매립지를 매립원가로 양도하기로 한 계약은 특수관계없는 자에게 저가양도한 정당한 사유에 해당됨(경정)

[주 문] 중랑세무서장이 94.1.16 청구법인에게 91.1.1 - 91.12.31 사업년도 법인세 과세표준을 △934,624,639원(법인세 특별부가세 262,513,390원), 92.1.1 - 92.12.31 사업년도 법인세 2,881,549,480원을 각각 경정고지한 처분은 저가양도로 보아 익금에 산입한 기부금 해당액(인천광역시 동구 OOO동 OOO 잡종지 23,140.5㎡의 양도가액과 그 정상가액과의 차액) 2,633,100,050원을 익금에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 서울특별시 중랑구 OOO동 OOO에 본점을 두고 건설업 등을 영위하는 법인인데, 중부지방국세청에서 청구법인에 대하여 법인세 조사를 실시한 결과 청구법인이 91.2.28 청구외 OOO산업주식회사에 인천광역시 동구 OOO동 OOO 잡종지 23,140.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2,275,000,000원에 저가양도한 사실 등이 적출되었다. 처분청은 쟁점토지의 양도가액과 정상가액과의 차액 2,633,100,050원을 청구법인이 정당한 사유없이 특수관계없는 자에게 증여한 것으로 보아 법인세법 제18조 제1항, 같은법시행령 제40조 제1항 제2호의 규정에 따라 손금에 산입하지 아니하는 기부금으로 하여 91.1.1 - 91.12.31 사업년도의 익금에 가산하고, 위 법인세 조사시에 적출된 내용에 따라 94.1.16 청구법인의 91.1.1 - 91.12.31 사업년도분 법인세 과세표준을 △934,624,639원(법인세 특별부가세 262,513,390원)으로 경정하고, 92.1.1 - 92.12.31 사업년도분 법인세 2,881,549,480원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.3.15 심사청구를 거쳐 94.6.10 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점토지는 청구법인의 공유수면 매립사업에 의하여 조성된 토지인데, 사업을 추진하는 과정에서 공유수면 점용권자였던 OOO산업주식회사의 동의를 필요로 하였고 그 동의를 얻기 위하여 불가피하게 매립사업 완료후에 매립지 7,000평을 매립원가에 제공하기로 계약하였기 때문에 저가로 양도한 것이다. 따라서 청구법인이 특수관계없는 자에게 저가양도한 것은 정당한 사유가 있으므로 기부금으로 보아 익금에 가산하여 과세할 수 없다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 매립한 공유수면의 점용권자였던 8개 업체 중 OOO산업주식회사를 제외한 다른 업체에 대하여는 점용권에 대하여 보상을 한 사실이 없고 OOO산업주식회사의 공유수면점용권은 매립공사 착수이전에 그 허가기간이 만료되는 국유 공유수면의 유상이용권에 불과함에도 이를 보상하였으므로 정당한 사유없이 시가에 현저히 미달하게 양도한 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 쟁점토지를 특수관계가 없는 자에게 정당한 사유없이 정상가액보다 낮은 가액으로 양도한 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 법인세법 제18조 제1항, 같은법 시행령 제40조 제1항 제2호에서 법인이 특수관계가 없는 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액은 기부금으로 하여 당해 사업년도의 소득금액 계산에 있어 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 공유수면매립법 제4조에서 공유수면을 매립하고자 하는 자는 건설부장관의 면허를 받도록 규정하고 있으며, 제5조에서 건설부장관은 공유수면에 관하여 권리를 가진 자가 있을 경우 그가 동의하였을 경우에 해당하는 경우 등을 제외하고는 매립을 면허할 수 없다고 규정하고 있고, 제6조 제1호에서 “법령의 규정에 의하여 공유수면의 점용허가를 받은 자”를 공유수면에 관하여 권리를 가진 자로 열거하고 있으며, 제16조 제1항에서는 권리를 가진 자가 있는 공유수면에 대하여 매립의 면허를 받은 자는 대통령령의 정하는 바에 의하여 그 권리를 가진 자에게 끼친 손실을 보상하거나 그 손실을 방지하는 시설을 하여야 한다고 규정하고 있고, 제17조에서 매립의 면허를 받은 자는 제16조 제1항의 규정에 의한 보상이나 시설을 한 후가 아니면 그 보상을 받을 권리를 가진 자에게 손실을 미칠 공사에 착수할 수 없다고 규정하고 있으며, 제18조에서 건설부장관은 공유수면을 이용하기 위하여 설치한 시설이 매립으로 인하여 이용할 수 없게 되거나 기타의 손실이 발생하였을 경우에는 대통령령의 정하는 바에 의하여 매립의 면허를 받은 자에게 종전의 시설에 갈음하는 시설을 하게 하거나 그 손실의 전부 또는 일부를 보상하게 할 수 있다고 규정하고 있고, 제11조 제1항에서 매립의 면허를 받은 자가 매립에 관한 조사나 측량 기타 공사를 시행하기 위하여 부득이한 때에는 시장 또는 군수의 허가를 받아 타인의 토지에 출입하거나 그 토지를 일시 재료 적치장으로 사용할 수 있다고 규정하고 있으며, 제19조 제1항에서 매립의 면허를 받은 자는 제11조의 규정에 의한 토지의 출입 또는 사용으로 인하여 생긴 손실을 보상하여야 한다고 규정하고 있다.
• 다. 관련서류에 의하면 청구법인은 88년초에 산업합리화 대상업체였던 OOO종합개발주식회사를 인수하였는데, OOO종합개발주식회사는 83.8.9에 건설부장관으로부터 인천광역시 동구 OOO동과 남구 OOO동 지선 650,734㎡의 공유수면에 대한 매립계획을 승인받고 84.7.2 그 면허를 받았다. 매립사업 추진당시에 OOO종합개발주식회사가 매립할 공유수면에 관하여 점용허가를 받은 업체와 점용허가 기간 등은 다음과 같다. 업 체 명 허가면적 용 도 최초허가일 만료일 OOO목재주식회사 514평 저목장 75.10. 7 83.10. 6 OOO주식회사 605평 저목장 78.11.13 83.11.12 OOO목재주식회사 5,333.3평 저목장

73. 1.23

84. 1.22 OOO목재주식회사 1,688평 저목장

76. 4.8

84. 4. 7 OOO 조 선 소 437평 선가대

71. 6.16

84. 6.15 OOO목재주식회사 600평 저목장

76. 8. 9

84. 8. 8 OOO산업주식회사 3,279.2평 저목장

73. 2.16

85. 2.15 위 업체들은 인천광역시 동구 OOO동과 남구 OOO동에 별도의 사업장을 가지고 있었으며 사업의 성격상 공유수면이 필요하여 그 점용허가를 받아 목재를 보관하거나 선박을 건조하는데 사용하고 있었는데, OOO종합개발주식회사가 추진하는 공유수면 매립사업으로 인하여 기존의 공유수면에 대한 점용허가를 받을 수 없게 되었다. 그러한 경우에 위 업체들은 기존의 공유수면을 이용하지 못하고 다른 공유수면을 점용허가 받아 이용하는데 따르는 손실과 기존의 공유수면에 설치한 시설 등을 이용하지 못하는데 따르는 손실이 함께 발생하게 된다.

• 라. 공유수면매립법에 의하면 공유수면의 점용허가를 받은 자는 공유수면에 관하여 권리를 가진 자로 열거되어 있는데, 권리자의 동의가 없으면 공유수면의 매립사업의 면허를 받을 수 없으며 매립의 면허를 받은 자가 권리자에 대한 보상이나 손실을 방지하는 시설을 하지 아니하면 그 공사에 착수할 수 없다. 공유수면에 관하여 권리를 가진 자는 공유수면 매립사업으로 인하여 발생하는 손실의 보상과 기존의 공유수면에 설치한 시설 등에 대한 손실의 보상을 받을 수가 있으며, 매립의 면허를 받은 자가 공사 등을 위하여 자기의 토지에 출입하거나 사용하는 데 따른 손실의 보상을 받을 수가 있다. 84.6.27 OOO합동법률사무소에서 작성된 공증서에 첨부된 OOO종합개발주식회사와 OOO산업주식회사의 합의서에 의하면, OOO산업주식회사는 OOO종합개발주식회사의 매립사업에 동의하고, OOO종합개발주식회사는 매립공사 완료 후에 OOO산업주식회사가 그 당시 점용 사용하고 있던 인천광역시 남구 OOO동 OOO 지선 공유수면 지상의 토지 및 인접토지 7,000평을 매립원가에 OOO산업주식회사에 양도하기로 계약한 사실이 인정된다. 86.7.16 인천합동법률사무소에서 작성된 공증서에 첨부된 OOO종합개발주식회사와 OOO조선소의 합의서에 의하면, OOO조선소는 OOO종합개발주식회사의 매립사업에 동의하고, OOO종합개발주식회사는 매립공사로 인하여 폐업하게 되는 OOO조선소에 대하여 피해보상금조로 235,000,000원을 지급하기로 계약한 사실이 인정된다.
• 마. 처분청은 청구법인이 OOO산업주식회사에게 쟁점토지를 2,275,000,000원에 양도하였다고 하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 정상가액 4,908,100,050원에 미달하는 가액 2,633,100,050원을 법인세법 제18조 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 제2호의 규정에 의한 손금에 산입하지 아니하는 기부금으로 하여 91.1.1 - 91.12.31 사업년도의 익금에 가산하여 각사업년도 법인세의 과세표준과 세액을 경정하였다. 위 법인세법령의 규정은 법인이 “정당한 사유없이” 특수관계없는 자에게 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에 적용되며, 정당한 사유가 있다면 이를 적용할 여지는 없다. 청구법인의 경우 공유수면매립법의 규정과 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 84년도 당시 OOO종합개발주식회사가 공유수면 매립사업의 추진과정에서 OOO산업주식회사의 동의를 얻으면서 매립지를 매립원가에 양도하기로 한 계약에 따라 91.2.28 쟁점토지를 정상가액보다 낮은 가액으로 양도한 사실이 인정되므로 이에 대한 정당한 사유가 있다고 판단된다. 그러므로 처분청이 위 2,633,100,050원을 손금에 산입하지 아니하는 기부금으로 하여 이를 청구법인의 91.1.1 - 91.12.31 사업년도의 익금에 가산하고 각 사업년도 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 처분은 부당하다고 판단된다. 그런데, 청구법인의 경우 91.1.1 - 91.12.31 사업년도에 결손이 발생하였으므로 위 2,633,100,050원을 익금에 가산하지 아니하면 그 만큼 이월결손금이 증가하게 되어 이에 따라 92.1.1 - 92.12.31 사업년도의 과세표준과 세액이 감소되어야 할 것이다.
• 바. 따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.