2인이 공동으로 건물을 신축하고 공사대금지급시 그중 1인은 자기지분율에상당하는 대금을 전액 지급하고 다른 1인은 일부는 지급하고 일부는 렌탈한 경우, 실제 지분율은 직접 지급한 금액과 렌탈금액을 합한 비율로 보아야 하므로 렌탈금액을 공동건축비가 아니라고 보아 당해 비율만큼 매입세액불공제한 과세관청의 처분은 부당함(경정)

[주 문] 노원세무서장이 94.2.16 청구법인에게 한 93년 제2기분 부가가치세 5,665,130원을 환급한 처분은 청구법인이 서울특별시도봉구 O동 OOOO OOO외 3필지 지상 신축건물에 대한 매입세액 14,758,428원을 추가로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 청구외 OOO과 공동으로 소유하고 있는 서울특별시 도봉구 O동 OOOO OOO 외 3필지 대지 합계 2,404.1㎡(청구법인 소유지분 22.6%, OOO 소유지분 77.4%)상에 부가가치세 과세사업에 공할 건물 2,450.68㎡(소유지분은 토지 소유지분과 같으며 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 공동으로 신축하기로 한 후 93.12.24 이를 준공하였다. 청구법인과 청구외 OOO은 쟁점건물 신축에 소요되는 자금 1,039,977,691원을 소유지분에 의해 안분하여 235,149,834원은 청구법인이 부담하고 804,827,857원은 청구외 OOO이 부담하기로 하였다. 청구법인은 건물신축에 따른 대금중 청구법인이 부담하기로 한 235,149,834원을 지급하고 이에 상당하는 세금계산서를 교부받았으며 청구외 OOO은 동인이 부담할 건축비 804,827,857원중 620,000,000원 상당의 재화를 렌탈회사로부터 공급받은 후에 94년 이후부터 연불상환 하기로 하고 나머지 184,827,857원은 대금을 지급하고 이에 상당하는 세금계산서를 교부받았다. 처분청은 청구법인이 93년 2기 부가가치세 과세기간중에 교부받은 세금계산서중 청구법인의 쟁점건물 소유지분을 초과하는 금액은 청구법인의 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당되지 아니한다 하여 청구법인이 매입세액 공제신청한 21,899,404원중 7,140,976원은 공제하고 나머지 14,758,428원은 공제배제 하여 94.2.16 청구법인에게 5,665,130원을 환급한 바 있다. 청구법인은 이에 불복하여 94.4.4 심사청구를 거쳐 94.7.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점건물의 건축비 1,039,977,691원중 235,149,834원을, 청구외 OOO은 804,827,857원을 부담하기로 함에 따라서 청구법인이 지급한 대금에 대한 세금계산서를 교부 받았으며 청구외 OOO은 804,827,857원중 620,000,000원 상당은 렌탈회사로부터 공급받은 후 94년 이후부터 동 대금을 연불 상환하고 있고 나머지 184,827,857원에 상당하는 세금계산서만을 교부받아 각 과세기간에 신고하였다. 처분청은 청구법인과 청구외 OOO이 신고한 매입세금계산서(청구법인 235,149,834원, OOO 184,827,857원)만을 기준으로 하여 청구법인이 소유지분을 초과하여 매입세액을 공제신청 하였다 하나 OOO이 렌탈회사로부터의 렌탈한 620,000,000원까지를 합하여 보면 청구법인은 공동건축계약서상의 지분비율에 상당하는 매입세액의 공제를 신청하였으므로 전액 공제되어야 한다고 주장한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인과 OOO의 공동건축약정서를 보면 건축자금은 각자의 토지소유 지분율에 의한 비율인 청구법인 22.6%, OOO 77.4%로 약정한 사실이 확인되고 있으며 청구외 OOO 운영하기로 한 볼링장은 OOO의 자금으로 시설하기로 하고 그 볼링장 건축비는 렌탈회사에서 결재하는 조건으로 약정한 사실이 인정되고 있어 94.1.1 이후의 건축비는 청구외 OOO 개인소유의 볼링장 시설비로서 공동건축비로 인정되지 아니하므로 처분청이 청구법인과 OOO이 당해 과세기간에 교부받은 세금계산서를 기준으로 하여 청구법인의 매입세액 공제액을 계산한 것은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 청구법인이 신청한 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액이 소유지분율 보다 크다하여 동 초과분의 매입세액 공제를 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 1) 쟁점건물 신축과 관련한 청구법인과 청구외 OOO의 공동건축약정서(92.12.10)에 의하면 청구법인과 청구외 OOO은 공동으로 소유한 서울특별시 도봉구 O동 OOOO OOO 외 3필지 대지 합계 2,404.1㎡ 위에 2,450.68㎡의 건물을 신축하여 청구법인과 청구외 OOO이 직접 사용할 부분을 제외한 나머지를 부가가치세 과세사업에 제공하기로 하고 총 건물신축 대금을 소유지분별로 안분한 대금을 각자 부담하기로 약정한 사실이 인정된다.

2. 쟁점건물에 대한 공사는 93.8월부터 시작하여 94년 1월에 종료되었는데 이에 소요된 총 공사비는 1,039,977,691원임이 공사도급계약서등에 의하여 인정되고 있으며 이중 과세사업에 공할 건물신축비는 1,016,539,681원이 되므로 이에 따른 세금계산서의 매입세액만이 매출세액에서 공제되는 매입세액이 된다 하겠다. 그런데 청구법인과 청구외 OOO은 동인 소유지분율에 상당하는 대금을 지급하고 각자 별도로 세금계산서를 교부받았는데 청구법인은 229,759,092원을 지급하고 이에 대한 세금계산서를 교부 받은후에 교부받은 과세기간이 속한 부가가치세 신고기한내에 처분청에 신고하였으나, 청구외 OOO은 620,000,000원의 쟁점건물과 580,000,000원의 동 건물내 볼링장시설 합계액 1,200,000,000원 상당의 건축공사 용역을 청구외 OOOO렌탈 주식회사로부터 연불구매 방식으로 취득함에 따라 쟁점건물 총 공사비 1,016,539,681원중 청구법인이 지급한 229,759,092원을 제외한 786,780,589원을 공사시행자에게 지급하고 세금계산서를 교부받은 것이 아니라 이중 위 OOOO 렌탈주식회사로부터 취득한 620,000,000원의 쟁점건물 건축비를 제외한 나머지 166,780,589원에 대한 세금계산서를 교부받아 처분청에 매입세액 공제신청 하였음이 청구법인 및 청구외 OOO의 부가가치세 신고서와 청구외 OOO과 OOOO 렌탈주식회사간의 연불매매계약서등의 관련증빙에 의하여 인정되고 있으며 청구외 OOO은 연불구입한 620,000,000원에 대하여는 연불대금을 OOOO 렌탈주식회사에 지급할 때마다 세금계산서를 교부받아 쟁점건물 준공후에 매입세액 공제신청을 하고 있음도 인정되고 있다.

3. 위와같이 청구법인과 청구외 OOO이 공동으로 쟁점건물을 신축함에 있어서 이들이 소유지분율을 초과하여 세금계산서를 교부받았느냐를 살펴보기 위하여는 이들이 대금을 지급하고 교부받은 세금계산서만을 기준으로 할 것이 아니라 쟁점건물이 준공된 후에 청구외 OOO이 OOOO 렌탈주식회사로부터 교부받을 세금계산서의 공급가액인 620,000,000원을 합한 금액을 기준으로 하여야 할 것이다.

4. 청구외 OOO이 렌털주식회사로부터 연불구입한 쟁점건물중 일부에 대한 가액 620,000,000원에 동인이 93년 2기 및 94년 1기에 지급한 공사비 166,780,589원을 합한 786,780,589원과 청구법인이 교부받은 세금계산서의 공급가액 229,759,092원의 비율은 77.4% 대 22.6%가 되어 쟁점건물에 대한 소유지분율과 같다 하겠으므로 청구법인이 쟁점건물에 대한 소유지분율을 초과하여 세금계산서를 교부 받았다 하여 초과분에 대한 매입세액의 공제를 배제함은 잘못이라 하겠다.

• 다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.