 전시 구조세감면규제법시행령 제36조 제6항 및 동법시행규칙 제13조의2 제1호에서 제조공장에 대한 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호의 공장입지기준면적을 초과하는 구공장 또는 신공장의 대지부분에 대하여는 법인세 및 특별부가세를 면제하지 아니하도록 규정하고 있으며 처분청과 청구인간에 이부분에 대하여 다투고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호 및 동법시행규칙 제46조의5에 의한 별표4에 의하면 공장입지기준면적은 공장건축물연면적을 품목별기준공장면적율로 나누어서 산정하도록 하였다.
(1) 이경우 공장건축물연면적이라 함은 공장구내에 있는 모든 공장용건물과 구축물의 합계면적을 말하는데 무허가 및 위법시공건축물은 공장용건물에서 제외하도록 하였다. 그러하면 구공장의 건축물관리대장 및 공장등록증상의 공장건축물연면적이585.123㎡임이 확인되고 있으므로 처분청이 이를 기준으로 하여 공장입지기준면적을 계산한 것은 잘못이 없다.
(2) 전시 지방세법시행규칙 제46조의5에 의한 별표4는 공장입지기준면적을 계산함에 있어서의 품목별기준공장면적율에 대하여 규정하고 있다. 처분청은 전시 지방세법시행규칙 별표4에서의 품목별기준공장면적율 중 목재건구제조업의 45%의 율을 적용하여 청구법인의 공장입지기준면적을 산출한데 대하여 청구법인은 일반제재업의 20%를 적용하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나 업종분류에 대하여 정하고 있는 한국표준산업분류표에 의하면 원목에 톱질하거나 나무껍질을 벗기고 절단하는 업종을 일반제재업으로 분류하고 있으므로 청구법인의 업종이 이에 해당되려면 청구법인은 원목을 수입하여 이를 톱질하거나 절단하는 등의 제반시설을 갖추고 있어야 할 것이므로 당심판소가 청구법인에게 이러한 시설을 갖추고 일반제재업을 영위하였음을 입증하도록 수차례 걸쳐서 요구하였음에도 청구법인은 이에 응하지 아니하고 있어 일반제재업을 영위하였다는 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다. 그런데 청구법인이 화물등을 운송차량 등에 적재하는데 사용되는 적재보드인 파렛트를 제조한 점에는 다툼이 없으며 전시 한국산업표준분류표에 의하면 파렛트제조업은 목제 및 나무제품제조업 중에 달리 분류되지 않은 목제용기제조업에 해당된다. 그러하다면 청구법인의 공장입지기준면적을 계산함에 있어서 적용되어야 할 품목별기준공장면적율은 달리 분류되지 않은 목재용기제조업의 50%가 되어야 할 것인데 이률을 적용하여 청구법인의 공장입지기준면적을 계산하여 보면 구공장양도에 따른 감면되는 법인세와 특별부가세가 처분청이 한 처분보다도 적게 되어 청구법인에게 불이익하게 됨으로 국세기본법 제99조의 불이익변경금지 원칙에 의하여 이 부분에 대한 청구법인의 주장을 기각하기로 한다.
(1) 이건의 청구법인은 구공장양도에 따른 소득은 전시 구조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 법인세 특별부가세가 면제되는 것으로 하여 이에 따른 세액면제신청서를 처분청에 제출하였다. 그러나 구공장은 도시계획법상 한국도로공사가 사업시행자로서 시행한 서해안 고속도로 부지로서 한국도로공사에 수용되었음이 중앙토지수용위원회의 재결서(94.4.30)에 의하여 인정되고 있다. 그러하다면 청구법인의 구공장양도에 따라 발생한 소득에 대한 법인세 특별부가세는 전시 구조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 면제되거나 동법 제57조 제1항 제2호에 의하여 면제된다 하겠다.
(2) 처분청은 청구법인이 구공장을 한국도로공사에 수용당한후 동법 제57조 제5항에 의한 세액감면신청을 한 바 없다 하여 동법 제57조의 적용을 배제하여야 한다고 한다. 그러나 전시 구조세감면규제법 제57조 제5항이 토지수용법 기타의 법률에 의한 수용으로 인하여 발생한 소득에 대한 법인세 특별부가세의 감면을 받고자 하는자로 “감면신청을 하여야 한다”고 하여 “감면신청을 한 경우에 한하여”감면하도록 한 감면신청을 감면의 전제요건으로 하지 아니하고 있는 점으로 보아 토지수용법등에 의한 수용의 경우에 있어서의 감면신청을 과세관청으로 하여금 감면사유인 수용되었는지 여부를 가리기 위한 절차적인 규정으로서의 납세의무자에 대한 협력의무를 지우는 규정이라 하겠으므로 감면신청이 없을지라도 수용으로 인하여 발생한 소득에 대한 법인세 특별부가세는 면제된다 할 것이다(국심 91서 661, 91.6.15 및 국세청예규 재일 01254-2759, 92.11.2도 같은 뜻임).
(3) 전시관련 법령에서 본 바와 같이 구조세감면규제법 제57조 및 91.12.27 법률 제4451호로 개정된 동법부칙 제19조 제2항의 규정에 의하면 구공장이 도시계획법의 규정에 의하여 수용된 경우에는 이에 따른 법인세 특별부가세는 면제된다. 그러나 구공장이 수용될 당시의 구조세감면규제법 제66조 동법시행령 제54조 및 동법시행규칙 제20조의2의 규정에 의하면 법인이 81.1.1 이후 취득한 부동산으로서 업무에 직접 관련이 없는 부동산에 대하여는 특별부가세의 감면에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있으므로 도시계획법에 의해 수용된 구공장 중 법인세특별부가세의 감면이 배제되는 비업무용 부동산에 해당되는 부동산이 있는지를 살펴본다. (가) 법인세 특별부가세 감면이 배제되는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에 대하여 구조세감면규제법시행규칙 제20조의2 제1항 제2호는 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 내지 제22호에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하였다. (나) 이건과 관련하여 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호는 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적을 초과하는 공장건축물 부속토지는 비업무용부동산으로 보도록 규정하였다. 그러므로 앞에서 본바와 같이 구공장의 입지기준면적을 초과하는 토지부분에 대한 법인세특별부가세는 면제되지 아니한다 하겠다. 그러나 법인세법시행규칙 제18조 제4항은 동항 각호의1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니하도록 하였으므로 앞에서본 공장입지기준면적을 초과하는 구공장 부속토지가 동조 제4항 각호에 해당되는지를 본다. (다) 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호는 당해부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 아니한 경우에는 당해부동산을 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하였다. 청구법인이 90.7.6 구공장을 취득하여 목재파렛트제조업을 영위하던중 인천광역시장은 고시 제91-123호(91.9.18)로 구공장이 도로로 편입된다는 내용의 도시계획사업 시행공고를 하였으며 이에 따라 구공장이 92.6.15 도시계획사업시행자인 한국도로공사에 수용되었으며 이는 처분청도 인정하는 바이다. 위와같이 청구법인이 사업을 영위하던 구공장이 인천광역시장의 도시계획사업 시행공고에 의하여 도로로 편입된다는 내용의 고시가 있은 후에는 청구법인은 동지상에 공장을 증축하여 본래사업인 목재파렛트제조업을 영위한다든지 또는 이와 다른 사업을 영위하는 것이 사실상 제한되고 단지 도시계획사업시행자인 한국도로공사에 수용되기만을 기다릴 뿐이므로 도시계획사업 시행공고가 있은 후에는 일반부동산 소유자에게 가해지는 수인의 한계를 훨씬 초과하는 제한이 가해졌다 하겠으므로 이는 전시 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 해당된다 하겠다.(국심 94서1006, 95.9.15 및 국심 92부2848, 92.10.28 같은 뜻임) (라) 그러하다면 인천광역시장의 도시계획사업시행고시가 있은 91.9.18부터 3년 이내인 92.6.15 한국도로공사에 수용된 구공장 중 공장입지기준면적을 초과하는 토지는 수용당시 법인세특별부가세의 면제가 배제되는 비업무용부동산에 해당된다 할 수 없으므로 구공장양도에 따른 소득에 대한 법인세특별부가세는 면제되어야 할 것이다.