쟁점부동산을 신축분양하면서 장부 등 객관적인 증빙없이 토지 및 건물가액을 청구인 임의적으로 안분계산한 것을 인정할 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 노원세무서장이 1993.12.18자로 청구인에게 결정고지한 1992 년 제2기분 부가가치세 8,947,120원과 1993년 제1기분 부가가 치세 41,228,610원의 과세처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 처분청은 청구인이 서울특별시 노원구 OOO동 상업용지 OOOO 대지 1,122㎡ 및 건물 8,198.78㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축·분양한데 대하여 1993.12.18자로 청구인에게 1992년 제2기분 부가가치세 8,947,120원과 1993년 제1기분 부가가치세 41,228,610원을 부과처분 하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’94.2.15 이의신청 및 ’94.4.22 심사청구를 거쳐 ’94.6.28 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 부동산신축매매업의 특성으로 보아 총분양가격중 토지와 건물의 가격산정은 증빙에 의하여 장부를 정확하게 기록한다 하더라도 층별로 원가계산이 불가능하므로 토지구입비·건물신축비 등 실제로 건물신축에 지출되는 원가를 총괄적으로 산정한 후 이를 층별·평수별로 안분하고 건물과 토지의 가격을 구분계약하는 것이 관례이고, 피분양자 입장에서는 총분양가격이 관심의 대상일 뿐 토지와 건물의 가격을 구분하는 것은 큰 의미가 없으며, 이러한 여건하에서 처분청이 피분양자에게 직접 확인한 분양금액이 사실과 다름이 없고, OO주택공사 서울지사와의 상업용지 분양계약의 내용에 의하여 확인된 토지의 구입가격도 인정된다면 총분양가격 7,874,202,995원에서 토지구입원가 3,174,595,635원을 차감한 4,699,607,360원이 사실확인된 부가가치세의 과세표준인 건물가격의 상한액으로 확정되는 결과가 된다. 따라서 부가가치세 과세표준으로 신고한(할) 총금액은 4,708,279,595원으로 위의 건물가격의 상한선으로 한 과세표준보다 8,672,235원이 많아 부가가치세를 과다납부한 것임에도 불구하고 여기에 462,143,445원을 더 가산하여 추징하는 것은 부당하며, 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서규정은 사업자가 그 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정이므로 본 건의 경우에는 비록 임의적 배분방법이긴 하지만 건물이 완공되지 아니한 시점에서 가장 성실하게 부가가치세를 신고 납부한 것이며, 또한 분양가격이 처분청에 의하여 사실임이 확인되었고 조세회피의 목적없이 가장 합리적으로 쌍방의 합의에 의하여 작성된 계약에 의하여 건물의 공급가액과 토지의 가액이 구분되므로 국세기본법 제16조의 근거과세원칙에 비추어 볼 때 본 건은 처분청에서 적용한 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서의 적용대상이 되지 않는다고 사료되므로 본 건 과세는 위법부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점부동산의 토지를 OO주택공사에서 분양받았기 때문에 동 토지의 취득가액이 3,174,595,635원임에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나 건물의 실지취득가액에 있어서 청구인은 청구외 OOOO엔지니어링에서 견적한 공사원가 3,327,225,000원을 주장하고 있으나 이는 예정원가일 뿐이며 건물분에 대하여는 공사도급을 주지않고 청구인 자력으로 건물을 신축하였으며, 자체기장의 불비로 정확한 쟁점부동산의 실지취득가액을 산정할 수 없으므로 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에 규정한 바와 같이 실지취득가액이 불분명한 경우에 해당하여 동조 단서에서 규정한대로 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산하여 결정한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 청구인이 쟁점부동산을 신축분양하면서 장부 등 객관적인 증빙 없이 토지 및 건물의 가액을 임의적으로 안분계산하여 부가가치세를 신고한 것을 부인하고, 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 토지·건물의 안분비율을 산출하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에는 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.』고 규정되어 있으며, 같은 조 제4항에는 『제3항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시 및 토지등의 평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액』으로 규정되어 있다.

• 다. 심리 및 판단

(1) 쟁점부동산중 토지취득가액 3,174,595,635원 및 분양계약서상 분양금액에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나 토지와 건물의 안분비율에 대하여는 양자간에 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 관련규정상 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하도록 규정되어 있는 바, 청구인이 이 건 부가가치세를 신고한 내역이 위 실지거래가액에 의하여 신고한 것인지의 여부를 살펴보기 위하여 쟁점부동산의 총분양가액·청구인이 신고한(할) 건물의 과세표준 및 처분청의 과세내역에 의한 건물의 과세표준을 상호 비교하여 보면 다음과 같다. 건물과세표준의 산정내역 (단위: 원) 구 분 총분양금액 (A) 토지취득가액 건물과세표준 (B) B/A(%) 청 구 인 7,897,757,500 3,174,595,635 4,668,279,695 59.1 처 분 청 5,970,704,670 75.6

• 주) 건물과세표준 산정내역

1. 청구인: 계약서 및 세금계산서에 의한 산출

2. 처분청: 총분양가액 ×2) 처분청: 총분양가액 ×

(3) 그런데 토지의 취득가액 및 분양계약서상 분양금액에 대하여는 다툼이 없으므로 건물의 과세표준은 총분양금액에서 토지의 취득가액을 제한 금액을 초과할 수 없는 것으로 판단되며(건물과세표준 총분양가액 - 토지취득가액), 이에 따라 건물 과세표준은 4,723,161,865원(총공급가액중 건물에 OO 안분비율 59.8%)을 초과할 수 없는 것이 된다.

(4) 그러나, 처분청의 과세표준 산정내역에 따른 건물의 과세표준은 위에서 산출한 건물 과세표준 4,723,161,865원보다 1,247,542,805원을 초과하고 있으므로 이는 실질과세원칙상 부당한 과세처분이라 아니할 수 없을 것이며, 또한 청구인이 신고한(할) 건물의 과세표준은 위에서 산출한 건물과세표준 4,723,161,865원에 근접하고 있고, 청구인이 토지와 건물의 공급가액을 구분하여 공급한 사실이 쟁점부동산의 분양계약서 및 세금계산서에 의하여 확인되고 있는 바, 청구인의 이 건 부가가치세의 신고는 실지거래가액에 의한 신고로 인정함이 타당하다고 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있다 할 것이므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.