쟁점매입세액이 청구인이 사업자등록을 하기 전의 매입세액에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구인은 경기도 수원시 권선구 OO로 OO OOOOO 외 3필지에 OO빌딩(이하 “OO빌딩”이라 한다)을 신축하기 위하여 93.4.15 청구외 OO건설 주식회사와 건설공사표준도급계약을 체결하고, 94.3.7 OO빌딩의 임대사업자로 사업자등록을 신청한 사람으로서 OO빌딩신축공사와 관련하여 94.3.31 청구외 OO건설주식회사로부터 공급가액 498,000,000원, 부가가치세액 49,800,000원의 세금계산서를 교부받아 그 매입세액 49,800,000원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급신고 하였다. 처분청은 청구인에게 쟁점매입세액을 환급하였다가 쟁점매입세액이 93.9.1 - 94.2.28 기간의 건설공사 용역에 대한 것으로서 청구인이 94.3.7 사업자등록신청을 하기 전의 매입세액에 해당한다고 보아 쟁점매입세액을 불공제 하여 94.6.18 청구인에게 94년 1기분 부가가치세 54,780,000원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.8.16 심사청구를 거쳐 94.12.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 청구인은 93.4.15 청구외 OO건설 주식회사와 총도급액을 2,970,000,000원, 준공 약정일을 94.8.31로 하고, 대금지급조건은 골조 5층 완료 후 매 2개월마다 기성고에 따라 분할지급하는 조건으로 하여 OO빌딩 신축 건설공사표준도급계약을 체결하였다. 그리고 특약사항에서 청구인이 소유하는 OO빌딩 건축용지를 담보로 청구외 OO건설 주식회사 명의로 11억원을 융자받아 그 중 7억5천만원은 선수금으로 OO건설 주식회사가 사용하고 나머지 3억5천만원은 청구인이 사용하되 그 융자 원금은 OO빌딩 완공 후 1월이내에 청구인이 상환하기로 약정한 바 있으나, 청구외 OO건설 주식회사가 사용하기로 한 7억5천만원은 공사대금의 선급금이 아니라 시공자의 공사편의 및 자금지원을 목적으로 한 착수금 성격의 금액이다. 청구인은 94.3.7 OO빌딩 임대사업자로서 사업자등록을 하였고, 94.3.31 OO빌딩의 5층 골조가 완성되어 5층 골조 완성시 공사대금을 지급하기로 한 약정에 따라 94.3.31까지의 건설용역에 대한 세금계금계산서를 94.3.31 OO건설 주식회사로부터 교부받은 것이므로 쟁점매입세액은 “등록을 하기 전의 매입세액”이 아니다.

3. 국세청장 의견 청구인과 청구외 OO건설 주식회사는 청구인 소유의 OO빌딩 신축용지를 담보로 하여 OO건설 주식회사 명의로 11억원을 융자받아 그 중 7억5천만원은 OO건설 주식회사가 공사선수금으로 사용하기로 약정하였다. 청구외 OO건설 주식회사가 OO빌딩 신축공사를 착공한 93.9부터 94.2까지 매월 말일자로 기성고조서를 작성하여 청구인에게 제출한 기성고의 누계액(공급대가)은 786,500,000원인 바, 동 금액의 건설용역의 공급시기는 93.9 - 94.2 기간의 매월 말일의 기성청구시점이라고 봄이 타당하다. 청구외 OO건설 주식회사가 94.3.31 청구인에게 교부한 세금계산서는 93.9 - 94.2 기간의 기성고의 일부에 대한 것으로서 청구인이 사업자등록을 신청한 94.3.7 전에 공급시기가 도래한 것이므로 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점매입세액이 청구인이 사업자등록을 하기 전의 매입세액에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항 제5호에서 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은법 제16조에서 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 공급받는 자에게 교부하도록 규정하고 있다. 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은 법 시행령 제22조 제2호에서 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있고, 부가가치세법 기본통칙2-3-3…9에서 “완성도기준지급 및 중간지급조건부로 용역을 제공함에 있어서 그 대가의 일부로 계약금을 거래상대자로부터 받는 경우에는 당해 계약조건에 따라 계약금을 받기로 한 때를 그 공급시기로 본다. 이 경우 착수금 또는 선수금 등의 명칭으로 받는 경우에도 당해 착수금 또는 선수금이 계약금의 성질로 인정되는 때에는 계약금으로 본다”고 규정하고 있다. 청구인은 OO빌딩을 신축함에 있어 93.4.15 청구외 OO건설 주식회사와 총도급액을 2,970,000,000원, 준공 약정일을 94.8.31로 하고 대금지급조건은 골조 5층 완료 후 매 2개월마다 기성고에 따라 분할지급하는 조건으로 하여 OO빌딩 신축 건설공사표준도급계약 체결하면서 그 특약사항에서 청구인이 소유하는 OO빌딩 신축용지를 담보로 청구외 OO건설 주식회사의 명의로 11억원을 융자받아 그 중 7억5천만원은 공사 선수금으로 청구외 OO건설 주식회사가 사용하고 나머지 3억5천만원은 청구인에게 대여하되 OO빌딩 완공 후 1월이내에 청구인이 융자 원금 11억원을 상환하기로 약정하였으며, 동 특약에 따라 청구외 OO건설 주식회사는 주식회사 OO은행 OOO동 지점에서 93.3.5에 5억원, 93.3.6에 6억원을 대출받아 그중 7억5천만원은 공사선수금으로 동 회사가 사용하고 나머지 3억5천만원은 청구인에게 대여하였다. 위 특약사항에서의 공사선수금은 청구외 OO건설 주식회사 명의로 융자받은 자금이나 청구인 소유의 OO빌딩 신축 토지가 담보로 제공되었고, OO빌딩 완공 후 1월 이내에 청구인이 그 융자금 전액을 상환하기로 약정한 것으로 보아 사실상 청구인이 자금을 융자받아 청구외 OO건설 주식회사에 선수금을 준 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로 위 선수금은 전시 법령과 통칙에서 규정한 건설용역의 공급대가의 일부로서의 지급한 계약금에 해당되는 것으로 보인다. 또한 청구외 OO건설 주식회사는 93.9 OO빌딩 신축공사를 착공하고 매월 말일 기성고 조서를 작성하여 청구인에게 제출하였는 바 93.9부터 94.2까지의 기성고 누계액(공급대가)이 786,500,000원에 이르렀다. 청구외 OO건설 주식회사는 OO빌딩 건설용역에 대한 최초의 세금계산서로서 94.3.31 공급가액 498,000,000원 부가가치세액 49,800,000원 (공급대가로는 547,800,000원임)의 세금계산서를 청구인에게 교부하였는 바, 이는 위 선수금의 일부분 또는 93.9 - 94.2 간 기성고 누계액의 일부분에 대한 것으로 보인다. 그리고 청구인은 94.3.7 OO빌딩의 임대사업자로서 사업자등록을 신청하였으므로 위 세금계산서는 청구인이 사업자등록을 하기 전에 공급시기가 도래한 건설용역에 대한 세금계산서로서 그 매입세액은 “등록을 하기 전의 매입세액”에 해당한다 할 것이고, 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 “등록을 하기전의 매입세액”은 공제하지 아니하도록 규정하고 있으므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
• 다. 따라서, 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.