[요지] 처분가능 이익이 없어, 같은법 제91조 제1항의 규정에 의한 기업합리화 적립금을 적립하지 아니하더라도 청구법인의 증자소득 공제신청액 657,148,799원은 소득공제 받을 수 있는 것으로 판단됨
[요지] 처분가능 이익이 없어, 같은법 제91조 제1항의 규정에 의한 기업합리화 적립금을 적립하지 아니하더라도 청구법인의 증자소득 공제신청액 657,148,799원은 소득공제 받을 수 있는 것으로 판단됨
[주 문] 송파세무서장이 93.9.17 청구법인에게 결정고지한 92 사업년 도분 (1.1～12.31) 법인세 575,773,650원의 부과처분은 증자소 득공제액 657,148,799원을 소득공제 하는 것으로 하여 그 과 세표준과 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요 청구법인은 92.1.1-92.12.31 사업년도 법인세 과세표준 및 세액의 신고시 청구법인의 보유 부동산중 경기도 부천시 OO동 OOOOO 소재 공장부지 1,452.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 92.10.15 청구외 OOOOOO공사 OOO 전화국에 1,395,000,000원에 양도하고 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항에 의거 쟁점토지양도차익 1,329,637,000원에 상당하는 법인세 223,430,591원 및 특별부가세 345,369,155원을 감면세액으로 신고한데 대하여 처분청은 쟁점토지중 공업입지 기준면적 초과분에 해당하는 비업무용부동산에 대하여는 같은법 시행령 제36조 제6항 및 같은법 시행규칙 제13조의2 제1호와 동 부칙 제3조 제1항에 의거 감면적용을 배제하고 93.9.17 청구법인에게 당해 사업년도분 법인세 575,773,650원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복 93.11.15 심사청구를 거쳐 OO.3.7 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
① 감면방법 신고를 변경하여 법인세 과세표준 및 세액의 수정신고를 한 경우 수정신고가 유효한 것인지 여부
② 위 수정신고를 유효한 것으로 인정할 경우 청구법인의 쟁점토지 양도가 조세감면규제법 제57조 규정에 의한 감면대상에 해당되는지 여부
③ 위 수정신고를 유효한 것으로 인정할 경우 조세감면규제법 제91조 규정에 의한 기업합리화 적립금의 적립이 선행되지 아니한 청구법인의 증자소득 공제신청이 적법한 것인지 여부
1. 쟁점 ①에 대하여 (가) 청구법인은 쟁점토지의 양도가 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공장양도차익에 대한 법인세 면제대상에 해당되는 것으로 하여, 각 사업년도 소득에 대한 법인세 233,430,591원과 특별부가세 345,369,155원을 93.3.31, 92.1.1-92.12.31 사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 감면세액으로 신고하였으나, 청구법인은 위 규정에 의한 감면대상이 아님을 알고 국세기본법 제45조 제1항에 규정된 수정신고 기한내인 93.7.1, 쟁점토지를 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업용 토지등에 대한 특별부가세 면제대상으로 하여 면제세액 300,000,000원을 92 사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 면제신청 하였고 당초신고시 최저한세의 적용으로 배제되었던 증자소득공제 대상액 664,759,183원중 657,148,799원을 소득공제 하여 신고한데 대하여 처분청은 청구법인의 수정신고는 인정하지 아니하였으나 (나) 국세기본법 제45조 규정에 의한 수정신고제도의 취지는 실질과세의 원칙에 따라 신고납부하는 조세에 있어서도 잘못된 신고로 인한 불합리한 납세부담 방지와 실질내용에 따른 조세의 채권·채무 확정을 위한 것이므로 같은법 제45조에서 규정하고 있는 기재사항의 “오류 또는 누락”이 있는때란 과세표준이나 세액의 산정의 근거가 되는 사항에 대하여 실질내용에 부합하지 아니한 신고를 한 경우와 실질내용대로 신고하였다 하더라도 이를 근거로 과세표준이나 세액의 계산에 있어 법령의 규정에 의하지 아니하였거나 오산이 있는 경우등으로 볼 수 있고(대법원 84누 535, 87.5.26 같은취지임) 또한 조세감면규제법상의 감면방법 및 신고를 누락한 경우 과세표준 수정신고를 하면서 감면방법을 신고할 수 있으며, 이미 신고한 방법과 다른 방법을 선택해도 무방한 것으로 해석된다 할 것이다. (조세 1260-1489, 81.12.16 총괄 1231-13, 77.1.6 재무부예규도 같은 취지임) (다) 따라서 청구법인이 조세감면 대상을 변경하여 면제 신청한 조세감면규제법 제57조 규정에 의한 특별부가세 및 조세감면규제법 제55조 규정에 의한 증자소득공제에 대한 수정신고는 국세기본법 제45조에서 규정한 기재사항의 누락, 오류라고 볼 수 있으므로 같은법 제45조 규정에 의한 과세표준 수정신고 대상이 될 수 있다고 판단된다.
2. 쟁점 ②에 대하여 (가) 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호 및 제4항과 같은법 시행령 제47조 제2항의 규정을 모아보면, 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의50(토지양도 대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고, 이의 감면은 당해공공사업의 시행자가 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준 신고기한내에 재무부령이 정하는 세액 감면신청서에 당해 공공사업의 시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 소관세무서장에게 감면 신청을 한 경우에 한하여 적용하도록 규정하고 있다. (나) 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 쟁점토지를 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 근거하여 92.10.15 청구외 OOOOOO공사 OOO전화국에 협의 양도하였으나 매수인인 OOOOOO공사 OOO전화국은 청구법인이 이 건 특별부가세 300,000,000원의 세액감면을 위하여 청구법인의 92.1.1-92.12.31 사업년도 법인세 과세표준신고 기한내에 조세감면규제법 제57조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였는 바, 청구법인의 92.1.1-92.12.31 사업년도 법인세 과세표준 및 세액의 수정신고의 효력이 인정된다 할지라도 이 건 감면신청 의무자인 통신공사는 수정신고에 대응하는 당초신고를 한 바 없고 청구법인은 이 건 감면신청의무자가 아니므로 이 건 특별부가세 감면에 관하여는 청구법인이 한 수정신고의 효력이 생기지 아니한다.
3. 쟁점 ③에 대하여 조세감면규제법 제55조 및 제91조 제1항, 제2항 같은법시행령 제65조 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 모아보면, 조세감면규제법 제55조 규정에 의한 증자소득 공제를 받기 위해서는 당해 사업년도의 이익처분에 있어서 그 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 하며 다만, 기업회계상 처분가능 이익이 당해년도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하지 못한 경우는 예외를 인정하고 있으며, 위에서 처분가능이익 이란 “당기순이익에서 이월결손금과 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 당해 과세년도의 이익준비금을 공제한 금액”으로 규정하고 있으며, 조세감면규제법 기본통칙(5-1-10-91)에서는 당기순이익을 “손익계산서상 당기순이익에서 기업회계 기준이 규정하는 전기손익수정손익을 가감한 금액”으로 한다고 규정하고 있다. 이에 의할 경우 청구법인의 92.1.1-92.12.31 사업년도 당기순이익은 △1,509,281,510 + 34,829,150 (전기손익수정이익) - 16,899,270 (전기손익수정손실) = △1,491,351,630원으로 계산되어 처분가능 이익이 없어, 같은법 제91조 제1항의 규정에 의한 기업합리화 적립금을 적립하지 아니하더라도 청구법인의 증자소득 공제신청액 657,148,799원은 소득공제 받을 수 있는 것으로 판단된다.
4. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.