공사계약금에 대한 부가가치세 신고납부이후 공사계약 해약으로 수정세금계산서를 교부하였으나 감액되는 공급가액에 대한 세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부(경정)

[주 문] 청량리 세무서장이 94.7.1 청구법인에게 한 93년 제1기 부가가치세 41,616,590원의 처분은 청구법인의 93년 제1기 부가가치세 확정신고시 제출한 93.6.30 발행 수정세금계산서의 감액세액 35,000,000원을 매출세액에서 공제하여 동 과OO간의 고지세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 제주도 서귀포시 OO동 OOOOO O 외 6필지상의 OOOO리조트 유희설비 철근콘크리트 및 설치공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 하기로 하는 공사도급 계약을 91.12.31 청구외 OO산전(주) OO공장과 체결하고 계약당일에 선급금 350,000,000원(부가가치세 35,000,000원 별도)에 대한 세금계산서를 교부하고 이를 91년 제2기 부가가치세 신고시에 처분청에 신고하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점공사에 대한 도급계약이 93.6.30 해약됨에 따라서 91.12.31 발행한 세금계산서의 공급가액 350,000,000원을 감액하는 수정세금계산서를 93.6.30 발행하여 93년 제1기 부가가치세 신고시에 처분청에 제출하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 93.6.30자 수정세금계산서를 인정하지 아니하고 93년 1기 과OO간중의 접대비관련 매입세액을 불공제하는등 동 과OO간의 부가가치세를 경정하여 93년 제1기 부가가치세 41,616,590원을 94.7.1 청구법인에게 고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 94.8.29 심사청구를 거쳐 94.12.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 OO산전(주) OO공장과 쟁점공사 도급계약을 체결하고 계약당일(91.12.31)에 계약금으로 받기로 한 350,000,000원(부가가치세 35,000,000원 별도)을 선급금으로 하여 세금계산서를 교부하고 청구법인과 OO산전(주) OO공장은 이를 관할세무서에 신고하였다. 그후 쟁점공사 착수를 미루어 오던중에 쟁점공사의 건축주인 (주)OOOO리조트사의 계약불이행으로 공사를 진행할 수 없게됨에 따라서 청구법인과 청구외 OO산전(주) OO공장간에 체결한 쟁점공사의 도급계약을 93.6.30 해약하고 91.12.31 교부한 세금계산서의 공급가액을 감액하는 수정세금계산서를 교부하여 이를 93년 제1기 부가가치세 신고시 처분청에 제출하였으므로 동 수정세금계산서의 내용에 따라서 감액되는 공급가액에 대한 세액은 납부세액에서 공제되어야 한다.

3. 국세청장 의견 먼저 쟁점공사의 계약이 실제로 해약되었는지를 살펴보면, 첫째, 청구법인은 91.12.31 청구외 OO산전(주) OO공장과 쟁점공사에 대한 도급계약(도급금액 620,000,000원)을 체결하였고, 동일자에 쟁점공사의 일부인 OOOO리조트 철물제작 공사에 대한 하도급계약(도급금액 355,000,000원)을 경기도 부천시 중구 OO동 OOO OO OO엔지니어링(주)와 체결하였음이 계약서에 의하여 확인되고 있으며, 둘째, 청구법인은 이때 공급가액 350,000,000원 상당의 매출세금계산서를 발행하여 매출세액을 납부하면서 공급가액 200,000,000원 상당의 매입세금계산서를 교부받아 처분청에 제출하여 이에 따른 부가가치세를 납부하거나 공제받았으며, 셋째, 계약체결된 때부터 1년 6개월만인 93.6.30 청구외 OO산전(주) OO공장과의 계약이 해약되었다 하여 수정세금계산서를 발행하였으나, 쟁점공사의 도급계약 내용을 보면 공사계약서의 공사계약일은 91.12.31이고 납기일은 93.3.30로 되어 있고, 계약불이행에 대한 책임소재는 명시하고 있지 아니하며, 넷째, 청구법인과 청구외 OO산전(주) OO공장과의 해약합의서에 기재된 해약사유는 원도급자인 청구외 OOOO리조트의 계약불이행 및 계약후 재화나 용역의 제공이 없으므로 상호간에 계약이행이 불가능하여 해약할 것을 합의한다는 내용이고 또한 당초 선급금으로 지급받은 85,000,000원을 반환하는 것으로 되어 있으며, 다섯째, 청구법인의 하도급자인 청구외 OO엔지니어링(주)의 경우는 폐업으로 인해 당초계약을 해약하지 못하여 수정세금계산서를 발급받지 못한 것이고 실제로는 공사진척이 없었다고 하나 처분청이 확인한 바에 의하면 폐업여부에 대한 사실여부도 확인되지 아니하였고, 당초 계약에 대한 해약사실도 없으며 또한 청구법인의 장부 및 결산서에 의하면 당초계약대로 얼마간의 공사가 진행되어 작업진행율에 의한 공사 수입금액을 계상하여 처분청에 신고하였음이 나타나고 있다. 위와 같은 사실을 종합하여 볼 때 청구법인의 하도급자의 경우는 당초계약대로 공사가 진척되어 청구법인의 장부상 이를 반영하였고 법인결산시에도 기성고를 계산하여 신고한 사실이 있음에도 청구법인이 도급자와의 당초 계약후 공사납기일(93.3.30)이 3개월이나 경과한 후인 93.6.30에 이르러서야 뚜렷한 이유없이 원도급자라고 하는 청구외 (주)OOOO리조트의 계약불이행을 이유로 OO산전(주) OO공장과의 당초 계약을 해약하였다는 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 청구법인이 91.12.31 청구외 OO산전(주) OO공장과의 쟁점공사 도급계약이 해약되었다 하여 이날자로 교부한 공급가액 350,000,000원의 세금계산서의 공급가액을 감액하는 93.6.30의 수정세금계산서가 적법한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 1) 부가가치세법 제9조 제2항은 용역이 공급되는 시기를 “역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때”로 한다고 하면서 동법시행령 제22조 제2호는 완성도기준지급, 중간지급, 장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 하도록 규정하고 있다.

2. 동법 제16조 제1항은 사업자가 용역을 공급하는 때에는 제9조에서 정한 용역의 공급시기에 세금계산서를 발행하여 그 용역을 제공받는 자에게 교부하도록 하면서 동법시행령 제59조는 그 단서에서 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있도록 하였다.

• 다. 1) 청구외 OO산전(주) OO공장은 (주)OOOO리조트로부터 도급받은 쟁점공사를 청구법인에게 다시 도급함에 있어서 공사도급 금액을 620,000,000원(부가가치세 별도로 이하 동일함)으로 하면서 대금지불 조건으로서는 계약시에 350,000,000원을 선급금으로 지급하고 공사가 90% 진척시에 208,000,000원, 공사완료후 62,000,000원을 지급하기로 하고 계약이행 보증금으로 68,200,000원을, 지급이행 보증금으로 85,000,000원을 지급하기로 91.12.31 약정하였음이 OO산전(주) OO공장과 청구법인간의 공사도급계약서에 의하여 인정되고 있다.

2. 청구법인은 OO산전(주) OO공장과 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결함과 동시에 쟁점공사중 일부인 “철물제작공사”를 경기도 부천시 중구 OO동 OOO OO OO엔지니어링(주)에 도급가액 355,000,000원에 하도록 하면서 대금은 계약체결후 5일내에 200,000,000원을 선급금으로 지급하고 공사가 90% 진척시에 119,500,500원을(나머지 35,500,000원에 대하여는 계약서에 나타나지 아니하지만 공사완료시에 지급하는 것으로 보인다) 지급하기로 약정하였음이 청구법인과 OO엔지니어링(주)간의 91.12.31 건설공사 하도급계약서에 의하여 인정되고 있다.

3. 쟁점공사에 관한 청구법인과 OO산전(주) OO공장간 및 청구법인과 OO엔지니어링(주)간의 전시 도급계약서에 의하면 공사완성도에 따라서 대금을 지급하기로 하였으므로 각 대금을 지급하기로 한 때가 전시 부가가치세 법령에 의하여 “공급시기”가 될 것이며 따라서 이 때에 세금계산서가 수수되어야 할 것이다.

4. 청구법인은 청구외 OO산전(주) OO공장간의 전시 도급계약에 따라서 계약당일 지급하기로 한 선급금 350,000,000원에 대한 세금계산서를 OO산전(주) OO공장에게 교부하고 이를 처분청에 신고하였고 OO산전(주) OO공장 또한 교부받은 세금계산서를 91년 제2기 부가가치세 신고시 관할세무서장에게 제출하여 매입세액 공제받은 사실이 인정되고 있다. 또한 청구법인으로부터 쟁점공사의 일부를 하도급 받은 청구외 OO엔지니어링(주)도 선급금 200,000,000원에 대한 세금계산서를 청구법인에게 교부하고 이를 관할세무서장에게 신고하였을 뿐만 아니라 청구법인도 91년 제2기 부가가치세 신고시 이를 처분청에 제출하여 매입세액을 공제받은 사실이 인정되고 있다.

5. 청구법인은 청구외 OO산전(주) OO공장간의 쟁점공사가 해약되었다 하여 91.12.31 청구법인이 발행하였던 세금계산서의 공급가액을 전액 감액하는 수정세금계산서를 93.6.30 발행하고 93년 제1기 부가가치세 확정신고시 처분청에 제출하여 동 공급가액에 상당하는 세액을 납부세액에서 공제하여 신고하였다. 또한 청구법인으로부터 전시 수정세금계산서를 교부받은 OO산전(주) OO공장도 이를 관할세무서장에 제출하면서 이 수정세금계산서 상당의 세액을 납부세액에 가산하여 93년 제1기 부가가치세 확정신고 기간의 세액을 납부하였음이 인정되고 있다. 그러나 청구법인에게 쟁점공사의 일부에 대하여 세금계산서를 교부한 하도급자 청구외 OO엔지니어링(주)는 청구법인과 OO산전(주) OO공장간의 쟁점공사 도급계약이 해약(93.6.30)이 되기 전인 93.4.24 관할 부천세무서장이 직권폐업시킨 사실이 있고 쟁점공사중 일부에 관한 도급공사 해약에 따른 수정세금계산서도 수수된 바 없어 청구법인이 청구외 OO엔지니어링(주)로부터 91.12.31 교부받아 매입세액 공제한 처분에는 아무런 변동이 없다.

6. 위와 같이 동일 공사(청구법인이 도급받아 하도급한 부분에 대한 공사임)에 대하여 청구법인과 OO산전(주) OO공장간에는 도급공사가 해약되었고 이에 따른 수정세금계산서가 교부되어 관할세무서에 제출되었으나, 청구법인과 하도급자인 OO엔지니어링(주)간에는 하도급계약의 해약이 없었으며 동 해약에 따른 수정세금계산서도 교부되지 아니하였다. 그러나 당심판소가 쟁점공사를 시행하도록 한 제주도 서귀포시 OO동 OOOOO O 외 6필지를 현지 조사한 바에 의하면 쟁점공사의 전단계인 토지 정지 공사를 청구외 OO건설(주)가 하다가 중단된 사실만이 있을 뿐 쟁점공사인 유희설비철근 콘크리트 및 설치공사를 한 사실이 없음이 확인되고 있어 쟁점공사 도급 및 하도급 계약체결 후에 이에 대한 공사는 이루어지지 아니한 채 청구법인과 OO산전(주) OO공장간에 도급계약을 해약하였음이 인정되고 있고, 청구법인과 OO엔지니어링(주)간에는 OO엔지니어링(주)가 폐업함에 따라서 당사자간의 도급계약을 해약하지 못하고 따라서 수정세금계산서도 교부되지 못한 것으로 보인다.

7. 위와 같은 경우 청구법인과 OO엔지니어링(주)간에 하도급계약을 해약한 바 없고 따라서 동 해약에 따른 수정세금계산서가 교부되지 아니하였다 하여 청구법인과 OO산전(주) OO공장간의 93.6.30 수정세금계산서를 부인할 것이 아니라 동 수정세금계산서를 인정하면서 청구법인과 OO엔지니어링(주)간의 91.12.31 세금계산서 내용을 수정하여 【청구법인이 공제받은 매입세액은 납부하도록 하고 OO엔지니어링(주)의 공급가액은 감액】실질내용과 부합하도록 하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구법인이 93년 제1기 부가가치세 확정신고시 처분청에 제출한 수정세금계산서의 세액은 납부세액에서 공제되어야 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인 주장이 이유있으므로 국OO본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.