[요지] 사업자등록을 하고 92.9월부터 상가가 분양됨에 따라서 상가분양대금을 청구외 법인에게 지급하고 교부받은 쟁점세금계산서는 적법하다 하겠으므로 동세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 함
[요지] 사업자등록을 하고 92.9월부터 상가가 분양됨에 따라서 상가분양대금을 청구외 법인에게 지급하고 교부받은 쟁점세금계산서는 적법하다 하겠으므로 동세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 함
[주 문] OO세무서장이 93.10.20 청구인에게 한 92년 제2기 부가가치 세 60,167,190원의 환급처분과 93년 제1기 예정신고분 부가가 치세 29,668,060원, 93년 제1기 확정신고분 부가가치세 29,934,030원의 부과처분은 청구인이 OO공영(주)로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 각 과세기간의 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 서울특별시 OO구 OO동 OOO O 외 19필지의 토지위에 OO을 마련하기 위하여 2,678명의 조합원이 결성한 OO동 지역 OO조합이다. 청구인은 부가가치세가 면제되는 OOOO규모 이하의 아파트와 부가가치세 과세대상인 상가 등 근린생활시설(이하 “상가”라 한다)에 대한 신축공사가 진행중이던 92.7.24 처분청에 부가가치세 사업자등록 신청을 하고 92.10.31부터 아파트와 상가의 신축공사를 한 청구외 OO공영(주)(이하 “청구외 법인”이라 한다)로부터 상가공사도급액에 해당하는 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 각과세기간의 부가가치세 신고시 이를 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하였다. 처분청은 청구인의 사업자등록일 전 상가의 공사 진행율이 25%에 이르므로 상가 공급가액 중 25%에 상당하는 부분은 사업자등록일 이전에 공급시기가 도래한 것으로 보고 청구인이 각 과세기간별로 매입세액 공제액으로 신고한 금액 중 25% 상당액에 대해서는 등록전 매입세액에 해당한다 하여 동 금액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 하였다. 이에 따라 처분청은 93.10.20자로 92년 2기 확정신고분에 대하여 48,145,222원의 매입세액을 공제배제하여 60,167,190원을 환급하였고, 93년 1기 예정신고분에 대하여는 24,723,384원의 매입세액을 공제배제하여 29,668,060원을, 93년 1기 확정신고분에 대하여는 24,485,489원의 매입세액 공제를 배제하여 26,934,030원을 각각 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.12.3 심사청구를 거쳐 94.3.7 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장의견
3. 심리 및 판단
1. 청구인이 부가가치세 과세대상인 상가 건설용역을 제공받을 당시 시행된 부가가치세법 제9조 제2항 및 동법시행령 제22조에 의하면 용역의 공급시기는 통상적인 경우에는 “역무의 제공이 완료되는 때”이지만, “완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”를 용역의 공급시기로 하도록 규정되어 있다.
2. 한편 동법 제5조 제1항은 사업자의 【등록】에 대하여 규정하고 있는 바 동법 제17조 제1항은 부가가치세 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하도록 규정하면서 같은조 제2항 제5호는 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 하고 있다.
1. 이 건 쟁점이 된 부가가치세 면세분인 아파트와 과세분인 상가에 대한 청구인의 대가지급 약정내용을 처분청이 이 건 과세 당시 징취한 청구인과 청구외 법인간의 도급계약서에 의하여 살펴보도록 한다. 청구외 법인은 아파트와 상가를 구분하지 아니하고 93.8.31까지 공사를 종료하도록 하면서 동 도급계약서 제7조에서는 공사대금 140,075,280,000원을 90.5.30부터 93.9.31까지의 기간에 12회에 걸쳐서 지급하기로 하였으므로 이 조항만을 기준으로 하면 부가가치세 과세대상인 상가에 대해서도 12회에 걸쳐 나누어 공사대금을 지급하기로 약정하였다고 볼 수 있으므로 각 회수별로 지불하기로 한 금액 중 상가분에 상당하는 금액은 이때에 공급시기가 도래하였다고 볼 수 있다. 그러나 지급하기로 한 가액 중 상가분이 얼마인지가 명확히 구분되지 아니할 뿐 아니라 동 계약서의 제9조에서는 “상가부분에 대한 공사비는 상가분양시 분양대금으로 지급하며...”라고 하여 상가분 공사비 지급에 관하여 별도의 특약을 두고 있으므로 상가분 건설용역에 대한 공급시기는 전시 제7조의 대금약정일만을 기준으로 하여서는 아니되고 상가분 공사대금의 지급사실 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다.
2. 청구인은 아파트 공사대금을 지급한 은행계좌와 상가공사대금을 지급한 은행계좌를 구분하여 관리하여 왔는데 이는 아파트 대금은 조합원이 납부한 대금으로 지급하여야 하나 상가공사대금은 조합원과는 관련없이 지급하여야 하는 청구인의 공사대금조달방법상의 차이에 기인한 것으로 보인다. 청구인은 OOOO은행 영업2부, OO은행 OOO지점, OO은행 OOO지점, OO은행 영업2부, OO은행 OOO지점, OO은행 OO지점 및 OO지점에 개설된 기업금전신탁예금, 기업자유예금, 자유예금 및 보통예금의 각계좌에 조합원들로 하여금 아파트 분양대금을 납부하도록 한 후 이 계좌에서 인출하여 청구외 법인에게 지급한 바 있는데 이때의 대금은 아파트공사대금의 지급이라 하겠다. 한편 청구인은 OO은행 OO지점에 개설된 예금계좌에 상가분양대금을 입금시켰다가 청구외 법인에게 지급한 바 있는데 이는 상가공사대금의 지급에 해당된다 하겠다.
3. 청구인은 위와 같이 면세분인 아파트 공사대금과 과세분인 상가공사대금을 지급하기 위하여 다른 예금계좌를 개설하였는데 상가가 분양되기 전에는 조합원으로부터의 아파트 분양대금만이 입금되었고 상가분양대금을 관리하기 위한 OO은행 OO지점 예금계좌에는 상가가 분양되기 시작한 92.9.28 이후에야 예금이 입금된 사실이 있으므로 이전에 청구외 법인에게 지급된 대금은 아파트 공사대금에 대한 것이라고 하여야 할 것이다.
4. 청구인으로부터 공사대금을 받은 청구외 법인의 기장내용을 살펴보아도 계약서상의 공사대금을 받기로 한 시점에 공사수입금액이 기장되었으나 상가분양이 시작된 92.9.28 이전에는 모두 아파트 공사로부터의 수입금액으로 기장하였고 청구인의 상가분양후 동 분양대금을 공사대금으로 수령한 이후에는 그 금액을 상가공사대금으로 기장함과 동시에 그 가액에 상당하는 세금계산서를 청구인에게 교부하였음을 알 수 있다. 또한 처분청이 징취한 청구인 조합장 OOO의 확인서에 의하여도 상가 공사대금을 지급한 시점에서 청구외 법인으로부터 세금계산서를 교부받았다고 되어 있어 청구인이 상가분양이 있은 후에 상가에 대한 공사대금을 지급하였다고 할 것이다.
5. 위와 같이 청구인과 청구외 법인간의 공사도급계약서에 아파트와 상가공사비를 합한 총공사비를 12회에 걸쳐 지급하도록 약정함과 동시에 상가 공사비는 청구인이 상가를 분양하여 그 대금으로 지급하기로 약정한 점과 아파트 공사대금과 상가공사대금을 별도의 은행계좌를 개설하여 관리한 점을 종합하여 보면 상가가 분양되어 그 분양대금으로 상가공사대금을 지급하였다고 보이는 92.9월 이후에 이 건 상가건설 용역에 대한 부가가치세법상의 공급시기가 도래하였다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.