사실과 다른 세금계산서인지 여부(경정)

[주 문] OO세무서장이 93.12.3 청구인에게 결정고지한 93년도 제1기분 부가가치세 2,000,000원은 청구인이 청구외 OO종합건설주식회사로부터 93.6.30 교부받은 세금계산서상의 매입세액 20,000,000원중 주택부분 공사비에 관련된 매입세액을 제외한 나머지 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 서울특별시 송파구 OO동 OOOOO 복합건물 (주택 361.16㎡, 기타건물 712.42㎡)에서 부동산 임대업을 영위하고 있는 자로서, 이 건 건물 신축공사 시공업체인 OO종합건설주식회사로부터 93.6.30 총공급가액 453,600,000원의 44%에 상당하는 공급가액 200,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부 받아, 93년도 제1기분 부가가치세 신고시 매입세액 20,000,000원을 공제세액으로 하여 신고하였다. 처분청은 공사기성고의 산출근거가 불분명하고 공사대금의 지급사실이 확인되지 아니한다는 이유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제하고, 93.12.3 청구인에게 93년 제1기분 부가가치세(신고납부불성실가산세) 2,000,000원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.1.31 심사청구를 거쳐 94.5.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 공사기성고가 불분명하다고 하나 OO종합건설이 처분청의 법인세과에 제출한 93년도 공사원가보고서 및 OO종합건설이 비치하고 있는 공사원가보고서에 의하여 기성고를 산출하면 93.6.30현재 이 건 임대건물신축공사의 기성고가 47.3%임이 확인되고, 대금지급사실이 확인되지 않는다고 하나 임대보증금을 받아 시공업체인 OO종합건설에 지급한 사실이 일부 임차인들의 예금구좌에서 인출된 수표가 OO종합건설에 입금된 사실이 입증되므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 처분청의 관련기록에 의하면 이 건 조사일 현재 공사현장에 공사별 원가계산에 필요한 자재수불부, 임금대장 및 공사경비에 대한 기록이 없어 공사진척도와 기성금액의 확인이 불가능할 뿐만 아니라 1차 기성고 금액 200,000,000원을 공사대금으로 지급한 사실이 입증되지 아니하고 있으므로, 공사기성고가 불분명하여 임의로 발행한 세금계산서로 보아 매입세액의 공제를 부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 제1항에서『납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조 제1항 및 제2항에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호 내지 제4호이외에 대통령령이 정하는 사항』이라고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제1항에서 『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하고 있으며, 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니하는 경우를 열거하고 있는 같은조 제2항 제1호에서『제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다. 이하 같다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니 하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액. 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다』고 규정하고 있고 같은항 제5호에서『제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액』을 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 ’93. 3. 9: 이건 건축허가 ’93. 3.24: 시공자 OO종합건설과 도급계약 및 공사착공 ’93. 6.18: 청구인, 사업자등록 ’93. 6.30: 쟁점세금계산서 교부 ’93.12.18: 준공 완료
• 라. 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(1) 이 건 공급시기가 언제인지 청구인이 제시하고 있는 공사도급계약서의 특약에 의하면 『대금지불은 임대보증금으로 지불하고 만약 공사가 완료되어도 임대가 안되고, 되었어도 부족할 경우는 준공일로부터 3개월 이내로 완료한다』고 약정하고 있고 『기성금의 청구는 비율에 따라 시공자가 정하되 건축주와 협의한다』고 약정하고 있는 점에 비추어 볼 때 이 건 건설용역은 건설공사기간(’93.5.24～’93.12.31)에 대한 약정은 분명하나 사실상 기성금 지급기일에 관한 약정이 없는 것으로 인정되므로 이 건 건설공사의 완공후 준공검사가 완료된 때를 원칙적으로 그 공급시기로 보아야 할 것이다(참고: 부가가치세법시행통칙 2-3-8---9). 그러나, 부가가치세법 제9조 제3항에 의하면 사업자가 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해용역의 공급시기로 보아야 하므로 이 건의 경우도 시공자인 OO종합건설주식회사가 쟁점 세금계산서를 교부한 날이 그 공급시기가 된다할 것이다.

(2) 처분청은 공사기성고의 산출근거 즉 공급가액의 산출근거가 불분명하고 공사대금의 지급사실이 확인되지 않는다는 것을 매입세액 불공제사유로 삼았으나, 첫째, OO종합건설주식회사가 처분청에 법인세 과세자료로 제출한 공사원가보고서에 의하면 93.1.1부터 93.12.31까지의 이 건 건물 공사투입원가가 446,552,693원으로 공사완성금액이 453,600,000원으로 기재되어 있고 위 회사가 보관중인 이 건 공사원가 보고서에 의하면 93.6말 까지의 투입원가가 201,471,717원으로 기재되어 있어, 위 기재내용에 따라 기성고를 계산하면 약 47.5%에 달하므로 약44%에 달하는 공급가액 200,000,000원을 그 산출근거가 불분명하다고 보기는 어렵다고 보여진다. 둘째, 세금계산서는 사업자와 거래상대방과의 사이에 실제로 거래가 있는 이상 반드시 그 대가를 현실적으로 수수하지 않더라도 적법한 공급시기에 작성교부되어야 하는 것이므로, 사업자가 재화의 공급가액 및 세액의 전부 또는 일부를 지급받지 아니한 채 세금계산서를 발행하였다하여 그것만으로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수는 없는 것이다(같은뜻: 대법 87누 964, 88.2.9).

(3) 이상에서 본 바와 같이 쟁점 세금계산서는 공급시기인 93.12.18 이전에 교부된 적법한 것이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 것은 관련 법령규정의 법리를 오해한 잘못이 있다 할 것이다. 다만, 주택의 임대용역은 면세사업으로서 그에 관련된 매입세액은 공제대상이 아니므로 쟁점세금계산서상 공급가액 200,000,000원중 주택부분 관련 공급가액 67,281,433원에 대한 매입세액은 공제대상에서 제외함이 타당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.