(1) 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부 (2) 쟁점부동산중 토지부분에 대하여는 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 도봉세무서장이 94.6.16 청구인에게 한 ’93년분 양도소득세 41,860,370원의 처분은 서울특별시 도봉구 OO동 OOO 대지 137.5㎡를 소득세법 제23조 제2항 제2호 가목의 장기보유 특별공제 대상인 자산으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 85.6.7 서울특별시 도봉구 OO동 OOO OO 대 137.5㎡ 및 동 지상 주택 72.83㎡를 취득하여 거주하다가 91.2.18 동 주택을 철거하고, 동 토지위에 지하 1층, 지상 4층의 건물(주택 및 근린생활시설) 329.07㎡를 91.8.17 신축하여 보유하던 중 위 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 93.12.3자로 청구외 OOO에게 양도한 후 94.1월 토지 및 건물의 가액을 다음과 같이 하여 양도차익예정신고를 하고 양도소득세 5,639,540원을 자진납부하였다. 다 음 <단위 ; 원> 구 분 취득가액 양도가액 양도차익 토 지 55,500,000 83,200,000 27,700,000 건 물 105,147,210ⓑ 116,800,000 11,652,790 계 160,647,210 200,000,000ⓐ 39,352,790 ⓐ 쟁점부동산 양도가액 200,000,000원을 토지 및 건물 가액으로 구분함 ⓑ 건물 취득가액 105,147,210원은 건물 양도가액을 시가표준액으로 환산함 이에 대하여 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도시 토지 및 건물가액을 각각 구분되는 것으로 하여 신고하였으나 이는 양도소득세를 낮추려는 목적으로 토지가액과 건물가액을 시가와는 다르게 임의로 구분한 것에 불과하므로 이를 인정할 수 없다하여 동 신고내용을 부인하고 기준시가에 의해 건물 및 토지의 양도차익을 각각 결정하여 청구인에게 93년도분 양도소득세 41,860,370원을 94.6.16 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.8.12 심사청구를 거쳐 94.12.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산 양도 당시의 시가를 기준으로 토지 및 건물의 양도가액을 구분하여 신고하였고 건물의 취득가액은 확인되지 아니하나 토지의 취득가액은 매매계약서에 의해 55,500,000원임에 다툼이 없으므로 쟁점부동산 중 토지의 가액은 실지거래가액에 의해 양도차익을 결정하여야 하고 쟁점부동산 중 토지는 5년 이상 보유한 사실이 확인되고 동 지상에는 건축물이 축조되어 있어 나대지가 아닌 상태에서 양도되었으므로 장기보유특별공제 대상에 해당함에도 이에 대해 장기보유특별공제를 하지 아니하고 양도소득을 계산한 당초처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점부동산 중 건물의 신축가액은 확인되지 아니하고, 쟁점부동산의 총 양도가액 200,000,000원을 토지분 83,200,000원, 건물분 116,800,000원으로 각각 구분되는 것으로 하여 작성된 매매계약서를 신고시 제출하였으나 토지의 경우 기준시가(151,250,000원)의 55%에 불과하여 그 구분기준이 불분명한 바, 청구인이 신고시 제출한 증빙서류에 의해 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우에 해당하므로 기준시가에 의해 양도차익을 결정한 당초처분에 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점부동산의 양도에 대하여 기준시가에 의해 양도차익을 결정하여 과세한 처분의 당부(쟁점①)와 장기보유특별공제를 인정할 수 있는지 여부(쟁점②)를 가리는데 있다.
• 나. 쟁점①에 대하여

1. 소득세법 제23조 제1항 제1호는 “토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득”을 양도소득으로 보도록 규정하고 있고, 같은법 제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호는 토지 또는 건물의 양도가액 및 취득가액은 원칙적으로 양도 및 취득당시의 기준시가로 하도록 하면서 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제170조 제4항에서 “대통령령이 정하는 경우”를 제2호와 제3호에서 규정하고 있는 바 제3호는 “양도자가 과세표준 예정신고 또는 확정신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우”를 들고 있으므로 취득 및 양도 당시의 실지거래가액이 모두 확인되는 때에 한하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정하여야 할 것이다.

2. 이 건의 경우 쟁점부동산 중 건물은 종전의 주택을 철거하고 그 위에 신축된 건물로서 신축가액을 확인할 수 없다는 점은 청구인도 인정하고 있으므로 위법규정에 의거 건물의 경우에는 기준시가에 의해 양도차익을 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

3. 한편 청구인은 쟁점부동산의 실지양도가액을 200,000,000원으로 하고 이중 토지가액은 83,200,000원, 건물은 116,800,000원으로 구분된 매매계약서를 제시하고 있으나, 쟁점부동산의 규모(토지 137.5㎡, 건물 329.07㎡)와 건물의 용도가 주택 및 근린생활시설로서 지하층, 1층, 2층이 대중음식점, 소매점 및 예능계학원 등 상업용에 제공되고 있으며 신축한지 2년 4개월밖에 경과하지 않은 점, 매매계약서에 구분기재된 토지의 가액 83,200,000원은 기준시가 151,250,000원에 비하여 현저히 낮은 사실에 비추어 볼 때 동 매매계약서의 내용을 사실로 믿기 어려운 점 및 매매계약서 이외에 쟁점부동산의 실지양도가액 200,000,000원을 인정할 만한 신빙성이 있는 증빙의 제시가 없는 점 등을 종합하여 보면 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 양도가액 200,000,000원을 인정하기 어렵다 하겠고 따라서 동 계약서에 표기된 토지의 양도가액 83,200,000원 또한 실지양도가액으로 인정하기 어렵다 하겠다.

4. 그러하다면 쟁점부동산은 토지 및 건물 모두 취득 및 양도당시의 실지거래가액이 확인되는 경우에 해당하지 아니하므로 기준시가에 의하여 양도차익을 결정함이 타당하다고 판단된다.

• 다. 쟁점②에 대하여 소득세법 제23조 제2항에 의하면 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다고 규정하면서, 제1호 내지 제3호에 걸쳐 그 내용을 정하고 있는 바 제2호에서는 대통령령이 정하는 토지를 제외한 토지와 건물로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대해 일정금액을 공제(이하 “장기보유특별공제”라 한다)하도록 하면서 자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것에 대해서는 양도차익의 100분의 10(가목)을, 자산의 보유기간이 10년이상인 것에 대해서는 양도차익의 100분의 30(나목)을 각각 공제하도록 규정하고 있으며 동법 시행령 제46조의 3에서 나대지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(도시계획구역안의 토지; 5배, 도시계획구역밖의 토지; 10배)을 초과하는 부분에 대해서는 장기보유특별공제대상에서 제외하도록 규정하고 있다. 이 건의 경우 쟁점부동산 중 토지는 건물을 포함하여 양도되었으며 동 토지의 면적은 137.5㎡이고 건물의 바닥면적은 83.52㎡임이 토지 및 건물의 등기부등본과 건축물관리대장 등에 의하여 확인되고 있어 동 토지의 면적이 건축물부속토지의 기준면적(83.52×5배=417.6㎡) 이내임이 인정되고, 85.6.7 취득하고 93.12.3 양도하여 5년이상 보유한 사실이 확인되는 위 토지는 장기보유특별공제대상인 자산에 해당함에도 처분청이 이 건 토지에 대하여 장기보유특별공제를 인정하지 아니하고 양도소득을 계산한 당초처분은 부당하다 아니할 수 없다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.