세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부(취소)

[주 문] OO세무서장이 ’94.9.16 청구인에게 부과처분한 ’92년 제1기분 부가가치세 36,000,000원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구인은 OO도 시흥시 OO동 OOOO OO OOOO 소재에 공장건물 1,006.06㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축함에 있어 청구외 OO종합건설주식회사(대표이사: OOO, 본점소재지: 서울특별시 관악구 OOO동 OOOOOOO, 사업의 종류: 건설, 건축공사, 이하 “청구외 법인”이라 한다)와 ’91.10.31 도급계약을 체결하고 ’92.3.31 162,000,000원, ’92.6.17 120,000,000원 및 ’92.8.31 18,000,000원 합계 300,000,000원(부가가치세 별도)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액을 공제하고 ’92년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고하면서 환급을 신청하였다. 처분청은 위 청구외 법인이 건설면허대여자로서 건설업 면허가 취소되었기 때문에 쟁점세금계산서의 내용이 사실과 다른 것으로 보아 해당 매입세액 30,000,000원을 불공제하고 ’94.9.16 청구인에게 92년 제1기분 부가가치세 36,000,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’94.11.14 심사청구를 거쳐 ’95.2.13 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구 주장 청구인은 OO도 OO시 OO동 OOO에서 ’87.8.1 개업하여 수출용 PALLET를 생산하는 중소 제조업체로서 ’91년도에 OO도 시흥시 OO동 OOOO OO OOOO 소재 공장부지를 분양받아 그동안 저축한 자금과 은행대출금 180백만원으로 이 건 공장을 신축하기 위해 위 시공회사의 사무실에서 공사계약을 체결하면서 동 회사의 사업자등록증, 건설업면허증, 견적서 등에 의하여 정상적인 사업을 하는 사업체임을 확인하고, ’91.10.31 도급계약을 체결하여 ’92.7.31 준공검사를 받았고 공사대금은 ’92.9.1까지 청산하였는데 처분청이 ’94.9월경 과세전 해명자료 제출 요구시 위 시공회사가 면허대여자라고 통보함에 따라 처음 알게되었고, 처분청은 시공회사가 청구인과 거래일 이후 관계기관의 조사에 의하여 위장사업자로 판명된 경우라도 선의의 거래당사자임이 확인되면 매입세액을 공제함이 타당하다고 하면서 증빙서류의 제시가 없어 기각한다고 하였으나 청구인은 과세전 해명자료 제출시 증빙서류를 제출한 바 있어 이의 제출을 생략하였을 뿐이므로, 청구인이 위 시공회사로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 이 건 과세함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 사업자가 원재료를 매입할 때 거래일 현재 사업자등록을 확인하고 세금계산서를 수취하였으나 거래일 이후 매출자가 관계기관의 조사에 의하여 위장사업자로 판명되었을 경우라도 선의의 거래당사자일 경우에는 매입세액을 공제받을 수 있다 하겠으나, 건설업은 면허를 받은 사업자만이 영위할 수 있는 사업이므로 무면허업자는 사업을 영위할 수 없고 청구인이 선의의 거래당사자인지 여부는 공사도급계약서, 공사기간, 대금지급, 공사자재구입 등을 종합하여 판단하여야 할 것인 바, 이 건의 경우 청구인은 위장사업자라는 사실을 모르고 공사계약을 하여 공장건물을 신축하였다고 주장만 하고 납세고지서 사본 이외에는 선의의 거래당사자라는 사실을 입증하는 증빙의 제시가 전혀 없으므로 청구주장은 받아들일 수가 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계 법령 부가가치세법 제17조 제2항 제1호와 같은법시행령 제60조 제2항에 의하면 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하며, 다만, 교부하였거나 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 법 제17조 제2항 제1호에 규정하는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다고 규정되어 있으며, 또한, 사업자가 거래상대방의 사업등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범 처벌법에 의한 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다고 하겠다. (대법원 90누 5030, ’90.8.28, 국심 94경 1541 ’94.10.22, 기본통칙 6-2-1…21 등 다수)
• 다. 사실 관계

(1) 쟁점건물 신축 및 세금계산서교부 등의 경위 (가) ’91년도 초: 공장용지 2,000㎡ 분양 (나) ’91.10.31: 쟁점건물 신축공사도급계약 체결(도급금액 300,000,000원, 부가가치세 30,000,000원, 합계 330,000,000원) (다) ’92.7.31: 쟁점건물 준공검사일 (라) ’92.9.1: 공사대금 청산일 (마) ’92.12.16: 관악세무서(청구외 법인의 관할세무서)가 건설부에 청구외 법인 건설면허 취소요구일(취소사유: 건설업면허 대여자임) (바) ’92.12.19: 관악세무서가 청구외 법인의 사업자등록 직권말소일 (사) ’93.2.9: 청구외 법인의 건설면허 취소일 (면허증 자진납부) (아) ’94.9월 초: 처분청이 청구인에게 청구외 법인이 건설면허 대여자임을 통보 (자) ’94.9.16: 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 매입세액 불공제처분

(2) 쟁점건물의 준공검사가 완료(’92.7.31)된 이후에 관악세무서장이 건설부장관에게 청구외 법인의 건설면허 취소요구 및 청구외 법인의 사업자등록을 직권말소한 것으로 볼 때, 청구인이 ’91.10.31 쟁점건물신축공사 도급계약체결시 청구외 법인의 사업자등록증, 건설업면허증, 법인등기부등본에 의하여 청구외 법인이 정상적인 사업자인지 여부를 확인하였다는 주장은 신빙성이 있어 보인다.

(3) 청구인이 청구외 법인에게 공사대금을 지급한 내용을 보면 총공사대금 330,000,000원(부가가치세 포함) 중 180,000,000원을 OO은행 OO지점에서 대출받아 ’92.4.16 162,000,000원, ’92.9.1 18,000,000원을 각각 청구외 법인의 예금계좌 OOOOOOOOOOOOO에 입금한 사실이 청구외 법인의 예금통장 및 ’95.8.14자 동 은행지점장의 확인서에 의하여 확인되고, 나머지 금액도 청구외 법인에게 지급한 사실이 입금표 등에 의하여 확인된다.

(4) 당 심판소가 관악세무서에 청구외 법인이 발행한 세금계산서 중 위장거래와 정상거래에 관한 현황에 대해 조회한 결과 ’94.4.25 현재 조사한 내역은 정상거래가 47건 8,224백만원, 위장거래가 51건 7,120백만원 정도임을 회신하여 왔으므로 청구외 법인이 발행한 세금계산서 중에는 정상거래분도 상당히 많음을 알 수 있다. 위 사실을 종합하여 볼 때 청구인은 선의의 거래당사자이고 공사계약내용대로 공사가 진행된 사실에 부합하는 세금계산서를 교부받은 것으로 인정되는 반면, 처분청이 단순히 청구외 법인이 건설업면허가 취소되었다는 사실만으로 쟁점세금계산서의 내용이 사실과 다른 세금계산서라고 본 것은 사실관계조사를 소홀히 한 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.