쟁점세금계산서상의 사업시행대행 수수료가 과세사업(상가분양)에 관련된 것인지 또는 면세사업(국민주택 규모의 아파트분양)에 관련된 것인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구조합은 ’89년 결성된 OO지역주택조합외 2개조합으로 서울특별시 강동구 OO동 대지 25,530㎡ 위에 국민주택규모의 조합아파트 807세대 등을 신축하기 위하여 90.2.24 청구외 OO주택건설주식회사와 위 조합아파트 건설을 위한 사업시행대행계약을 체결하면서 사업시행 대행수수료로 ① 조합원이 신청한 아파트 평형을 기준하여 평당 15,000원씩 계산한 금액과 ② 조합원이 신탁한 부담금에서 발생한 이자금액 및 ③ 사업부지내 계획된 상가의 분양권을 지급키로 약정한 사실이 있다. 그후 92.4.25 서울특별시 강동구청장으로부터 사업계획승인을 받아 위 아파트건설공사(시공자: OO건설주식회사)를 착공하고 92.10.31 청구조합과 청구외 OO주택건설주식회사간에 위 사업시행대행계약을 더 이상 유지할 필요성이 없다는데 인식을 같이하고 동 계약을 종결키로 하면서 당초 사업시행대행 수수료조로 지급키로 한 위 『사업부지내 상가의 분양권』을 현금으로 정산지급키로 합의함에 따라 93.4.29～93.4.5. 사이에 538,926,411원(이하 “쟁점대행수수료”라고 한다)을 지급하고 관련 매입세금계산서 3매(공급가액 489,933,127원, 부가가치세 48,993,314원)를 교부받은 사실과 93.7.25 처분청에 ’93년 제1과세 기간분 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서상의 매입세액 48,993,314원 등을 매출세액에서 공제하여 64,075,980원을 환급신청한 사실이 있다. 처분청은 청구조합이 환급신청한 금액 중 쟁점매입세액이 면제사업(국민주택규모의 아파트분양사업)에 관련된 세액이라 하여 이를 매출세액에서 불공제하고 93.8.21 청구조합에게 ’93년 제1기분 부가가치세 4,013,820원만을 환급통보하였다. 청구조합은 이에 불복하여 93.10.5 심사청구를 거쳐 93.12.28 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구조합 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구조합 주장 쟁점세금계산서상의 매입세액은 아파트 단지내 상가분양과 관련된 과세사업에 대한 것이므로 당해 매입세액을 불공제함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구조합은 쟁점세금계산서상의 매입세액이 과세사업(상가분양)에 관련된 것임을 주장하며 세금계산서만을 제시할 뿐 그 지급내역이 상가분양사업에 관련된 것임을 밝히지 못하고 있고 당초 아파트건설사업시행 대행수수료의 일부로 단지내 상가분양권을 주기로 했다가 당사자간의 합의로 상가분양권 대신 현금으로 지급하고 수취한 세금계산서이므로 과세사업에 관련된 것으로 보기는 어려워 매입세액불공제함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상의 사업시행 대행수수료가 과세사업(상가분양)에 관련된 것인지 또는 면세사업(국민주택규모의 아파트분양)에 관련된 것인지의 여부
• 나. 관계법령

(1) 부가가치세법 제17조(납부세액) 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 다음 각호의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 그 제4호에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있다.

(2) 조세감면규제법 제74조(부가가치세 면제) 제1항 제1호의 규정에 의하면 국민주택의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다.

(3) 위 규정에 의하면 국민주택의 공급에 대하여는 부가가치세가 면제되므로 당해사업과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니함을 알 수 있다.

• 다. 쟁점대행수수료가 상가분양사업과 관련된 것인지 청구조합은 쟁점대행수수료 538,926,441원이 아파트단지내 상가의 분양사업에 관련한 수수료임을 주장하나, 첫째, 아파트단지내 상가면적이 3,468.46㎡로 전체건축면적 100,548.19㎡의 3.45%에 불과한 데 비하여 쟁점대행수수료는 청구외 OO주택건설회사에 지급한 총 대행수수료 1,202,733,804원의 44.8%에 이르고 있고, 둘째, 90.9.24 청구조합이 청구외 OO주택건설회사와 조합원 모집 및 조합아파트 건설을 위한 제반업무에 대한 사업시행대행계약을 체결하면서 그 대행수수료의 일부로 아파트 단지내 상가의 분양대행권을 주기로 하였다가 이를 현금으로 지급키로 92.10.31 합의한 사실이 있고, 셋째, 청구조합이 92.11.28 청구외 OOOOOOOOO 유통과 위 상가의 분양대행계약을 체결한 사실이 관련 계약서에 의하여 확인되고 있는 바, 위 내용을 종합하여 보면 청구조합이 청구외 OO주택건설주식회사에 지급한 쟁점대행수수료 538,926,441원은 과세사업인 아파트단지내 상가의 분양사업과 관련된 것이 아니고 면제사업인 아파트(국민주택규모)공급에 관련된 수수료라고 봄이 상당하므로 처분청이 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제배제함은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.